多年以来，尽管没有直接证据，但坊间舆论及后世史料都将袁世凯视为刺杀宋教仁的主谋。刺杀宋教仁对袁世凯有利吗？表面上看起来有。
一方面，国民党已赢得了中华民国首届国会多数选票，即将组成宋教仁梦寐以求的政党内阁，由此开启中国历史上前所未有的民主宪政，而他本人也将登坛拜相出任内阁总理，以他此前种种“钳袁”的言论来看，未来袁世凯的大总统位置肯定是做不舒服。另一方面，袁世凯是旧军阀的代表，而宋教仁是走西方议会民主政治的代表，二者水火不容。从这点看，袁世凯确实是有刺宋的动机在内。
但刺杀宋教仁，真的对袁世凯有实际好处吗？以袁世凯呼风唤雨、软硬兼施的政治手腕，以及手握数万北洋重兵作为可以倚靠的军事后盾，有必要冒天下之大不韪，对一个炙手可热、却又只是玩玩嘴皮子而已的政治明星施以毒手吗？
1913年3月20日晚，刚刚在大选中获胜的国民党代理理事长宋教仁在上海遇刺，两天后不治身亡。
案发后，袁世凯下令江苏都督程德全限期破案，并悬赏万元缉拿凶手。短短三天，凶手武士英和他背后的应桂馨双双被缉拿归案。证据显示，应桂馨策划暗杀了宋教仁无疑。但路人皆知，这俩人无疑是台面上的小人物，而他们的背后必然还有人。
一开始，矛头被指向了国务院秘书洪述祖，刺宋发生前，洪、应两人频繁往来电文，洪述祖涉案无疑，但洪述祖仅仅是个国务秘书，无权决定大局，更没有胆子这么干。
那还谁有嫌疑呢？
宋教仁北上出任内阁总理，现任国务总理赵秉钧自然要下台。众目睽睽之下，国务总理赵秉钧也成了嫌疑犯。
赵秉钧这个国务总理是由大总统任命的，国民党胜选后，赵秉钧也有过“宋要来做总理，我往哪搁”这种言论。但在国事未定、国会未开、宪法未定的情形下，赵秉钧一介文人，由他主使杀害宋教仁，以此来保证总理的位置，未免过于草率。
既然洪述祖、赵秉钧都不可能是真凶，那么袁世凯便自然被舆论视为背后主谋。但只要认真分析一下就会发现，其实刺宋并不符合袁世凯的利益。
宋教仁虽然公开争总理，但一直明确主张总统要选袁世凯。他追求的是政党内阁制，希望跟袁世凯通过谈判方式，用宪政的途径来分配国家权力。
即使任命宋教仁为内阁总理，以袁世凯的政治手腕，以及《临时约法》所赋予的公布法律、任命国务员等巨大的权力，拥有足够的力量与内阁抗衡，他也完全可以指望在立宪派、北洋军队、多数地方都督以及社会主流舆论的支持下，迫使内阁屈服。
所以袁世凯并会特别不害怕宋出任总理，考虑到激怒国会的严重后果，袁世凯完全没有必要为相对次要的内阁问题冒险刺宋。
退一步说，即使宋死后，国民党内还有孙中山、黄兴这样威望远高于宋的领袖，国民党在国会占有多数，在正式总统选举中把袁从总统宝座上拉下来是极有可能的，而且国民党当时确实有这样的计划，即所谓“法律倒袁”。
杀一个宋教仁根本无济于事，所以袁世凯在宋案后非常恐慌，对人说：“这是怎么好！国民党失去了宋遁初（宋教仁的字），少了一个大主脑，（国民党）以后越难说话！”
再者，如果国民党抓住刺宋案后袁世凯威望大受打击的有利时机，掀起一波“倒袁”舆论风暴，袁世凯所要面对的形势将会是非常被动的。果然，国民党仓促间发起了“二次革命”，袁世凯一度手忙脚乱，但这些都是后话。事前，袁世凯必将预料到此种情况，但当时袁政府的财政状况已然枯竭，正在筹划大借款，就是从财政角度来看，袁世凯也没有主动冒险决裂的必要。
袁世凯历经清末民政中国政治舞台上的重大政治变动，对于各种政治关节与手段的利害自然心知肚明，对于当时的政治形势也有非常清楚的认识，知道刺一人引起国会多数党的全党报复，反而可能带来极大危险，所以很难想象他会同意用这种鲁莽的刺杀手段，去除掉一个可以在自己掌控之中的政治威胁。
既然袁世凯在刺宋案中，并无法获得实质性的利益，反而会让自己被推上了舆论的风口浪尖。这种傻事，袁世凯能干吗？
也许，他在与身边人交谈时透露了对宋和国民党的不满。一些善于揣摩上意之流，拐弯抹角谈到了除宋的种种可能，自以为得到了袁世凯的含糊认可，遂自作主张制造了这种惊天血案。
刺杀宋教仁一案到底是何人主使，至今没有定论。但考虑到国民党刚刚由同盟会等5个政治团体改组完毕，而同盟会内部高层之间一贯不和，又有会党暗杀的政治传统，加之国民党内与宋教仁关系不睦的大有人在，如果宋教仁真的当上了内阁总理，那么很多党内大佬势必边缘化。看到宋教仁得势，对宋教仁不满的人不在少数。
况且宋教仁过于理想主义，总想在中国移植西方民主制度，很多党内大佬对此却嗤之以鼻。
国民党内是否有人对宋教仁动了杀机，我们已经不得而知，但从这个政党素有的政治暗杀习惯来看，倒也不失为一种假设。只是真相到底如何，可能永远无法知道了。
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