定下了守山海关必守关外的战略之后，以何处、何城作为关外守御的重要据点呢？
袁崇焕向孙承宗提议，以宁远城（今辽宁兴城）为核心，加固宁远防务，巩固关外的防线。宁远原本没有城池，此地原本是一处平原。宣德三年（1428年），明廷设立宁远卫，并开始修筑城池。宁远卫城周长六里，高二丈五寸，又设立护城河。嘉靖四十三年（1564年），时任宁远卫指挥使陈绛奏请朝廷重修卫城。宁远卫规模有限，卫所标准驻军为为六千八百一十四人，城中则驻扎一千两百人左右。
袁崇焕认为宁远位于辽西走廊的正中央，战略价值极为重要。孙承宗同意袁崇焕的看法，奏请朝廷修筑翻新宁远城。天启三年，孙承宗命令袁崇焕、满桂负责宁远城的修缮工作以及招募流民，编练军队等各项事务。新任辽东巡抚张凤翼不同意这个想法，张凤翼胆子比较怯懦，认为明军的主要任务还是应该放在山海关城墙以及周围的要塞设施，花费如此巨大的人力物力财力增筑宁远这个地方，张凤翼认为这是挥霍所剩不多的国库。
孙承宗并不理会，他要求袁崇焕务必将宁远城打造成一座坚固的要塞。
袁崇焕接令之后，立即赶赴宁远负责城防及修缮事宜。参将祖大寿之前负责宁远城的修缮工作。但是由于军中普遍弥漫着消极情绪和流言蜚语，祖大寿认为朝廷肯定不准备继续守御宁远了，保不齐明天朝廷就下命令放弃宁远城。祖大寿索性磨洋工，出工不出力，宁远城的修筑一直没有实质进展。袁崇焕抵达之后，先是训斥祖大寿尸餐素位，又给将士们增强信心，告诉他们朝廷不可能放弃宁远城。同时制止流言蜚语的传播，整顿军心士气。
就这样，在袁崇焕的亲自带领之下，宁远守军开始统一思想，并开始大规模翻修宁远城。袁崇焕将城墙修到了三丈二尺之高，命令加装大量的火炮垛口，深挖壕沟，密布陷阱。同时严查各级，绝不允许贪污工程款项、中饱私囊。修筑工作由祖大寿、贺谦等人共同监工，于天启四年正式完工。宁远城修筑完工之后，一跃成为关外明朝的第一大重镇，这里被袁崇焕打造成了一个新的货品集散中心，商旅往来非常频繁。同时大量的流民百姓被袁崇焕募集宁远城及周边，辽西走廊上以宁远为中心的新的格局开始逐渐形成。
尽管辽东巡抚张凤翼始终反对孙承宗、袁崇焕如此这般经营关外的重要据点，但是在孙承宗的坚持之下，熹宗皇帝最终选择支持。并要求户部、兵部予以配合，钱粮马匹、铠甲武器都要优先供给辽东。不仅如此，为继续拓宽关外的战略纵深。袁崇焕建议以宁远为基地，继续外扩200里，将锦州、大小凌河、松山、杏山等地加固并形成要塞堡垒群。这样一来，宁远城也有了外围屏障，明朝的关外防线也得到了极大的延展和拓宽。至天启五年（1625年），明朝因为广宁大败后，形成的恶劣东北军事环境已经得到了极大的改善和调整。经过孙承宗等人的不懈努力，辽东的局势逐渐稳定了下来，明朝也宣告正式建立了“宁锦防线”。这条防线之后为大明王朝守卫东北边境达二十年左右。
然而，当孙承宗、袁崇焕等人努力改变辽东战略态势，积极准备与后金方面进行战略对峙与对抗之时，明廷内部再次爆发了激烈的政治斗争。
天启四年（1624年）六月，都察院左副都御史杨涟弹劾司礼监秉笔、提督东厂太监魏忠贤二十四大罪状。这次事件，引爆了天启朝规模最为庞大的政治风波。杨涟身为东林党的核心人物，自然看不惯魏忠贤与外朝的非东林党派官员勾搭在一起，加之阉党势力越来越庞大，已经威胁到了东林党控制朝廷政治格局的地步。杨涟、左光斗、汪文言、赵南星、高攀龙、魏大中等东林党人的中流砥柱纷纷下场弹劾魏忠贤及其党羽，试图剪除阉党这个威胁东林党地位的存在。
杨涟的上疏使得东林党和阉党之间的斗争白热化，魏忠贤利用熹宗皇帝与其亲近的有利因素，化解了这次危险。随即于天启四年十月开始反击，目标是彻底击垮东林党。杨涟、左光斗先后下狱，赵南星、高攀龙被罢官驱逐回家。魏忠贤利用东厂手中的特权，罗织了大量罪名，使得东林党七十余位官员被一股脑地打翻。锦衣卫指挥使许显存残忍暴戾，为完成厂公交代的任务，大肆实行残暴刑罚，使得东林党人冤死狱中，死状惨烈。由于阉党在党争中置对方于死地，使得双方的矛盾彻底无法和解。东林党被魏忠贤几乎横扫一空，阉党骨干——左副都御史王绍徽甚至专门仿造水浒传一百零八将，制作了《东林点将录》，用于迫害东林党的官员。
