丽江古城始建于宋末元初（13世纪后期），由丽江木氏先祖将统治中心由白沙古镇迁至现狮子山，开始营造房屋城池，称“大叶场”[8]。
古城名称来源据说是因为丽江世袭统治者姓木，筑城势必如木字加框而成“困”字之故。
丽江古城的纳西名称叫“巩本知”，“巩本”为仓廪，“知”即集市，丽江古城曾是仓廪集散之地。[9]
南宋宝佑元年（1253年），蒙古军南征，木氏先祖阿宗阿良迎降，阿宗阿良归附元世祖忽必烈，驻军于此。[8]
元至元十三年（1276年），茶罕章管民官改为丽江路军民总管府。
元至元十四年（1277年），三跋管民官改为通安州，州治在今大研古城。同年，改丽江路通安州。[8]明洪武十五年（1382年），通安州知州阿甲阿得归顺明朝，设丽江军民府，阿甲阿得被朱元璋皇帝赐姓“木”并被封为世袭知府。明洪武十六年（1383年），木得在狮子山麓兴建“丽江军民府衙署”。曾遍游云南的明代地理学家徐霞客，在《滇游日记》中描述当时丽江城“民房群落，瓦屋栉比”，明末古城居民达千余户，城镇营建已颇具规模。清雍正二年（1724年），第一任丽江流官知府杨馝到任后，在古城东北面的金虹山下新建流官知府衙门、兵营、教授署、训导署等，并环绕这些官府建筑群修筑城墙。
