从诸葛亮的有关论著和他的谋略实践来分析，诸葛亮的系统思想主要体现在“全面分析、统筹兼顾”和“动态把握、以变制变”两个方面，下面分别研究。
(一)全面分析、统筹兼顾
全面分析，统筹兼顾，是诸葛亮系统思想的核心，也是他最为辉煌的一页。他时时处处、事事都强调要全面、系统地观察问题，例如，他在《治军·第九》中讲，用兵作战要：“审天地之道，察众人之心，习兵革之器，明赏罚之理，观敌众之谋，视道路之险，别安危之处，占主客之情，知进退之宜…；”在《兵势》中又说：“因天之时，就地之势。依人之利，则所向无敌，所击者万全矣”。既全面又具体地论述了有关用兵作战的各个因素。关于为将之道，他在《将善》中说：“将有五善，所谓善知敌之形势，善知进退之理，善知国之虚实，善知天时人事，善知山川险阻，，在知人善任方面更有独到的见解。他在《知人性》中讲了七条观人之法；“知人之道有七焉”一曰问之以是非而观其志；二曰穷之以辞辩而观其变；三曰咨之以计谋而观其识；四曰告之以祸乱而观其勇；五曰醉之以酒而观其性；六曰临之以利而观其廉；七曰期之以事而观其信。，在全面观察问题的基础上，他还特别重视博采众家之长。他在《论诸子》中说，“老子长于养性，不可以临危难。商鞅长于理法，不可以从教化。苏秦、张仪长于驰辞，不可以结盟誓。白起长于攻取，不可以广众。子胥长于图敌，不可以谋身。尾生长于守信，不可以应变。王嘉长于遇明君，不可以事暗主。许子将长于明臧否，不可以养人物，此任长之术也”。《诸葛亮集》。诸葛亮不但有着具体的论述，而且有着丰富的实践。从他的谋略实践中，我们更能领悟到其系统思想的博大与精深。
1、《隆中对》系统优化的典范
《隆中对》诸葛亮的代表作，被誉为战略决策的典范和“千古奇策”。《隆中对》只所以能够“一对足千秋”，正是他在对天下大势全面而深刻洞察的基础上，系统优化的结果。他指出：“今操已拥百万之众，挟天子以令诸侯，此诚不可与争锋。孙权据有江东，已历三世，国险而民附，贤能为之用，此可用为援而不可图也”。接着又对荆州、益州的地理位置、战略地位、人心向背等作了进一步分析。他说：“荆州北据汉沔，利尽南海，东连吴会、西通巴蜀，此用武之国，而其主不能守，此殆天所以资将军，将军岂有意乎?益州险塞，沃野千里，天府之土，高祖因之以成帝业。刘璋暗弱，张鲁在北，民殷国富而不知存恤，智能之士思得明君。将军帝室之胃，信义著于四海，总揽英雄，思贤若渴……”。这些分析，入木三分，对各大军事集团的天时、地利、人和、政治、军事、经济的虚实优劣进行了全方位的思考和高度的概括。正是在全面分析、统筹兼顾的基础上，才提出了首先“跨有荆益”鼎足天下，然后再伺机北伐、统一全国的两步走战略目标。不仅如此，诸葛亮还高瞻远嘱着眼于未来。预测事态的发展变化，提出了相应的对策，他清醒的认识到，在“跨有荆益”之后，三国之中仍是蜀国最弱，曹魏最强，因此这必须要“内修政理，外结好孙权，西和诸戎，南抚夷越”，充分调动各方面的积极因素，才有可能完成兴汉大业。
2、审时度势，严法治蜀
史载，刘备入川后，诸葛亮推行法治，“刑法颇重”。对此，法正提出了不同意见；“昔高祖约法三章，黎明皆感其德，愿军师宽刑省法，以慰民望”。法正也是刘备集团妁一位高明谋士，其地位和谋略水平仅次于诸葛亮，在许多问题上见解甚深，为“三分天下”，巩固蜀汉政权立下过汗马功劳。此论借用历史经验，提出“宽刑省法，以慰民望”亦不失为高论。然而诸葛亮却另有一番见解。在《答法正书》中说到：“君知其一，未知其二。秦用法暴虐，万民皆怨，故高祖以宽容得之。今刘璋暗弱，德政不举，威刑不肃，蜀土人士，专权自恣，君臣之道，渐以陵替。宠之以位，位极则贱。颅之以恩，恩极则慢。所以致弊，实由于此。吾今威之以法，法行则知恩。限之以爵，爵加则知荣。恩荣并济，上下有节，为治之要，。诸葛亮的一番见解则使法正拜服。历代新政权建立初始，一般都采用“宽刑省法”之策甚至“大赦天下”以笼络人心.严法治蜀看似违背了历史经验，然则却是因时、因地、因事制宜，抓住了主要矛盾。刚柔并济、宽严得当，“对症下药，药到病除”乃是“辩证施治”之上策。法正之所以“只知其一，未知其二”，就是他只片面地看到了历史的经验，而没有认清现实问题的本质，没有抓住主要矛盾，犯了教条主义的错误。更为可贵的是诸葛亮的系统思想没有局限在某一问题或某一方面的微观领域，而是高屋建瓴站在时代的最高点，面对动荡纷争的历史大背景，以复兴汉室为目标，围绕提高以军事战斗力为核心的综合国力，对此有关的各个方面统筹规划，在更高的层次上，构建了一个多层次、多要素、有序化的宏大的谋略系统工程。