明溪历史悠久，远在新石器时代已有人类在渔塘溪一带繁衍生息，创造自己的文明。县境秦属闽中郡，西汉属闽越地，东汉为会稽南郡。三国属吴建安郡，晋属晋安郡，隋代属邵武、绥城地域，唐、五代至宋代属汀州和南剑州及邵武地，宋设清流县明溪镇（驿）。明成化六年（1470年）以明溪镇，取将乐、沙县、泰宁、宁化和清流部分地置县，初名归化是“因有古归化地在其中”及归顺朝廷成化之意。清代至民国初，明溪属汀州府、汀漳道。民国20年（1931年）为苏维埃福建省归化县革委会，列入中央苏区版图；民国23年成立福建省归化县苏维埃政府，后又隶属闽赣省苏维埃政府。
民国22年5月， 因与绥远城和云南紫云县同名归化，就更改县名。以境内的渔塘溪将城区分成大小阜，两阜相对如“明”字，故更名明溪县。抗日战争时期属福建第七、九行政督察区（长汀、永安），解放战争时期属福建永安行政督察区，1949年10月24日明溪和平解放后属永安专区。1956年与三元县合并，称三明县，属南平专区。1961年恢复明溪县建置，隶属三明专区（地区），现为三明市辖县。
