在现实中，有很多由普通人自发组成的组织，最神秘的莫过于朝阳群众。“朝阳群众很神秘，因为警方会保护举报人的隐私，因此就不要刨根问底了；朝阳群众很可爱，因为他们嫉恶如仇，耳聪目明；警方工作离不开大家的支持和配合，不论是案件线索收集还是交通、消防、治安隐患排查，大家都可以来做朝阳群众。”——摘自北京警方官方微博“平安北京”对朝阳群众的评价。那么动漫中又有哪些神秘的组织呢？
名侦探柯南-黑衣组织
柯南作为火了二十多年的动漫，一直受到人们源源不断的关注，可以称之为有生之年了（什么时候能看到结局呦）。里面最神秘的组织就是谜团重重的黑衣组织了，现在所了解的，就只有他们是以酒的名称作为代号的。为了揭露那些家伙的真面目，小小侦探江户川柯南的活跃开始了！不过黑衣组织里面不全是坏人，也有一些可怜的人。组织成员对黑衣组织首领的称呼是那位先生（逗我玩呢），首领没有任何代号，而其他成员的酒类代号就是首领所命名（首领已正式证明为乌丸莲耶）。
一人之下-哪都通
全称哪都通快递公司，其成员全部是异人，以快递公司为名义，事实上是国家约束异人的组织。公司的宗旨是：维护异人界的平衡和稳定，确保普通人不会大规模察觉异人的存在（感觉就相当于异人界的警察局）。现在所知的是其有6名董事，在全国一共有7大区，每个区设负责人一名，更是设有临时工职位，每个大区各1名，属于公司隐藏的高端战力，由大区负责人直接管辖。但是说来奇怪，正常情况下公司对异人界事务不能过多干涉，只负责维护，而异人界的大事往往是由十佬会谈决定的（十佬，是异人界的领军人物，亦是各方势力的代表人物）。
火影忍者-晓组织
由10名实力极强的忍者结成的忍者组织，亦是火影中最出名的组织，10名忍者大都是全国通缉的S级逃犯。成员身穿绣着红云的黑色风衣，头戴系着风铃的斗笠，相应手指佩戴标有自己代号的戒指：零、青、白、朱、玄、空、南、北、三、玉，护额上有一道划痕（另外手指甲涂有指甲油）。以捕获尾兽为目的，最初希望标改变国家，通过人与人之间的交流架起通向世界和平的希望之桥。但最后宇智波带土复活十尾之后，想让世界陷入梦境之中，实现所谓的永久和平。
笨蛋测验召唤兽-FFF团
全名“异端审问会·FFF团”，是一个以“烧死异端——异性恋”为目标的团体，FFF团的主要口号是“烧”。FFF团本身和“烧”并无任何关系，虽然动画中经常出现火刑，但其实其并不以烧为代表而是以审判为代表。服装为手持巨型死神镰刀，全身黑色披风加头罩，全员面罩上有F的字样。FFF团教义为共同获得幸福，审判与异性有不纯洁交往的团员（所以不会烧真爱的）。虽然其不反对同性恋，但并不是同性恋组织呦。其不仅有团徽，更有吉祥物和团歌。在现实生活中呢，多是宅男或者单身狗对自己的自嘲。
overload-纳萨力克
纳萨力克是以纳萨力克地下大坟墓为主要据点、以YGGDRASIL公会“安兹·乌尔·恭”为班底的组织，是个异形类组织。公会成员在全盛时期总共有四十一人，全部被称为“无上至尊”。组织的结构从上到下依次是公会成员，公会成员创造的NPC，魔物，外来仆役。NPC互相之间的地位相等，但会因职位不同而有着上下级关系。目前动漫里面还没有外人来探索，但是在即将到来的第三季则会出现入侵纳萨力克地下大坟墓的人。而纳萨力克地下大坟墓在过去曾经遭到过YGGDRASIL开服以来最大规模讨伐，共八个公会联军和其他相关公会、佣兵NPC等合计1500人，结果以入侵者全灭收场，创造了辉煌的传说。
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