1997年底，原拟再为亚视拍《僵尸道长Ⅲ》，但当时被告知已患上肝癌，使拍摄终止，并成为他的遗愿。因拍片过于劳累，且因林正英平日喜爱小酌二杯，此双重因素影响下，引致肝癌。而他一生没拍过爱情文艺片，亦成为他最遗憾的事。
他所参与的最后一部电视剧是与徐锦江、刘松仁共同拍摄的"一枝花和尚"(新水浒传)，在剧中他饰演威风凛凛的白英奇元帅。林正英之死 正所谓天妒英才、好人短命。林正英一生磨难，45岁时刚得一红颜知己，却最终因患上末期肝癌迅速离世，时为1997年11月08日。
由于林正英一向为人低调,且不想因为患上绝症“博人同情”，所以得知自己患病后便向女友苑琼丹提出分手，纵然苑仔愿意不离不弃，但林正英却不愿连累她，遂自己搬出两人同居住所，独自搬到妹妹家养病。尽管林正英打拼影坛多年，但他真正熟络的也只有当年几个学戏的师兄弟董玮、孟海、尊龙，以及洪金宝等少数几人。
但即便他们也是从报纸上才得知林正英患病消息，当时尊龙正好在港，曾想去医院探望他，却被他拒绝，因为林正英自觉病相太过恐怖，连他的儿女都不肯见呢。1997年11月08日，林正英在圣德勒撒医院与世长辞，终年45岁。女朋友苑琼丹当时亦陪伴在旁。林正英的大殡仪式于早上在庄严的宝福纪念馆举行。当蔗棺醉灵的刹那，林正英的小儿子扑前抱棺哭叫，声声哭叫：“爸爸不要走呀！”。此情此景无不令人心酸。
许多圈中人相继到达，包括罗家英、曾志伟、苑琼丹、孟海、午马、钱嘉乐、钱小豪等等。他的红粉知己苑琼丹双眼红肿，一直强忍泪水，当诵经告别仪式开始之时，她也穿上黑袍为好友诵经送别，念到伤心之处，也禁不住低声饮泣。当瞻仰遗容及灵棺之后，苑琼丹随即上前向林正英的遗像鞠躬道别，并未跟随前往火葬场。
林正英死后，并未用道教仪式发殡，而是用佛教仪式举行葬礼。
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