在他手里，江河湖泊、山川草木皆可为兵。内部君臣关系、同僚关系，各类人才的使用，外交上有联合，有斗争，各项方针大计都相得宜彰。从而使蜀汉成为一个国小而志大，力弱而势强的高素质战斗集团，成为北伐的根本保证。诸葛亮谋略系统的终极目标是灭魏吞吴、复兴汉室；阶段性目标是争夺陇右、扩大地域，直接目标则是增强以军事战斗力为核心的综合国力。系统中各要素都表现出各处不同的特征，发挥着特定的功能，并在此基础上形成了系统的整体综合效应。例如，在科技要素中，诸葛亮制造了连弩、木牛、流马、及八阵图。连弩一发十矢，极大地提高了杀伤力，八阵战术，奇正相生，一方接敌，多方攻击，不但提高了战斗力，而且可以局部以多击少。木牛、流马，则解决了蜀军运粮艰难的问题；保障了战争的后勤供应。“休士劝农，，奖励农耕，缓解了蜀军的缺粮之患。“西和南抚”，团结了少数民族；巩固了后方，而且还扩充了兵源，壮大了军力。精练士卒、选拨将帅，可使战士以一当十，以十当百；有了强大的部队，再运用高明的作战计谋足以使优劣强弱之势发生转化。外结孙权，建立军事同盟，可形成对曹魏的东西夹击之势，使之腹背受敌，分散兵力。而这一切计划的实施，均有赖于各类人才的使用。选贤任能，法治教育又从根本上予以保证。使“侍卫之臣不懈于内，忠贞之士忘身于外”，“赏罚必信，无恶不惩，无善不显，至于吏不容奸，人怀自励”，史载，诸葛亮特别重视选拨和培养贤才，所以经他提拨的人如蒋琬、赍柿、董允、向宠、郭攸之、王子、赵云、姜维等人都是心怀汉室，一心为公的忠贞之士。尤其是姜维继承武侯遗志矢志不移，至死不忘兴复汉室。由于诸葛亮谋略系统是一个优化组合之系统，从而使蜀汉政通人和，举国一致，兵精粮足，“进欲龙骧虎视，苞括四海，退欲跨陵边疆，震荡环宇”，形成了一个具有强大战斗力的整体。
(二)动态把握，以变制变
动态把握，以变制变，是诸葛亮系统思想的一个重要方面。战争是流动的，由于谋略的对抗作用，使斗争形势的变化更加难以捉摸。“时移而势异，势异则法不同”，如何根据为谋略活动的一个重要内容。关于诸葛亮的谋略变化和调控问题，史料基本上没有记载，所以研究很不深入，加之诸葛亮被“演义”神话，人们误认为诸葛亮处处料事如神，计发心准。其实，这样不仅违背了事物发展变化的基本规律，反而抹杀了诸葛亮的理性思维和处事能力。近年来，有学者提出诸葛亮北伐只所以坚持出兵祁山，不是由于他“短于将略”或“奇谋为短”，而是针对后期三国形式的变化新格局，对《隆中对》提出的“钳行夹击”，一举灭魏战略的调整。对此，我们深以为然。现就我们的看法陈述如下：在《隆中对》中，诸葛亮基于对天下大势的分析，提出了“钳形夹击”一举灭魏的战略。他说：“若跨有荆益，保其岩阻…。待时机成熟，则命一上将将荆州之兵以向宛洛，主公亲率以出秦川……。则汉室可兴”。毫无疑问，在当时提出这样的战略是有充分根据的。但是，随着事态的发展，关羽丢失荆州，刘备亭大拜，使蜀汉元气大损，地域大大缩小，被捆在秦岭以南、大巴山以东的重山峻岭之中。“钳形夹击”一举灭魏实际已没有可能。北伐只有秦川一路可走。这种情况是地域小、人口少、兵源缺、战线长、既有运粮之艰，又有缺粮之患。这种情况不要说一举灭魏，就是自身也难保无患。然而诸葛亮不愧是盖世奇才，针对如此形势，诸葛亮将“一举灭魏”的战略改变为“平取陇右，蚕食雍凉，逐步灭魏”的新战略。这个战略符合蜀汉当时的国情。第一，平取陇右，蚕食雍凉可以扩大地域，增加人口，补充兵源；第二，可就地取粮，大大缓解运粮艰难的问题；第三，可连接羌人，壮大军力；第四，以陇右为根据地，进可直趋关中，威逼长安，退可跨陵边疆，攻守自如，进退有序，第五，由于当时已与东吴建立了比较巩固的联盟，东吴从东面出兵亦可形成“钳形夹击”之势。在当时情况下，改变初始战略，采取“蚕食雍凉”、逐步灭魏”之新战略无疑是以“以变制变，动态把握”之上上策。事实证明，这样的战法的确对曹魏构成了很大的威胁。
“自古不谍万世者，不足谍一时。不谋全局者，不足谋一域”。诸葛亮的谋略观全局、谋长远、高屋建瓴、动态把握，而且是“受任于败军之际、奉命于危难之间”，以“至弱对至强”，其难度之大，涉猎之广、审度之精，世所罕有。毫无疑问，他的系统思想达到了中国古代系统思想的最高峰。
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