清朝的两江总督，正式官衔是：总督两江等处地方提督军务、粮饷、操江、统辖南河事务，一般定例加兵部尚书兼都察院右都御史衔。
清朝共有九大总督，是九位顶级的封疆大吏，虽然各大总督的品衔一样，都是从一品，但由于掌管省份不同，排名有着明显差异。比如直隶总督，由于直隶省地处京畿要地，总管直隶军民政务的直隶总督由此也被称为疆臣之首。
仅次于直隶总督的，就是著名的两江总督。两江总督并非许多人认为的是江苏和浙江两省的总督，江苏省的概念，要到民国才出现。清朝的两江，乃是指的江南省和江西省，江南省的辖区包括了如今的江苏和安徽两省之地，所以实际上两江总督是所有总督中唯一掌管三省之地的总督，是管辖省份最多的总督。
河南省后来被划归直隶省
既然要掌管三省之地，而且地方都不差，那到底在哪个地方办公最合适呢？就经济和教育来说，明末清初的江西省也是富庶之地，不过比起江南省，各方面地位还是略逊一筹，所以江南省显然是首选，而江南省的中心，非江宁莫属，也就是今天的南京。
南京是明朝的旧都，朱元璋就定都于此，即使朱棣迁都北平，有明一朝，也始终将南京作为陪都，始终都有整套的班子存在。
从风水上说，南京也是龙盘虎踞，一派王者之气，所以历史上以南京为都城的王朝更是不少。
从两江总督的办公地点来说，南京显得更为合适，因为作为明朝的陪都，江宁城内存在着大量明朝王公大臣的宅邸，不用再费钱粮新建。最终，两江总督部院被选在了“汉王府”。
“汉王府”是一栋有历史的建筑。它的由来，有个传说，据说朱元璋与汉王陈友谅逐鹿得胜后，将投降的陈友谅之子陈理安置在南京，为他兴建了“汉王府”，不过陈理没住多久，就被朱元璋送去了高丽。这个说法颇为牵强，投降的陈理是否还有资格承袭他老子自封的王位，会被封为“汉王”，对已一统天下的朱元璋来说，恢复已灭亡对手的封号显然有点自打耳光的意思，而在史料中，小院也并未找到这样的记载，反而是在《明史．陈友谅传》中是这样记载的： “太祖亲征武昌……珲遂降……旋应天，授爵归德侯。”封投降的陈理为归德侯，从法理和逻辑上显然更说得通。
真实有据可查的汉王府的营建，是在朱棣靖难成功，夺取皇位后，将次子朱高煦封为汉王，在原归德侯府的基础上为他扩建了一座豪华的王府，不过朱高煦结局不好，先是被贬迁，后又造反，最后身死，汉王府也就闲置了下来，无人敢接手。
直到大明景泰三年（1452年），朝廷才下令将汉王府整修，作为“督理江南织造”之所，至明崇祯二年(1629)，命“织造太监提督江南织造”进驻汉府，邻近的街巷即称“汉府街”，时至今日，汉府街已成为现代南京的中心商圈。
转眼到了清朝，二号封疆大吏两江总督的官署，就选在了这块风水宝地，在称呼上，往往被称为两江总督部院，因为上文小院说到，清朝总督通常挂兵部尚书和都察院右都御使的头衔，所以部是指的兵部，院就是指督察院，这也直接说明了两江总督在军事和政治上的权力。
两江总督权力虽大，在清初的时候，还并不能独占此地，这是因为另一个巨头，江宁织造署的存在。江宁织造和两江总督两个重要机构一起在这里办公，后来在两江总督部院西南新建了织造局，织造署才迁出，由此到清末，除了个别特殊时间段，两江总督部院就一直设在这里，连康熙帝、乾隆帝下江南都以这里作为行宫，可见两江总督部院的规格和规模。
当然随着时局的动荡，两江总督也无法独善其身。咸丰3年（1853年），太平军攻克江宁，两江总督陆建瀛兵败被杀，他的部院被洪秀全大加扩建，成为了宏大奢华的天王府，洪秀全从此在这里享受了长达十一年丰富多彩的帝王生活。传说他死后，为了避免尸首遭到破坏，在天王府进行了密藏，不过最后还是被湘军找到，挫骨扬灰。
洪秀全在两江总督部院享受人生，失去官署的两江总督，如怡良、何桂清等，却不得不在在扬州、常州、上海、苏州、安庆等地颠沛流离，不得安生。
直到1864年湘军攻克江宁，天王府被毁，曾国藩在此按照礼制要求重建了两江总督部院。从此两江总督部院就一直在原地，直到清末。
至于清朝灭亡后，原两江总督部院就更加出名，因为孙中山在这里就任中华民国历史大总统，随后此地又称为总统府，到了今天，不论是明朝的南直隶，清朝的两江省，早已发生了沿革，承载着厚重历史的汉王府——两江总督部院——总统府，早已被列为全国重点文物保护单位，国家AAAA级旅游景区，成为南京的标志性建筑之一。
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