俗话说一朝天子一朝臣，明孝宗朱祐樘刚刚继位，对于他的领导班子，他可谓是精挑细选。朱祐樘于成化二十三年九月继位，由于明宪宗朱见深晚期怠政，朝廷上的官员也碌碌无为。明孝宗却是个勤勉的人，一上台自然要大刀阔斧进行改革，吏治首当其冲。
朝廷官员
明孝宗继位之初，台谏官员兴奋无比，开始对朝廷上下官员进行无差别弹劾，被弹劾的官员包括内阁辅臣、六部官员、朝奉官、宦官等。一大批官员主动上书表示要引退，其目的是试探明孝宗的动向。在选择一个合适的吏部尚书之前，明孝宗显然是根据自己的个人喜好和判断来确定自己的领导班子。经过思虑，明孝宗任命刘吉为内阁首辅，前内阁成员万安、尹直被罢免，补入内阁的是徐溥、刘健。明孝宗罢免了吏部尚书李裕，并在一些大臣的推荐下，任命了新的吏部尚书，这个人就是王恕。这个任命，代表了一场吏治改革的开始。
王恕理解明孝宗的心意，他在上任后在自己家的门上写了一句话：“宋人有言，受任于朝者，以馈及门为耻，受任于外者，以苞苴入都为羞。今动曰贽仪，而不羞于人，我宁不自耻哉？”。翻译过来，大体的意思是：宋朝人有一句话，官员收礼送礼都是可耻的。现在的官员，动不动就说表敬意送礼物，人家不觉得我羞耻，难道我自己也不觉得羞耻吗？由此可见王恕的志向，他希望能够改革吏治，干一番大事业。
朝廷官员
在明朝，通往仕途的路一般有三个，第一个是考中科举，第二个是通过保举的方式当官，第三个是成为国子监监生。第三个方式是允许在一定的条件下，捐献钱粮，成为监生，这就是捐监。所谓的一定条件，包括灾荒之时，为国家捐献钱粮等特殊情况。对于一些官宦家庭来讲，捐监跟花钱买官没有什么区别，只是换了个名义而已。
王恕很快就给向明孝宗上了个奏折，名为《议知府王衡陈言停止纳财充吏奏状》，称“自成化二十一年至弘治元年二月终止，吏典人等纳过粮草等项已到部者，共二千一百五十余名；生员纳过银米以入监者，共六千余名。”王恕把矛头直指第三个仕途之路，即明朝长期存在的捐监问题。
朝廷官员
王恕刚刚上任，面临的几个问题是：1.通过捐监成为监生的人，在能力和素质上是否符合朝廷的要求，或者是为官的要求；2.监生太多了，朝廷已经安排不过来。从王恕的奏书可以看出这点，当时从成化二十一年至弘治元年二月的3年时间里，朝廷共有捐监的监生8000多人，朝廷只安排2150多人上任，还有6000多人正等待上任。
处理这6000多个监生就已经让王恕焦头烂额，那么王恕是怎么做的呢？他采取了两条措施：
1.对纳粟为监进行管控。王恕向明孝宗奏议，在一些地区必须严禁捐监行为，避免一些地方官府以灾荒为由，随便接受官宦子弟的捐监。如确实遇到灾荒，地方官府也只能接受百姓的捐监，并在名额上加以限制。
朝廷官员
2.对于已在等待上任的监生，吏部组织考核。考核合格的监生等待安排上任，不合格的安排就学，以提高素质。这样一来，6000多名监生就得到安排。不过，王恕此举却翘动了很多人的奶酪。一些没当上官的监生都是花了不少钱，这些投入却白白浪费。再者，这些人大多都是官宦子弟，背后不乏高官，王恕因此得罪的人不少。
处理了监生的问题后，王恕又对第二个仕途之路进行改革，即控制通过保举的方式当官。所谓的保举，即一些官员举荐其他人入官的方式。保举入官在明朝初期曾一度盛行，也确实为明朝提供了大量的人才，但这种制度使用的时间长了，弊端也逐渐显现。一些外戚、高官或受皇帝宠信的人，为自己谋取私利，借保举制度来提拔自己的亲信、门生或乡邻之人，在朝廷之中形成结党。而那些被保举的人常常在才学、素质等方面并没有达到朝廷的任官要求。对此，王恕提出了三个建议：
明孝宗朱祐樘
1.官员不得向皇帝乞职。成化年间，一些与皇帝比较亲近的人，包括外戚、宦官或其他官员等，经常会直接向明宪宗举荐人才，即主动跟明宪宗要官。明宪宗同意之后，又绕过朝廷，通过中旨直接任命官员，这就是成化朝比较常见的朝奉官。这些由皇帝个人喜好任命的官员不经过考核，其品性、才学通常会存在问题。最主要的是，越过吏部任命官员，违反了国家律法。王恕认为，如需要举荐人才，应到吏部举荐。
2.所有保举的官员必须参与吏部的考核。吏部应该对保举上来的官员，按照吏部的要求进行考核，通过考核之后才能任命或升迁。如不符合要求的，应该贬职或罢免。
明孝宗朱祐樘
3.推行保举连坐制度。对于保举上来的官员在任职后，如果出现不称职的情况或违法行为，保举人也会受到牵连，并对保举人进行处罚，严重的还要贬职或罢免。
王恕对保举制度的改革得罪了朝廷中很多大臣。明孝宗刚刚继位，就罢免了很多官员，朝廷之上出现权力真空。一些官员正在摩拳擦掌，打算通过各种手段，扶持或提拔自己的亲信官员，却被王恕所阻。
一些言官曾上书向明孝宗，称王恕年迈，不适合担任繁重的职务，应入阁参预政事。这建议看起来是好意，其实是想将王恕赶出吏部，明孝宗说：“我任王恕在吏部为官，自然要听从王恕的建议，何必让他入阁呢？”而后，一些言官就王恕曾提出的“在寒冬酷暑期间暂停御前讲席”的建议弹劾王恕。王恕压力太大，只能以请求辞官，幸亏明孝宗苦苦劝留。王恕也因此和内阁首辅刘吉发生矛盾。刘吉任首辅后，曾对此前弹劾过他的一些官员进行打击，王恕曾上疏极力相救。而对于王恕提拔的一些官员，刘吉也是百般阻挠。
明孝宗朱祐樘
《明史》：时言官多称恕贤且老，不当任剧职，宜置内阁参大政。最后，南京御史吴泰等复言之。帝曰：“朕用蹇义、王直故事，官恕吏部，有谋议未尝不听，何必内阁也。”
对于宦官与外戚趁机保举的官员，王恕也会阻止。例如宦官李兴曾因主持修京城河的桥，向明宪宗提出升潘俊等官员的职位，这事本来已经得到明孝宗的同意，王恕却两次向明孝宗上疏规劝，明宪宗最终采纳了王恕的建议，没有给潘俊等人升官。
明孝宗朱祐樘
上任以后，王恕对捐监和保举两个选官制度进行改革，加大人才选拔和考核的力度，取得一定的成效。王恕掌管吏部前后近5年时间，也提拔了诸多人才，包括周经、李敏、耿裕、彭韶、何乔新、张悦等，都是当时的名臣。只是他也因此得罪了很多朝廷的官员，无奈之下曾多次打算引退，幸亏明孝宗对他万分信任，他对吏治的改革才得以进行。
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