咸丰六年（1856年）三月二十三日，文宗长子爱新觉罗•载淳生于储秀宫。咸丰十一年（1861年），文宗在病逝前令载垣、端华、景寿、肃顺四位御前大臣和穆廕、匡源、杜翰、焦佑瀛四位军机大臣宣谕册立6岁的载淳为皇太子。文宗死后，载淳即皇帝位，是为穆宗。
穆宗即位后，四位御前大臣和四位军机大臣辅政。不久，清廷内发生了政变。穆宗生母慈禧太后那拉氏和恭亲王相互勾结，将八位顾命大臣囚禁，并在后来将其中四人处死、另外四人革职，这便是“辛酉政变”。
辛酉政变后，清廷内部权势格局逐渐明朗。圣母皇太后钮祜禄氏和母后皇太后那拉氏（慈禧）和正式开始垂帘听政，恭亲王主要负责国内大局的调控。接受了很多西方思想的恭亲王主张改革，在国内提倡创办洋务，洋务运动由此而来。洋务运动的开展以恭亲王为核心，由曾国藩、左宗棠、李鸿章和沈保桢四人分别在各地创办。慈禧太后为取得清廷的绝对控制权，采用阴谋逼迫恭亲王下台，最终独揽大权。
由于太平天国运动尚未平定，慈禧太后对曾国藩非常倚重。咸丰十一年（1861年）冬，曾国藩被授职两江总督，执掌江苏、安徽、江西、浙江四省军权。同治元年（1862年），他被加授“协办大学士”头衔。此时，曾国藩已经是大清建朝以来权势最高的外臣。曾国藩并没有辜负清廷对他的期望，最终于同治三年（1864年）九月彻底平定了太平天国运动。
湘军作战长达十年，士气渐衰、积习已深，再加上湘军擅长在山区打游击而不擅长平原作战，曾国藩果断裁减湘军，并迅速组建了淮军。正当曾国藩分期分批裁撤湘军之际，蒙古王爷僧格林沁马队被捻军在湖北牵着鼻子走，接连损兵折将。捻匪最初由山东游民组成，经过对光、固、颍、亳、淮、徐等地进行了一系列剽掠后势力大增。其首领共有四人：张总愚、任柱、牛洪和赖文光。
清廷万般无奈，命令曾国藩率军增援湖北。朝廷的这次调遣，对湘军非常不利，所以曾国藩的态度也十分消极：其一，攻陷天京以后，清廷咄咄逼人，大有卸磨杀驴之势，曾国藩不得不避其锋芒，自剪羽翼，以释清廷之忌；其二，僧格林沁骄横刚愎、不谙韬略，向来轻视湘军，如果曾国藩统兵前往作战，势必会形成湘军送死有份、论功行赏无缘的情形。万难之中，曾国藩采取拖延之法。他上奏折推辞说：“臣自咸丰四年躬亲矢石，屡次败挫，厥后十载，久未亲临前敌。即元年秋间大疫，群贼纷乘，曾国荃被围四十六日，鲍超绝粮二日，臣俱未亲行援救。本年奉谕旨，饬臣督攻金陵，臣亦未亲往围攻，非漠视也。自揣临阵指挥，非其所长，不得不自藏所短，俾诸将得展其才，此次臣若自赴楚界，未必有益，而僧格林沁、官文同驻蕲、黄四百里之内，以钦差三人萃于一隅，恐启贼匪轻视将帅之心。”
僧格林沁大军在黄淮大地上对捻军穷追不舍，曾国藩得知后断言：“此于兵法，必蹶上将军。”因此，曾国藩按兵不动，静坐江宁，观其成败。果然，高楼寨一战，僧格林沁全军覆灭，这位皇亲国戚竟然被一个年轻的捻军战士杀死。经过这一仗，捻军声势更加浩大，他们纵横山东、河南，威逼津京。朝廷不得不立即请出曾国藩，命他办直隶、河南、山东三省军务，三省八旗、绿营、地方文武官员尽归其节制。两江总督由江苏巡抚李鸿章署理，为曾国藩指挥的湘军、淮军筹办粮饷。同治四年（1865年）六月十日，曾国藩北上剿捻。
同治五年（1866年），捻军首领牛洪战死，捻军开始分散：任柱、赖文光窜至湖北，张总愚窜至陕西，被称作东西捻。曾国煖剿捻一年有余但没有大成效，朝廷遂以李鸿章为钦差大臣。在李鸿章的指挥下，淮军在湖北击败东捻军。
同治七年（1868年）正月，西捻军首领张总愚向北窜至定州。京师大震，下诏削去李鸿章的职务。李鸿章上疏说：“剿办流寇，以坚壁清野为上策。东捻流窜豫东、淮北，所至民筑圩寨，深沟高垒以御之。贼往往不得一饱，故其畏圩寨甚於畏兵。河北平原千里，无险可守。截此则窜彼，迎左则趋右，纵横驰突，无处不流。且自渡黄入晋，沿途掳获骡马愈众，步贼多改为骑，趋避捷，肆扰尤易。自古办贼，必以彼此强弱饥饱为定衡。贼未必强於官军，但彼骑多而我骑少。今欲绝贼粮、断贼骑，惟有严谕绅民坚筑圩寨。一闻警信，即收粮草牲畜老弱壮丁於内。贼至无所掠食，兵至转可买食。贼虽流而其计渐穷，或可煖期扑灭也。”经过半年的围剿，李鸿章终于平定西捻军。此后，李鸿章成为了清政府的中流砥柱。同治九年（1869年）七月，李鸿章剿平北山土匪。
同治十年（1871年）七月，李鸿章代表中国与日本签订了《中日修好条规》。虽然这是一个平等互惠的条约，但李鸿章在签约过程中认定日本人“日后必为中国肘腋之患”。不料，竟被李鸿章言中。三年后，日本出兵侵台。清政府派沈葆桢为钦差大臣赴台湾巡阅，并调遣驻防徐州的淮军唐定奎部6500人前去驻守。最终，此次侵台事件以签订《中日台事条约》暂告平息。
同治八年（1869年），穆宗14岁，已经到了亲政的年龄。然而，慈禧太后并不放权，直到同治十二年（1873年）。此时的穆宗已经纵情声色而不能自拔，并染上了天花。同治十三年（1874年），穆宗病逝。虽然是万乘之尊，可命运还是公平地惩治了他的放浪行为，他死时几乎全身溃烂，恶臭远播，人人敬而远之，他空洞而绝望的眼中满含眼泪。他是中国历史上唯一一个死于性病的皇帝，他的死是大清皇朝一段羞于启齿的疮疤，也是他荒淫生活的一个总结，却是慈禧重掌朝政的一个契机。
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