我通常用车祸来比喻：造成车祸的可能原因很多，但是结果都一样是车祸。鲸鱼搁浅的案例中，大约只有50%鉴定得出原因，其中有些原因很明显，例如遭船只撞击会造成特有的骨折与伤痕；而在美国东北部，暴风雨过后，则常见到肺炎或外伤等。还有别种外伤也很常见，成因包括鲨鱼的攻击，或什至同类的攻击。而人类带来的污染物与自然形成的毒素，如藻类产生的神经毒素，也都可能与大量搁浅有关。磁场异常与海啸也被认为可能是原因之一。
有一些格外引人兴趣的案例，则来自疾病与鲸鱼本身的状况。比起人类与饲养的动物，鲸鱼身上有更为严重的寄生虫与病变；生物有这种状况还可以存活如此之久，实在令人惊讶。
近来，军事用的声纳确实造成一些喙鲸（beaked whale）搁浅事件，但并没有证据支持所有鲸类都会被声纳影响。有趣的是，似乎只有喙鲸在少数地区受到声纳的影响，而这至少带来了解决特定问题的希望。
有些案例则没有简单明了的答案。现在借助于人类医学上常用的诊断技术，例如电脑断层（CT）与磁共振造影（MRI）扫描或分子研究等，已经开始帮助我们进一步了解原因。
鲸鱼搁浅可以回溯到亚里斯多德的时代，这暗示搁浅有很大的程度是自然现象。而这也引发一个问题：如果你坚持把鲸鱼送回海里，是否反而对鲸鱼族群有害？如果这条鲸鱼生了病，会对整个族群造成什么影响？我并不是在提倡即使做得到也不要把鲸鱼送回海中，但这是个值得深思的问题。
该怎么做？
另一方面，如果人类活动促成了搁浅事件，我们也不能轻忽──如此才能在污染物、船运路线与噪音方面做出决策。对于岌岌可危的族群，例如只剩下不到400头的北露脊鲸（northern right whale），我们是否因某些理由加速了它们的健康恶化？搁浅事件的报告确实增加了，而有人正在设法了解，究竟是搁浅状况确实变多，或者只是某些地区的报告数量变多而已。
有时候，不论搁浅的原因为何，唯一的选择只有让鲸鱼安乐死。5月时在南非开普敦附近被冲上岸的伪虎鲸（false killer whale）就是一例，使得送鲸鱼回海洋的努力遇到挑战。试着想像在冬天的气候条件下，把它们送回海中有多么困难。鲸鱼体型虽大，从某些方面来说却十分脆弱。例如，万一在搬运过程中，水或沙子跑进喷水孔里，效果就像把水喷进你的鼻孔一样。如果真的把它送回水中，它也游走了，却变得衰弱、又回到岸边两三次，就必须要审慎判断它到底是能继续存活，或者只是增加痛苦；如果是后者，最好让兽医以人道方式结束它的生命。
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