清朝有八大总督，即直隶总督、两江总督、湖广总督、两广总督、陕甘总督、四川总督、闽浙总督、云贵总督（东三省建省后又设了东三省总督）。这八大总督因手握兵权，都是权倾朝野的封疆大吏，不过云贵总督却比较特殊，是因为平西王吴三桂的存在。
我们都知道，吴三桂本为明将，守着山海关，却投降清朝，将山海关拱手让给清军，成为清朝入主中原的大功臣。之后，吴三桂又十分卖力地帮助清朝剿灭南明抗清势力，清廷封他为平西大将军，令其剿灭南明永历帝朱由榔。吴三桂攻下云南后，为了能让他尽心办事，清廷将云南给了他。吴三桂果然十分卖力，于1661年杀掉永历帝，为清廷除去了心腹大患。吴三桂功劳不小，清廷将他的平西王爵位晋升为亲王级，默认他守云南兼管贵州。
顺治十年（1653年），清朝设云贵总督，驻昆明，管辖云南、贵州两省。云贵总督辖区地处云贵高原，环境恶劣，人口复杂，事务繁杂，还要肩负治理内乱和防守边疆的重任，同时还要兼顾部分藏区事务，可以说是最累、最不好干的总督了，比较出名一点儿的云贵总督有赵良栋、鄂尔泰、尹继善、福康安、邓廷桢、林则徐等等。第一任云贵总督是洪承畴，当了五年，同时还兼管湖广和两广共六省。实际上，当时吴三桂手握兵权，云贵的事还是他说了算。
兔死狗烹，亘古不变，吴三桂杀了永历帝后，对清廷来说，他的利用价值已经所剩无几，剩下的就是麻烦了，清廷很快就撤去了吴三桂的平西大将军职务。康熙时，又撤销了云贵总督，分设云南总督和贵州总督，听命于朝廷，以此来削弱吴三桂。吴三桂虽然还有王爵，但已经被剥夺了地方治权。
吴三桂有云贵兵权，总督还是得听他的，毕竟山高皇帝远，远水解不了近渴，谁的拳头大，听谁的。清廷只好云南和贵州又合二为一，重设云贵总督。吴三桂逼着朝廷将云贵总督迁至贵阳府，远离昆明，这样云贵总督就无法制约他了。见招拆招，1673年，康熙又单设了云南总督，总不能让云南总督再去别的地方了吧。
吴三桂被逼到墙角，无路可退了，就联合耿精忠、尚可喜发动了三藩之乱。一时间三藩势如破竹，打了清廷一个措手不及。不过等清廷缓过劲来，最终还是用了八年时间将其平定。平定三藩之乱后，云贵总督于1683年迁回昆明，与巡抚同城。
这是康熙帝的刻意安排，就是为了让云贵总督和云南巡抚互相监视、牵制，避免再出现吴三桂类似的情况。与此类似的还有闽浙总督、两广总督、湖广总督，都是总督与巡抚同城。
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