一、常见问题
1.研发费用真实性存疑，研发费大于管理费或占比过高。
2.研发费归集不合理，如研发人员年均费用远低于一般人员水平，直接投入占研发费。
3.总额的比例过高，不同研发项目支出金额、结构完全一样。
4.委托外部研发的支出全额计入研发费，未按80%计入研发费。
5.研发费用中其他费用占比超过20%。
6.研发费用明细表和研发项目（RD）表不一致。
7.委托外部研发支出与附件材料产学研合作协议所列不一致。
二、企业需要怎么做才能避免踩到这些误区？
研发费用归集
按照现行法律法规的规定，高新技术企业的研发费用应当按照各个研发项目单独归集，并建立相应的研发投入核算制度。
企业研发费用归集的注意要点如下：
研发项目确定
研发项目的确定是企业开展研发费用归集、项目资料整理的基础。根据《高新技术企业认定管理办法》与《高新技术企业认定管理工作指引》（以下简称《工作指引》）的要求，研发开发活动必须要有一定的创新性和先进性。
高新技术企业研发费用辅助账的建立
《工作指引》也规定企业的研发费用要以单个研发活动为基本单位分别进行测度并加总计算。企业应对包括直接研究开发活动和科技计入的间接研究开发活动所发生的费用进行归集，并填写企业年度研究开发费用结构明细表。企业应按照研发费用结构明细表设立高新技术企业认定专用的研发费用辅助明细账，并提供相关凭证及明细表。
高新技术企业研发费用的特殊规定
（1）委托外部研究开发费用发生额的80％计入研发费用总额；支付的特许权使用费一般情况下不能作为委托外部研究开发等研发费用；
（2）境外发生的研发费用不超过总额的40%限额；
（3）其他费用不超过总研发费用的20%；
（4）研发费用最终“应当”在费用项下列支，在归集时不应从未结转费用的成本项中筛选；
企业在研发费用调整中应注意的问题
1、注意与之前向政府部门申报的资料保持一致。
按照原国税函[2009]203号文的要求，申报高新认定的企业需要在汇算清缴期间向税务机关报送研究开发费用结构明细表。
在再次认定或者各类检查中，企业需要重点关注与之前申报数据的一致性，避免出现前后矛盾的情况。
2、注意研发费用与研发项目、知识产权的关联性。
高新技术企业各要素之间具有很强的逻辑上的关联性。与知识产权有关的项目，应该在无形资产摊销项下体现。另外，过于庞大的研发项目可以考虑分拆，但是相关费用不能简单的平均分摊，应当有合理的分摊依据。
3、注意跨期研发费用的处理。
跨年度的研发项目在核算研发费用时，应密切关注研发费用预算与研发项目验收报告，以合理分摊各年度的研发费用。
三、高新企业研发费归集的几个注意事项
（1）人员人工费用
科技人员中：
专门从事研发活动，工资表中归入研发部门工资，每月计提工资时分配至研发费用，社保费类同；
非专职从事研发活动的技术人员，需与研发活动立项决议中约定参与人员、参与时间相吻合，依据实际参与工时记录，合理地将参与研发活动过程中公司所承担的工资成本分配至研发费用，社保费类同。
（2）直接投入费用
材料费：
如公司处于研发阶段，研发用料直接采购，凭对方送货清单作为验收单，由研发部门的相关人员签字签收，并作为研发部门领料凭据，在取得发票、送货清单时财务核算直接记入研发费用-材料费；
如公司处于研发与生产同步进行阶段，采购材料凭发票、送货单（或入库单）入原材料，研发领用时，填至出库单，并由研发部门相关人员签收领用，凭此出库单记入研发费用-材料费。
（3）折旧费用
固定资产折旧表中，需将资产按使用部门区分，研发部门使用的资产折旧，分配记入研发费用-折旧费
如研发过程临时借用生产设备，那按研发所占用生产设备的工时记录，将设备折旧在生产成本和研发费用中合理分配。
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