安徽省砀山县与位于河南永城市境内的芒砀山位置图
位于河南、安徽两省交界处的芒砀山，主峰海拔高度为156.8米，这样的高度虽然和大山相比显得微不足道，但是由于所处位置的周边为平原，就显得格外挺拔高大。特别是在汉朝及汉朝以前，这里是一片泽国，湖泊、河流密布，黄河的影响还未到达这里，芒砀山周边没有泥沙的沉淀淤积，那时的相对高度要高于今天，显得比今天更加雄伟。此山旁边还有沟通黄河水系和淮河水系的重要水上通道睢河经过，南来北往的船只距离很远就能看到这座山，因此那时的芒砀山是一座“地标性”的山。
战国时期的地图，可以看到砀山位于睢水附近，睢水连接了河、淮水系
也正因为如此，历史上一些重要的事、重要的人都在这里留下了痕迹。
芒砀山古称砀山，秦国于秦王政二十二年（前225年）灭掉魏国，把原魏国大宋郡改置为砀郡，郡以砀山为名。据《汉书·地理志》注：师古曰“以有砀山，故名砀郡。”是秦朝所置的三十六郡里，为数不多的以山为名的郡。除了砀郡，还有砀县，仍以此山为名。
秦郡中的“砀郡”
后来，秦始皇发现在他所处的东南方向有“天子气”，但是却不知具体的地方是哪，于是多次东巡，却到死也没找到具体位置。最终这个东南方的“天子气”应在了砀山，因为当时取代秦朝的汉朝开国皇帝高祖刘邦，就居住在砀山。乾隆《砀山县志·山川》记载：
砀山，在县东南永城县界，《史记》汉高祖隐于芒砀山岩石之间，吕后与人俱求常得之，高祖怪问之，后曰季所居上常有云气，故从往常得季。
高祖刘邦逃亡隐匿在砀山，妻子吕雉却经常可以找到他，刘邦感到十分惊讶，吕雉为他解惑说，他所在的地方上空总有紫色云气，就是根据这点找到的。此外，这里还是中国第一位农民起义领袖陈胜、西汉梁王的埋葬地，孔子周游列国时还在这里避雨讲学。
秦朝所置的砀郡于西汉改为梁国。而砀县则在西晋时废除，南朝宋复置，后又废，不过在那不久之后的隋开皇十八年（598年），把位于今天砀山县麻城的、于北魏孝昌二年（526年）所置安阳县改置为砀山县，以砀山为名的县又重新出现，虽然在那之后治所多有变徙，但是县名一直沿用至今。
光绪《永城县志》中的永城山河沟渠全图中的芒砀山
今天的砀山县属安徽省宿州市管辖，但是芒砀山却位于河南省商丘市永城市，为何山与以其为名的地方却分别位于两省了呢？乾隆《砀山县志·山川》记载：
天地灵秀之气多钟于山川，砀无山，而邑独以山名者，盖旧治在今芒砀山之阳、保安山之阴，故诸山原砀有也。
大概意思是砀山无山，但却县却以山为名，是因为砀山县原来的旧治所位于芒砀山南侧，芒砀山原属于砀山县。
乾隆《砀山县志·山川》按：砀山今在永城县境，县界无山，唯城西里许旧有土窿然屹，俗称靴子尖阜，今亦堙。考《寰宇记》砀山载入永城县下，盖自宋初已然，然县以山名不可不存其梗概也。
砀山载入永城县下，在宋朝初期编著的《太平寰宇记》中就已经出现了。
至于为何会发生这样的变化，在历史记载中并没有找到，不过在《中国历史地图册》的北宋和元朝地图中，通过对比还是可以发现造成这一变化的原因：因为黄河改道。
北宋和元朝地图对比，可见砀山县与芒砀山之间的变化，元朝两者已分处两大行政区域
最初砀山县治所和砀山之间并无阻隔，砀山属于砀山县所有。在北宋时期的某一次黄河改道之后，黄河在砀山县治与砀山之间穿过，经历了相当长的一段时间。为便于管理，就按照黄河新河道走向为边界，依照“山川形便”的原则进行了行政区域的调整，位于黄河以南的砀山及附近原属砀山县的部分区域被就近划入了永城县，自那之后，砀山与砀山县就被分开，于是就形成今天的格局。
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