康熙二十年末、二十一年初（1682），其时三藩之乱已平定。江西总督再次裁并江南。康熙二十年十二月癸卯（1682年2月1日）：“升……直隶巡抚于成龙，为江南江西总督。”二十一年（1682）正月，“调江西总督董卫国，为湖广总督。裁江西总督缺，归并江南总督，为江南江西总督。”
尔后江南总督的管辖范围始稳定为江南江西两省，称江南江西总督，并肯定驻劄于江宁府。在《清实录》中，江南江西总督之省称两江总督始于康熙五十六年（1717），而江南江西总督之名最后一次呈现，是在康熙六十一年（1722）。
直隶总督、两江总督、两广总督、湖广总督、闽浙总督、四川总督、陕甘总督、云贵总督，是为清八大总督。当然，除此之外，还有四个：南河总督、东河总督、漕运总督，这都是管理专项事务的，而且后来都被裁撤，所以不入“八大总督”之列；东三省总督，光绪三十二年（1906年）新设立的，存在时间太短，影响较小。虽然都是总督，其中也有肥瘦、轻重之分，这和所辖区域的政治地位、经济实力有直接关系。
清朝的地方行政制度实行的是督抚制。当时全国划分为23个省，每个省设一名巡抚，为主管一省民政的最高长官。总督权力比巡抚大得多，但与巡抚之间没有直接的隶属关系，总督和巡抚都是对上直接听命于皇帝。不同的是总督可以管数省，侧重军事，巡抚只管一省，侧重民政。
李沛诚所著《中国历代改革者》一书中专门介绍两江总督管辖的是：江苏、安徽、江西三省，而不是江苏、浙江的“两江”。
直隶地处京畿要地，靠近京城，所以直隶总督被称为“疆臣之首”。
两江是清的财赋重地，所以两江总督是当仁不让的老二。
两江总督，辖江苏，安徽，江西三省，治南京，地位次之，晚清两江总督又兼南洋大臣，权势也日重；
两江总督前身为顺治四年所设置的江南江西河南三省总督，总督府驻江宁（今南京）。 顺治九年，总督府一度迁往南昌，改名江西总督，不过很快恢复旧制。康熙元年，操江事务划归江南总督管理。康熙二十一年仍合，正式定名为两江总督。雍正元年，授与历任两江总督兵部尚书兼都察院右都御史之官衔。道光十一年起，两江总督兼管两淮盐政。自同治五年起，两江总督兼管五口通商事务，授为南洋通商大臣。
湖广总督，辖湖南，湖北二省，治武昌；
两广总督，辖广东，广西二省，治广州； 湖广与两广地位相当，总督权势也相当，只是晚清两广 地位日渐重要，地位在湖广之上；
闽浙总督，辖福建，浙江二省，治福州；
四川总督，辖四川省，治成都； 此二处总督权势地位相当；
陕甘总督，辖陕西，甘肃二省，治西安，地位较闽浙稍 低，晚清左宗棠任陕甘总督时，陕甘地位只在直隶与两江 之下，又当别论；
云贵总督，辖云南，贵州二省，治昆明，地位最为低下 为总督之末；
清末又增设东三省总督，管辖黑龙江，吉林，奉天三省 ，治盛京。
设置巡抚的省份则有：直隶，陕西，山东，河南，江苏，安徽，江西，湖南，湖北，四川，山西，甘肃，福建，浙江，广东，广西，云南，贵州；后来又依次增设了：新疆 ，台湾，黑龙江，吉林，奉天巡抚。计二十三处。
浙江属于浙闽总督管辖范围。两江,指江南省(今江苏、安徽和上海)和江西省，是清王朝的财赋重地，也是人文荟萃之区。公元1667年，江南省东西分置而建江苏（今江苏省和上海市）和安徽二省。
两江总督是地方最高长官，太平天国运动之前多由满人担任，之后汉人渐多。从康熙四年(1665)到宣统三年(1911)，有影响的计80余人，98任，历247年。因此初时该总督管辖的是江南省和江西省的政务，因此号两江总督。
历代两江总督如于成龙、张鹏翮、史贻直、尹继善、陶澍、林则徐、裕谦、曾国藩、左宗棠、李鸿章、刘坤一等皆为清代重臣。
