虽说随着女One的倒下短暂而和平的歌姬时代就此结束，但对于世界来说威胁却并未解除——最后活下来的男One身上依旧有着灭世之花的力量，而这股力量虽然稀薄，但还是会随着他的血脉延续到遥远的未来（由于这两款主机游戏年代久远之后的剧情可能会有些出入，还请各位谅解）……
于是在多年之后，由于“神”的恶意这个世界再一次爆发了灾难。并且由于这次是“神”亲自动手所以灾难也是空前恐怖——在神的恶意之下，很多条世界线交织到了一起，其他世界线中的怪物疯狂的涌入了这个世界。为了保证世界的存续，人们想出了一个办法——封印女神系统。借由铭刻在女性身上的某种术式使这一条世界线受到保护，从而使世界存续，至于那位铭刻了术式的女性，则是会被称为“封印女神”。
只不过虽然可以守护世界，但成为了封印女神的女性却会从此被软禁起来承受着心理和生理的双重痛苦。所以在历代封印女神之中有不少都选择了自己结束生命。不仅如此，除去自身因素外界也有很多想要杀掉封印女神的存在。在他们看来这个世界的终结已经是必然，只有接受神的安排才能让这个世界重生。而在这股势力之中最为强大的就是被男One创造的“天使教派”暗中控制的“帝国”。
好了，来说一下某个男人的故事吧——那个男人叫做“凯姆”是某个小国的王子。那么他的国家有多小呢？大概就是可以被一条发狂黑龙灭国的程度吧……在失去了自己的父母与祖国之后，凯姆与自己的妹妹开始流浪的旅途。只不过在旅途之中妹妹的身上浮现出了属于“封印女神”的印记，而凯姆则是理所当然地把她送到了“保护”封印女神的地方并发誓要用自己的生命守护自己的妹妹。然而他并没有注意到自己妹妹眼中的痛苦……
当然，眼见新的封印女神出现那些想要毁灭世界的家伙们也没有闲着。于是在一次攻击中封印女神被劫走，而凯姆则是为了拯救自己的妹妹献出了自己最重要的东西，也就是与人沟通的能力——声音，且与一条奄奄一息的红龙结下了契约并开始了新一轮的冒险。最终来到了自己妹妹的面前。只不过他不知道的是其实从很早之前开始自己的妹妹对于自己就保持着一种并非兄妹的禁断的感情，而平淡的说出有关封印女神的事情也只是希望自己所爱的哥哥可以带着自己远离这一切然后长相厮守，哪怕只有一天也好。
但凯姆拒绝了她，不只是那次，这次也是一样。于是在官方钦定的结局路线中她选择了死亡……随着封印女神死去，系统彻底失去了作用，大量的异世界恐怖魔物涌入了这个世界。但是凯姆没有放弃，面对着恐怖的白色巨人他与自己的搭档红龙安吉尔冲向了那最终的敌人，于是一阵光芒之后，他们消失了……
这里是2003年的日本新宿，和往常一样，忙碌的人群还在重复着自己一直如此的生活。不过在一阵闪光之后，一些不属于这个世界的景象出现在了新宿的上空——一位骑士和一条只会出现在传说中的红龙在空中振翅翱翔，而他们面对的则是一只怎么看都十分诡异的白色巨人。一阵激战之后，红龙与骑士击败了恐怖的巨人，但他们不知道的是几分钟之前日本空自的两架战斗机就已升上了天空并为他们献上了两发“烟火”或者说，导弹……
最终拯救了世界的，同生共死的一人一龙就这么化为了虚无，而被刺在铁塔顶端的红龙尸体则诉说着这一切的荒诞——这是何其讽刺的一件事情啊，而《龙背上的骑兵》这款游戏的故事，也落下了帷幕……
自此开始，故事的舞台便从那个异世界转移到了某个2003年的日本新宿。很显然，对于这个世界横尾老贼自然是有着不少的骚操作准备使用。于是乎由于白色巨人带来的属于异世界的魔素，日本新宿大量平民感染了会使自己身体逐渐盐化的白盐病，而另一部分感染者则是化为了凶暴的红眼怪物。对于此种情况日本政府以及全世界构想了很多方法却都无济于事。最终迫于压力，日本只得遵从全世界的呼声对新宿使用核武器。只不过就像刚才说到的在横尾太郎的世界中从来就不会缺少“荒诞”这一要素，于是乎接着核爆炸的热浪原本只存在于日本新宿的异世界魔素飘散到了全世界……于是乎，白盐病在全世界范围内爆发了。
面对着足以毁灭整个种群的灾害，人类倒也是爆发出了令人感到恐惧的科研能力。随着对于红龙尸体的研究，人类先后确认的“魔法”的存在并制作出了诸多的克隆人作为士兵加入了绞杀红眼怪物的战场，与此同时人类还发现了将这些魔素排放到异世界的方式。只不过相比于恐怖的白盐病，这一切似乎还是太过缓慢。所以为了种群的延续人类想出了另外一个办法——灵魂抽取计划。
就如字面意思一样，这个计划的全貌基本就是利用某种技术将人类的灵魂抽出并长期保存。与此同时人们还制造出了被当做工具的克隆人。对于长生不老的他们，人类主要想出了两种使用方式，一是让其作为工具在全人类灵魂沉睡之时继续排放魔素，而在全世界魔素都排放干净，人类灵魂苏醒之时，他们就是最为合适的“容器”。只不过在这个时候计划还是有着一定的缺陷，那就是由于某些原因灵魂在被抽取之后会逐渐陷入疯狂并自我毁灭，所以人类还是需要某种作为“安定剂”的物品，而这个“安定剂”就是人类的尼尔。
如果是作为普通人类，尼尔似乎没有任何的异常之处。但难能可贵的是他的灵魂却拥有着稳定魔素的能力，换句话说只要有他在，人类就不用担心自己的灵魂会发狂而消失。而且这对于他来说也基本上没有任何的坏处——他和他已经罹患白盐病的妹妹可以免费享受到灵魂保存技术，而原本已经生存无望的妹妹也可以获得活下去的机会，所以说何乐而不
为呢？于是尼尔答应了，灵魂抽取计划也得以继续进行。
此外，为了多重保险人类还设置了一个精妙的系统——在灵魂沉睡的地方会有超级电脑来维护灵魂的情况同时管辖着和人类别无二致的智能机器人；而智能机器人则是作为领导者带领着克隆人们排除这个世界的魔素；至于克隆人们在工作的同时还要负责维护那些电脑系统。从设置上来说这似乎是一个无懈可击的稳固的三角形。只不过，一切都会有意料外的状况发生就是了。
毕竟就像之前说的，在横尾的故事里可从来都不会缺少“荒诞”的要素啊……
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