清初推行海禁政策，尤其采取了极为残酷的沿海迁界措施，几乎断绝了中外正常贸易和商业活动。清初的禁海主要实施于顺治年间（1644-1661年）和康熙收复台湾之前（1683年），在这期间，多次颁布私人出海禁令，甚至实施“迁海”措施，将沿海一带居民内迁数十里，寸板不许下海。清初实施的严厉海禁，在后来实际执行中逐渐有所松动，一些地方出现“开边”、“展界”，允许内迁人民回乡复业。清康熙收复台湾后，下令适当放宽中外贸易政策，宣布“开放海禁”，准许人民出海贸易。随后于1684年和1685年先后在福建厦门、广东广州、浙江宁波及江苏云台山先后设立闽、粤、浙、江4个海关，负责口岸对外贸易管理，作为外国商船来华贸易的指定地点。这是中国历史上正式建立海关的开始，也是清朝海疆政策的一次历史性转变，中外正常贸易关系得到恢复。
图为福建泉州惠安县螺城镇王孙村发现一块刻有“奉旨边界”的石碑。经惠安文史工作者考证，这是清顺治十八年（1661年），清朝廷为了阻断郑成功与大陆百姓的联系，实行野蛮 “迁界”政策立的界碑。
广州十三行商馆区正是兴起于清代开海禁、建立粵海关之后。它的出现，是在中西之间基本保持正常贸易关系的状态下，经过将近一个世纪的逐步积累而自然生成的，是中国对外贸易从传统的贡舶贸易过渡到商舶贸易的产物。
最初的“十三行”有双重含义，它既可以是指广州的行商群体，也可以是指行商从事对外贸易活动的ー个特定的地域，即广州十三行商馆区。参照梁嘉彬《广东十三行考》的说法：作为牙行或对外贸易商行群体的名称，“十三行”在清初甚至明代就已经出现；但是作为商馆区而言，其兴起则是在淸代开海禁、设立粤海关之后。
图为粤海关旧址。
古代中国，对外贸易主要实行的是ー种贡舶贸易的制度，即只允许前来中国朝贡的国家与地区的船只携带-定的商品与中国商人交易。比如，据《续文献通考》记载：明朝政府就明确规定了各朝贡国家的贡期、贡道、贡品数、贡舶数等，而且“凡外夷贡者……许带方物，官设牙行与民贸易，谓之互市。凡有贡舶即有互市，非人贡即不许互市”。清初承袭明制，也不例外。比如，据《粤海关志》记载：根据清政府的规定，凡由海路来华之贡使，被安置在广州两关十八甫的怀远驿，贡舶所携货物，“在馆交易，不得于海上私自挥卖”。这里所说的“在馆交易”，即交易只能在明代旧有的由广东官府管理的怀远驿进行，贡使必须将所带货物的种类、数目“由司详候督、抚会疏题报，俟题允日招商发卖。其应纳货饷，候奉部行分别免征……所买回国货 物，一切违禁物件不许买带外，其应买货物，俱照定例听其买回”。于此足见，清政府对贡舶贸易有严格的限制，整个交易过程也都必须在广东地方官府的严格管理下进行，因此当时贡舶贸易的规模不大。再者，为了对付占据东南沿海的反清势力，清政府从顺治十二年（1655年)开始五次颁布禁海令，禁绝沿海商民出海贸易，顺治十八年（1661年)开始，更三次下达迁海令，强迫沿海居民迁往内地。
不过，其时广东的对外贸易并没有完全停顿，仍保持着与暹罗、荷兰等国的贡舶贸易，平南王父子尚可喜、尚之信还一度任用沈上达等人为“王商”进行海上走私。清康熙十七年（1678年)又应葡萄牙人的请求，暂时开放澳门至广州的陆路贸易。总的来说，由于处在海禁状态，正规贸易限制在传统的朝贡体制之下，海上走私又不被朝廷所认可，无规章可言。在此状态之下，广州又不允许西方商人侨居，自然不会有外国商馆的出现，也就不存在商馆区了。
图为位于广州十八甫路的怀远驿。
在收复台湾之后，清政府为了增加政府财政税收、安辑沿海百姓生活，在清康熙二十三年(1684年)下令解除海禁，并且准许中外商人进行贸易，决定在广东、福建、浙江和江苏四省设立海关。次年（1685年），粤海关在广州正式设立，管理对外贸易及征收关税。粵海关建立以后，清政府为规范和促进中外贸易采取了若干措施，据李士桢《抚粤政略记载》：
