马来大狐蝠是世界上最大的蝙蝠。体长为20-25厘米，体重约为600-1100克，翼幅通常为150厘米。有一双大眼睛，较长的像犬科动物的口鼻部和长而尖的耳朵。下体毛发长，颜色从黑色到棕褐色，背部的毛发更短、更硬，尤其大雄性更为显著，颜色范围从桃花心木红色至橙色和黑色。黄金色围巾状的颈间皮毛和长达183厘米翼幅，都是把马来大狐蝠和其他狐蝠科成员区分开来的特征。没有其他蝙蝠所具有的尾巴。颈部较长，前肢掌骨和除第一指外的指骨特别延长，达60-70厘米，仅具1指，指的末端有爪。后肢扭转，膝向背侧，比前肢短得多，约为12厘米，具5趾。前肢和后肢完全由张有弹性的皮膜联结在一起，皮膜展开时，宽达150厘米。头部及皮膜均呈深棕色，颈部及腹部为浅棕色。
