花椒芽的异质性比较明显。通常顶芽及其下面３～４个芽比较饱满充实，容易萌发成枝。由上向下到基部芽的质量依次下降，表现在萌枝大小（即长短，粗细）、复叶及小叶数量、果枝果序数、果粒数等都有不同程度的差别。
一般而言，多数花椒品种芽有晚熟性，到第二年才萌发抽枝；但是少数品种如米椒、拘椒等的芽具有早熟性，当年可以萌发二次枝。在顶芽受损后或秋季叶锈病造成大量落地等情况下，都可当年萌发二次枝。
花椒主干与主枝中下部，具有一定数量的隐芽，老树尤其多。通常隐芽可潜伏一至数年不萌发，在树势衰弱后常萌发抽生徒长枝，老树常利用此特点更新复壮。通过春季在隐芽上方环剥、刻伤等手段均可促成该芽萌发成枝。
花椒花芽为混合芽。据环剥摘叶法试验观察，花椒树花芽分化时间一般在６月上旬开始，８月下旬结束。不同品种、不同树龄略有差异，但绝大多数在花椒果粒迅速膨大后生长趋于变缓之时开始，至果实成熟采收，秋梢开始生长时停止。大红袍花椒花芽分化临界期在６月５日左右。
花椒按附着及萌发情况又有主芽与副芽之分。副芽成对生长在主芽两侧之下，通常不萌发，不易发现。当主芽萌发的新梢受损（如霜冻、人为摘去等）而此时当年新芽尚未完全形成时，两侧副芽即可成对萌发成梢，也可成为果枝。
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