其一，停止了原来广州与澳门之间的陆路贸易，规定“到粤洋船及内地商民货物，俱由海运直抵粤门，不复仍由旱路贸易”。其二，废除原来由市舶提举司征税的定制，规定以后所有商人必须向粤海关纳税，由粤海关监督“征收海上出入洋船之货税”。其三，清政府规定了新的税收办法，对于贡舶贸易准其免税，“其余私来贸易者，准其贸易。贸易商人，部臣照例收税”。具体的征收标准，则仍徇旧例，按照船只大小“照例丈袖”，但考虑到商船“往日多载奇珍，今系杂货”，因此准其减免ニ成税额。其四，清政府加强了对从事中外贸易的中国商人的管理。清康熙二十五年（1686年)，两广总督、广东巡抚与粤海关监督经商议后发布《分別住行货税》文告，决定“设立金丝行、洋货行两项货店”，“如来广省本地兴贩一切落地货物分为住税，报单皆 投金丝行，赴税课司纳税；其外洋贩来货物及出海贸易货物分为行税，报单皆投洋货行，候出海时洋商自赴关部纳税”。并规定“如有身家殷实之人愿克洋货行者，或呈明地方官承充，或改换招牌，各具呈认明给帖”，但是两行不能混杂，“即有一人愿克二行者，亦必分別二店，各立招牌，不许混乱ー处，影射朦混，商课俱有违碍”。自此，外贸就从整个贸易行业中被单独分离出来，实行不同的管理制度，这就是广东洋行制度的开始。其五，清政府还加强了对外国商人及商船的管理。粤海关最初规定外国商船在澳门停泊并进行交易，但这样无论对粤海关的征税还是对商人的贸易都有不便，同时又受到澳门葡人的抵制，因此经粤海关首任监督宜尔格图等的题请，清政府批准将各国来广贸易商船“移泊黄浦”，规定外国商船在澳门经过检査后，由虎门沿珠江河道航行至黄埔停泊，其所携货物另雇船只运载至广州交易。由于完成交易需较长时间，清政府准许外商在广州租赁民房居住，作力其交易场所及储货仓库。对于外商人数，清政府规定，“洋船到日，止许正商数人与行客交易，其余水手人等俱在船上等候，不得登岸行走”，并由清政府“拨兵防卫看守”。对于外商居住停留时间，清政府规定，“番船贸易完日，外国人员一并逍还，不许久留内地”。如果遇有特殊情形，“或因货物未销，或有欠项未清，准在海关请照住冬，于次年催令回国”。
上述规定的实施，是中国的对外贸易由贡舶贸易为主转向商舶贸易为主的大过渡，也开启了洋行制度和商馆区的建设。
图为1682年的台海地图，意大利人罗希(G. Rossi)所绘《中华帝国图》。
在此情形下，外国商馆开始在广州出现。据《东印度公司对华贸易编年史》记载：最早在广州建立商馆的是英国东印度公司。早在1682年10月，英国东印度公司就训令来华的“卡罗莱娜号”商船，试图在广州设立一座商馆，但未获成功。此后东印度公司不断派商船来华，“在给开出商船的训令上多有包括前往广州建立商馆的指示，但各船最终还是到了別的ロ岸”。清康熙二十八年（1689年)，东印度公司派遣“防卫号”商船来华，但商船在抵达澳门后不久就与粤海关监督因为应缴税额问题发生争论，随后又与淸兵发生严重冲突，未能得到粤海关的允许进入黄埔贸易。1699年10月，东印度公司派出的“麦士里菲尔德号”抵达广州， 商人们发现“广州的政策有显著的变化”， “即使是满洲人，也已经知道鼓励贸易比之阻塞它更为有利”。这些英国商人在广州期间住在行商洪顺官提供的寓所，并且“和ー些商人会谈，又和其他商人在法国代理人寓所会谈”。他们还“自行进人城内，询问店铺的货物价钱”。之后，“麦士里菲尔德号”的商人在广州租赁了一间房屋，“整个季风期只需50两，并雇请仆役”。他们将湾泊黄埔的船舱板打开，起卸铅，将毛织品的包裹封口运到广州“我们的房子”。这就是英国商人在广州租赁房屋居住的开始。
图为买办雕塑。买办，亦称“康白度”，源于葡萄牙语“comprador”，原意为采买人员，买办即为此词的意译。买办的出现，要追溯到明末时期，葡萄牙人窃据澳门，开始在我国东南沿海垄断贸易。葡萄牙人嚣张跋扈，当时正直的中国商人多不愿与其接触，而葡萄牙人在澳门的生活物资也都依赖大陆地区的产出。在这种情况之下，葡萄牙人开始雇佣中国人为之居中采买，这些为之居中采买的中国人，也就是买办最初的雏形。
