《名侦探柯南》作为一部侦探悬疑漫画，其主旋律在于一个又一个的案件发生和解决，粉丝们也乐于去跟随主角去探索各种奇异诡秘的事件，所以作为单元剧还算是比较合理的。
但与其他单元剧不同的是，《名侦探柯南》存在一个比较完整的背景舞台，以神秘的黑衣组织为原点引出多方势力激烈对决，是一个比较庞大的主线架构，所以这也是《名侦探柯南》的一大特色看点。
在近几年《柯南》的粉丝对于长期连载产生的审美疲劳，制作团队早已经在案件手法的构建上也面临瓶颈问题，同时青山刚昌本人的身体状况出现了问题，所以最近几年频繁切入主线剧情，甚至剧情版的剧情也与主线联动。
在最新的漫画剧情中，戴着氧气面罩的黑衣组织BOSS乌丸莲耶看到了玛丽变小的踪影大感兴奋，也就是他可以以此作为“A药”成功的案例。曾经灰原哀说过黑衣组织半个世纪前开始策划某个大计划，而这个伏笔已知埋藏了近千集，在这里从乌丸莲耶口中说的话，这个阴谋似乎也随即呼之欲出，结局也不会太远。
不过官方倒也是没有直接说过这个老头就是乌丸莲耶，只是有各种证据表明，也存在较小的几率反转。但是，在不考虑反转的情况，我们还是可以从故事中的一些过往来猜测出这么一个阴谋所在。
乌丸莲耶初次登场的时候是在黄昏之馆这一集中，他被称之为半个世纪前的大富豪，在政商两界都有不俗的地位，但在大约40多年前突然宣布死亡，死因不详，享寿99岁。所以如果当时是假死，那么活到现在应该有140岁以上。
同时我们根据2018年在《名侦探柯南BLACK＋PLUS SDB》中的说法，乌丸莲耶的财力是要强于铃木财团及大冈红叶家族的，这点我们从他的黄金别馆也可以看出来，居然有人可以土豪到用纯金来打造别墅。
有钱人到了快死了总会想“人死了，钱还没花完”，总是幻想着能长生不老，返老还童。这点在早期不断地对剧情进行提示，灰原哀说过“人是不能违逆时光的洪流的，如果想勉强改变，人类是会得到惩罚的”，暗示组织的目的是为了逆转时光。
《人鱼失踪记》事件中，岛上流传着长生的传说，而在历史访客名册中出现了“宫野志保”、“黑泽阵”（琴酒）、“鱼冢三郎”（伏特加）等名字，两个组织骨干带着一个科学家来绝对不是参观那么简单，只能是因为组织对于长生的渴望。
与乌丸莲耶关系比较亲密的是贝尔摩德这个女人，她是BOSS最为中意的人，可以在组织内自由的活动。同时贝尔摩德的年龄未知，曾经以莎朗的身份活跃，后来扮成女儿再次出道。记得她给赤井玛丽服药时是嘴对嘴强行塞入，如果是杀人毒药，那么把毒药含在嘴巴这件事是十分危险的，所以我们有理由相信，贝尔摩德是“A药”的实验者之一，BOSS一直在观察她的服药后的反应。
总的来说，黑衣组织的BOSS乌丸莲耶在半个世纪前开始筹备研究长生不老的药丸，但这项计划只有少数的几个人相关的人知道，包括琴酒等人也都是完全不知情的，甚至连BOSS是谁也一概不知，只能以“那个先生”来称呼。
在他的身边有贝尔摩德作为A药样本，但这个药的成功率太低，一列的实验名单都是失败的，所以乌丸莲耶不敢贸然使用，只能通过医学勉强续命。如今玛丽的成功似乎又是另一个样本的出现，所以后续可能会进入主线终篇“乌丸莲耶”篇，然后对“A药”进行展开描述。
从乌丸莲耶的年龄，以及多方证据表明，组织的目的之一就是为了研究逆转时间的神秘药丸。但这似乎并不是这么简单，因为组织曾经要挟一个天才电脑游戏工程师板仓卓开发一款神秘软件，而板仓卓后面还透露自己“为了全人类”而放弃软件开发，后不料被杀，所以黑衣组织也会有进行一些企图操控人类的勾当。
准确地来说，黑衣组织在做两件事，一件事是为乌丸莲耶研究长生不老药，另一件就是通过犯罪手段去囚禁人才，然后胁迫他们使用科学技术建立庞大的关系网，控制更多的人。
,