由于东林党在万历末年基本取得了朝堂的控制权，所以其主要官员都身居要职（这自然会导致朝廷政局的严重动荡不安）。魏忠贤以投靠自己的官员为凭借，大量提拔阉党成员接替东林党把持朝政。如此这般的政治动荡，自然不可能不会影响到辽东前线。而孙承宗本就是一个刚正不阿的人，眼里揉不得任何的沙子。天启四年，太监刘应坤奉魏忠贤之命携十万两白银前往山海关犒军，其中拉拢意味更是明显。然而孙承宗看不起魏忠贤是一个宦官，不愿理睬。镇守太监意欲得些好处，也被孙承宗严词拒绝。久而久之，在阉党各级骨干的耳旁风下，魏忠贤逐渐对孙承宗深恶痛绝。
天启五年（1625年）八月，山海关总兵马世龙误信间谍情报，偷袭后金占领的耀州。结果被后金军埋伏，损失了四百多人以及战马六百多匹。此役马世龙背着孙承宗私下行动，孙承宗战前毫不知情。本来对于偌大的辽东而言，此役的规模其实不值一提，但是阉党抓住此役的失利死死不放，连续弹劾孙承宗十多次。熹宗皇帝迫于压力，任命阉党的高第接替孙承宗为辽东经略，而令其退休还乡。
然而高第完全没有应有的能力负担起辽东前线这个艰巨的任务。高第是万历十七年（1589年）的进士，他对于军事是一窍不通，之前也是默默无闻，主要是靠上了阉党的大腿这才青云直上。高第一上任，就觉得孙承宗的御敌于关外的战略非常危险，万一再次失败该如何是好。索性把部队都撤入关内，凭借山海关据守，高第的观点与以前的王在晋不谋而合。可这样以来，孙承宗等人多年的心血就付之东流也。
时任辽东经略司左参政、宁前兵备道的袁崇焕断然反对高第的命令，并希望高经略可以慎重考虑。可是高第置之不理，执意要求部队立即后撤进入山海关内。袁崇焕大怒之下表示拒绝执行命令，带领麾下将士坚守宁远城，不愿意听从命令后撤。高第知道袁崇焕朝中有人赏识，也不想针对他，索性置之不理。但是把锦州、松山、大小凌河、杏山等地的防御部队全部调离，只留下一些用于驿站兵卒负责过往通信，其余全部裁撤入关。由于撤退命令非常仓促，而且几乎没有任何的有效准备，很多刚刚迁徙而来的辽东百姓被这一纸命令搞得家破人亡。明史中的原话是：死亡载途、哭声震野、民怨而军益不振。
袁崇焕被高第的做法气的悲愤欲绝，他认为自己数年的心血功亏一篑，深感阉党乱权，国家朝政混乱，而自己毫无任何办法的袁崇焕索性上表辞官，归乡而去。但是熹宗皇帝不允准，皇帝勉励他要继续努力，同时于天启五年十二月，提拔其为辽东按察使，继续执行其原定任务，这相当于是熹宗皇帝允准了袁崇焕领兵坚守宁远的旨意，高第自然也不敢苦苦相逼。
天启六年（1626年）正月，努尔哈赤领兵向明朝固守的辽东地区再次发动大规模进攻，这次进攻，努尔哈赤点齐了诸贝勒大军，八旗精锐倾巢而出，一场遭遇战在宁远城下即将打响。去年初，努尔哈赤听闻明朝方面再次更换前线主帅后，就试图再次打击明朝的军事力量。之前由于消化战果，改革政治制度，努尔哈赤没有时间继续进攻，现如今各方面事务逐渐步入正轨，努尔哈赤决心扩大战果，拓宽地盘。
正月十四日，努尔哈赤领兵出沈阳，十六日抵达东昌堡、十七日渡过辽河。后金军连续攻占左右卫、锦州、松山、大小凌河、杏山、塔山等地。这些地方残余的明军依照高第的命令，只负责向后方传信，不负责坚守据点，纷纷焚城而去。努尔哈赤带领着十三万八旗精锐，如入无人之地一般横扫辽西走廊。正月二十三日，后金军抵达宁远城郊。努尔哈赤遂派人前往宁远城劝降袁崇焕，允诺其只要投降献城，必会以高官厚禄相待。袁崇焕断然拒绝了劝降的诱惑，并号召全体将士与宁远共存亡。辽东总兵官满桂、副总兵左辅、参将祖大寿、守备何可纲纷纷表示与袁大人共存亡。
袁崇焕命何可纲为监军，无论是谁逃跑就斩谁，包括自己在内。早在战前，袁崇焕就命令将城外关隘的明军及驻军全部撤入城内，刚刚到货以及仿制成功的西洋大炮也悉数搬运至城中并布防于城墙之上。同时命令同知程知维负责刺探奸细的任务，将城内活动的后金间谍悉数逮捕。同时他放手任用满桂、祖大寿等将领，要求他们放开手去打，袁崇焕只有一个要求，与宁远同在。同时命令后方驻守中前卫的赵率教，凡是没有自己亲笔手令而撤至其辖区的，一律处死。如果放跑一人，赵率教就要被砍头问罪。另外要发动一切可以发动的老百姓，袁崇焕多次进行布告，号召阖城百姓共同赴难。
在给朝廷的奏疏中，袁崇焕再次表达了宁远将士守城视死如归的决心。然而朝廷对于袁崇焕能否守住，表示严重的怀疑。新任兵部尚书王永光在给熹宗皇帝上疏时，强调兵部目前认为并无把握守住宁远城。辽东经略高第自己缩在山海关内，对宁远城不闻不问，似乎和他毫无关系。然而袁崇焕却不管朝廷如何反应，毅然带领不到两万的宁远军民，准备和努尔哈赤来一场硬碰硬。一场异常血腥残忍的宁远争夺战，即将打响。
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