另据《东印度公司对华贸易编年史》记载：1703年，率领一艘大的“散商”船抵达广州的英国商人汉密尔顿、以及1704年12月到达广州的“斯特雷特姆号”商船的大班洛克耶，都曾记述与当地行商进行交易以及租住“行馆”的情况，洛克耶还特别提醒英国同行，如果要在广州租赁房屋作为商馆，“对你的协议要特別留意，不要让你的房东在你的住处保留房间或部分地给他自己或他的朋友住进去；因为他会窥探你的行动，他会要求从商馆中运出运入的货物中收取3%的权利”。
上述记载的英国商人在广州的“商馆”，还只是英商毎次前来贸易时临时租赁的房屋，并不是正规意义之商馆。直至1715年，随着来华商船的不断增加，英国东印度公司“决心要把对中国的贸易建立在ー个正常基础之上”，于是在广州设置了ー个有固定员司的商馆，长期驻守，“并且定期派遣船只”。按照英国东印度公司规定，广州商馆的固定员司有主席、司库、出口货物总管和人口货物总管，并由这四人组成特別委员会。此外是三位船货管理员，第一位执行副司库及买办的事务，第二位执行司帐职务，第三位执行秘书职务。经常还有十位录事，为首的一位担任助理秘书，其次是办公室总管、校对员及进出口货物管理员助理，三位是名副其实的抄写文卷的录事。该商馆的建立，是中英贸易进入新阶段的标注，广州正式的商馆由此诞生。
图为“广州商馆区”玻璃画，约绘于1785-1822年间，现藏广州博物馆。
再据《近代中法关系史稿》记载：清康熙三十七年(1698年)，法国商船“安菲特里特号”到达广州，是为第一艘到达中国的法国商船，并且法国此年“在广州留驻一位代理人”。除英、法之外，清雍正五年（1727年），荷兰人才得准在广州设立ー个商馆。1730年，西班牙在广州设立商馆。1731年，丹麦在广州设立商馆。1732年，瑞典东印度公司派遣“弗雷德里刻国王号”商船抵达广州后，首席大班坎贝尔向崇义行陈汀官租赁房屋，在广州设立了瑞典商馆。坎贝尔后来在日记中写到：西方国家在广州的商馆除英国馆、法国馆外，还有荷兰馆、丹麦馆、奥斯坦德馆等。
图为“广州十三行街景”铜版画，约绘于19世纪，现藏广州博物馆。
当时，这些外国商馆皆为租用行商所提供的房屋，其地理位置集中在广州城西南郊西濠西岸临珠江之地，即今广州十三行路以南至江边ー带。行商之所以选择这一地区供外国设立商馆之用，首先是考虑到其优越的地理位置、以及便利的交通条件。参照《广州十三行商馆区的历史地理》的说法：广州十三行商馆区邻近后来的西堤，这段江岸河水较深，为广州主要码头区，如西濠口西侧即有新荳栏码头，此地易于兴建码头，便利于船舶上落货物，这对于主要依赖船只运送货物的外国商人来说是极为有利的。而且此地接近广州西关及新城区，周围商贸已有一定基础，也有利于洋商的货物采购。另外，这里邻近怀远驿，是广州传统上的外贸区域，也是行商选择在此地兴建商馆的重要原因。
图为位于广州荔湾区西堤二马路的“广州十三行博物馆”。2016年8月31日，广州十三行博物馆启动试运行，向公众免费开放。馆内馆藏文物约1700件(套)，以"文物 文献史料"的方式，展示了广州十三行的历史。
在外国商馆相继建立后，以其为中心，周围建有行商的行栈，此外还有许多房屋，《广州十三行商馆区的历史地理》中描述：“包括商铺、作坊和离开街道很远的妇女居住的房子”。这些商铺和作坊主要也是为远道而来的外国商人服务的，他们可以在这里购买到所需的生活用品及大量中国特产，甚至还可以理发、缝纫等。于是乎，这ー区域不仅是外国商人的侨居地，而且成为了中外贸易的交易中心。
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