1、补偿计算方式不同
棚户区改造应该使用市场比较法来计算被征收房屋的补偿数额，依据的是《国有土地上房屋征收与补偿条例》的规定。而城中村拆迁则可能存在多种计算方法，有的地方会参照国有土地上的房屋价格进行补偿，而一般通常是按房屋重置成新价格来计算被拆迁房屋。
2、程序不同
棚户区按照《国有土地上房屋征收与补偿条例》规定的征收程序，通常是入户调查、拟定征收补偿方案、征求公众意见、作出房屋征收决定后应当及公告等程序，程序十分复杂。
而城中村改造程序则与棚户区有很大的不同，一般先通过规划的申请、立项、审批，以及土地收储、制定拆迁补偿方案等，没有明确的法定程序，程序十分混乱。
无论是城中村改造还是棚户区改造，最重要的还是拆迁补偿给的是不是合理，给予拆迁户的补偿价格合理才能使拆迁工作顺利进行下去。但如果拆迁补偿不合理，还请广大的被拆迁人拿起法律武器积极维护自己的合法权益。
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