清代同治前的总督署所在地具体在南京何处有待考证；清代同治三年（1864年）后总督署位于南京城正中（今南京总统府内），明汉王（成祖次子朱高煦）府旧址，太平天国天王府，民国时期辟为国民政府所在地，建国后先后作为江苏统战部、民革江苏中央、江苏省政协所在地，现为中国近代史博物馆。
江南省原为明朝龙兴之地南直隶，主要包括今天的上海、江苏和安徽三省市，是一个地域广阔、政治显要、经济突出的地区，入清后仍保有对抗清廷中央的实力，因此分而治之乃是清廷羁束该地的重要手段。江南省的分立并不是一蹴而就的，也没有特别明确的标志性事件或时间点，而是当地各类官职上百年渐进式调整之后的结果。
顺治二年（1645），清朝定鼎江南之后，在江南省设左、右两位布政使、一位总督及江宁、凤阳、安庐三巡抚分管地方政事。其中，江宁巡抚又名“苏松巡抚”、“江南巡抚”，为江苏巡抚前身，因常驻苏州府，后又有“苏州巡抚”之名；凤阳巡抚则时立时废，立时因分管海防，故驻临海的扬州府属泰州；安庐巡抚中间也有过废立，后称“安徽巡抚”，驻安庆府。江南省之上又设有总督一名，因多数时间辖区含江南、江西两省，常常被称作“江南江西总督”，后又简称“两江总督”。在清朝初年布政使仍被视为一省之长的情况下，由于江南左、右布政使及两江总督均驻江宁府，江宁府成为当之无愧的江南省省城。
一般认为，各省的左、右两位布政使是一正一副的关系，同治省城，共同管理全省政务。但在顺治十八年（1661年），江南省的布政使驻地也发生了变化：时任江宁巡抚的朱国治要求江南右布政使分驻苏州，使自己和右布政使的辖区（江、苏、松、常、镇五府）重合，以便指挥布政使督催粮款；左布政使仍寄治在江宁府，节制江南省剩下的府州，其辖区内仍有凤阳巡抚、安徽巡抚两位上级。此时，两员布政使管辖的区域面积差异非常悬殊。
到了康熙四年（1665年），凤阳巡抚因职能与漕运总督重叠较多，终遭裁撤。根据时任江南江西总督的建议，同年十一月戊申（1666年1月1日），原属凤阳巡抚的庐州、凤阳两府，滁州、和州二州分隶安徽巡抚管理；淮安、扬州二府及徐州分隶江宁巡抚管理。之所以选择东西分割凤阳巡抚辖区，主要是考虑将淮安、扬州二府、徐州直隶州的黄河水利及漕运事务统归一位巡抚管理，与此无关的府州则划给安徽巡抚。由此至清朝末年，江宁（江苏）、安徽巡抚驻地和辖区未再变化，奠定了今天江苏和安徽两省的基本格局。
其中“江苏”二字分别取自江宁府和苏州府，“安徽”二字则来源于安庆府和徽州府的首字。可见，清廷在巡抚、布政使等职官改革的过程中，通过辖区和名称调整的方式，不断推动着江南省的分治，并以实际行动认可了巡抚地位高于布政使的事实。
由于江南省特殊的官僚配置，及一直共闱的江南乡试的长期存在，两个新省名取代老省名用了很长时间。直至清末，新老三个省名仍时有混用，甚至到清朝行将灭亡的宣统三年（1911），官方文献中仍有“江南省”这样的表述。不过总体而言，我们可以认为乾隆以后，特别是到19世纪，世人已逐渐接受了江苏、安徽分省的既定事实。
江苏泰兴一块清嘉庆八年的石碑仍有“江南扬州府泰州”字样。
江苏这种“划江而治”的格局贯穿了整个清中后期。这一格局无形中强化了江宁和苏州各自的省会地位，但也不可避免地削弱了江苏各地的“省籍认同”。举例来讲，较之“遥不可及”的苏州巡抚，江北各府州显然更亲近江宁省城，地方志和碑文也倾向于自称“江南”属地，而不乐以“江苏”冠之；同样，江南人民也对江北府州无感。省籍认同的淡薄，也为光绪年间“苏淮分省”埋下了伏笔。
时至今日，江苏省内居民相互认同度仍较低，这与清代江苏督抚分驻、官员林立的历史传统可谓不无关系。
,
