因为“荤”本来就是植物。这个字看小篆其实就很清楚，就是车前、路边的草。本意是指蒜、葱之类的有味道的植物，在现代属于调味的配菜系列。
《说文解字》中有释义：荤，臭菜也。《仓颉篇》也指出：荤，辛菜也。
古代对“荤”字的释义，所谓“臭”，并不一定是指臭气，而是指“辛”，即味道特殊，刺激，不像其他蔬菜有自然香味。不过喜欢这些辛辣气味的人也很多，像川湘贵地区，离了这些配菜，做出食物来就寡淡无味。
而对于古代的中原人来说，吃东西也就是煮一煮，口味都是偏清淡的，所以这些“辛菜”对他们来说就是异类。就好像如今江浙港台的人跑到我们湖南来吃菜一样，辣椒的刺激对他们来说比“臭味”更大。
古代又没有口香糖，缺乏好的净口技术，那么要保持谦谦君子的形象，不在说话的时候产生异味让别人不适，最好的方法就是不吃这些有异味的菜。古人也很爱惜自己的形象啊，像宋之问口臭，就长期口含鸡舌香，试图解决这个毛病之后得到武则天的青眼。
而修身之人，就更加讲究了。平日里就吃得素净，哪一个成仙的人会散发异味？这是对仙风道骨最大的不敬。所以，戒荤——不吃辛臭食物就是每一个修道、清心、向佛的人必须要抵挡住的口舌之欲。
而且这也不算难事，同时让自己心清体健，何乐而不为之？
所以，道教、佛教以及注重形象的自持人士就达成了共识。
通谓芸苔、椿、韭、蒜、葱、阿魏之属，方术家所禁，谓气不洁也。
注意，这里是“方术家”所禁，什么是方术家？就是道佛成型之前的神仙教派，忽悠秦始皇，然后被坑杀得最厉害的人。这些人装神弄鬼，炼丹求仙，想在皇帝面前求得利禄，形象保持那是绝对少不了的。就算是忽悠普通人，有谁见过一个神仙一开口就是韭菜盒子味道的？
为什么禁？“气不洁也”。自己不舒服，又破坏神仙形象，当然该禁。而道教本来就是神仙教的变种，这个习惯就保留了下来。
佛教称之为“五荤”，大致指葱、蒜、韭、薤、芫荽等，又作“五辛”。
一个正常人都不喜欢和满口异味的人交流吧，何况靠近神佛之人。
那么这种指代异味植物的“荤”，怎么又变成了肉的代言词呢？
在“不食荤腥”中，荤是“五荤”，而“腥”才是指肉类。其实也很明显，荤是草字头，腥是肉字旁。不过大概是肉有“腥”味（牛、羊、鱼等各种都有），所以在制作这些肉菜的时候，加入刺激性味道的配料来除腥是不可避免的。而对“辛菜”的适应随着人的口味在慢慢分化、改变，你不吃韭菜，我不吃大葱，他不吃大蒜，但是这些配料在肉菜中是普遍存在的。所以“荤腥”两个并列结构的词可能就慢慢转化成了偏正结构，变成了“带有刺激味道的肉食”的意思。
南朝梁武帝萧衍在佛教推广方面有两个功劳，第一是建了很多寺庙，所谓“南朝四百八十寺”嘛，都是他在位的时候建的。另外一条就是为佛教僧众制定了戒律，也就是说佛教从印度传入中原，从东汉到梁，几百年，在萧衍手上有了完成了汉化的重要标志。
和尚们不吃肉，是从这个时候起的。跟佛教原始教义没有关系。
印度人咖喱味重，也是不提倡吃“荤”的，但是不戒“腥”，是可以吃肉的。不过后来佛教在印度被灭，然后从中国回流，不知道这个戒律是否照抄了回去。
反正大家如果看到有和尚、道士吃肉，用不着稀奇。
不过是一个人为的规定而已，佛道义理的精研，哲学思想的进阶，与吃不吃肉的关系不大。就去看西游记吧？要是蟠桃宴真的只有桃子，岂不让人心里发齁？这些都是人的想象、人为规定而已，你愿意守就守，不愿意守也没关系。
酒肉穿肠过，佛祖心中留嘛。
实际上从现代营养学角度来说，人作为杂食性动物，不吃肉只会营养不良。素食者别喷，因为今天你们有很多代餐提供维生素ABCDE，古时候人哪有？要不然为什么古时候是个老和尚就有舍利子，而现在怎么那么难烧出来？不是你们佛学境界不够，是营养结构改变了而已。
扯远了。“荤”到后来成为了“素”的反义词，就是拜了“荤腥”这个词意的逐渐合并、变化。“荤”不再只用来表示辛辣味道的植物，也代表了肉菜。就和肉菜对立起来了，但是字已经早出来千百年了，并不会、也没必要为了字义的增加去改变他的偏旁。
一个代号而已，我们了解清楚就可以了。说不定到下一版汉字修订，就把“草头”去掉，加上“月旁”呢？
这都不是问题，只要约定俗成，大家都知道这个意思就行。
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