宗教裁判所往往被当做中世纪黑暗的典型标志，教皇英诺森三世为了镇压阿尔比派异端所建立的宗教裁判所也确实沾满了血腥。但最为臭名昭著的宗教裁判所，却是15世纪后期由著名的西班牙双王——伊莎贝拉女王和斐迪南二世所建立的西班牙宗教裁判所，从1483年至1820年，共有38万人被裁定成异端，其中10万人遭到火刑处死。
西班牙宗教裁判所的诞生，是文艺复兴开始之后，因此也显得格外黑暗。但我们如果掀开历史的迷雾就会发现，裁判所的产生与宗教狂热并没有极大关系，更多地是出于利益的考量，与法国国王腓力四世屠杀圣殿骑士团的动机如出一辙。在国家争霸的利益需求驱动之下，无数无辜之人沦为囚狱和火刑柱的牺牲品。
动荡的时代宗教裁判所的诞生，在一个基督徒和穆斯林对抗异常激烈的时代。
一方面，西班牙的收复失地运动步入尾声，格拉纳达苏丹国在西班牙西南部的崎岖山地当中修筑堡垒，苟延残喘。另一方面，奥斯曼土耳其的崛起令整个欧洲喘不过气来；1453年，千年之城君士坦丁堡被征服者穆罕默德二世攻陷，1479年，阿尔巴尼亚被征服，斯堪德培的继承者们折戟沉沙，1480年，穆罕默德二世进攻奥特朗托，引起的恐慌席卷整个意大利。
还好，1481年穆罕默德二世的去世，群龙无首的奥斯曼帝国不得不从亚平宁半岛撤军，但继任的巴耶塞特二世继续保持着对整个基督教欧洲的巨大压力。基督教世界处于草木皆兵的神经质状态当中，只需要一点火星，就能点起宗教迫害的张天烈焰。
实用主义的君王
建议伊莎贝拉女王建立宗教裁判所的阿隆索·德·奥赫达神父，塞维利亚多明我会的修道院丈，确实是一个狂热的基督徒。然而西班牙双王接受他的意见，难道真是被宗教狂热所感染？伊莎贝拉女王和斐迪南二世都曾依赖于身边的改宗犹太人，而一旦宗教裁判所建立，犹太人将首当其冲。
历史学家本齐恩·内塔尼亚胡认为，在创立宗教裁判所的过程中，斐迪南二世比起伊莎贝拉女王起了更大的作用。而论起宗教的虔诚，斐迪南国王比不上他的妻子。作为一个实用主义者，斐迪南二世更关心的，是宗教裁判所战利品的收集与分配。
收复失地运动由北向南推进，而南方往往更加富庶。之前的西班牙国王们都非常宽容，因此新占领区的人民们得以保全财富。穆斯林和犹太人会被要求皈依基督教，但管束并不严格，他们的习俗被希望潜移默化地改变而非一蹴而就。由于犹太人在经济方面的才能，他们受到的限制相比穆斯林更少。
然而，犹太人群体与基督徒的隔阂，使得反犹主义一直在西班牙有着强大的影响力。大量皈依基督教的改宗犹太人通过自己的经济才能从政府获得报酬丰厚、影响力强的职位，经济上和职业上的成功又引起了许多基督徒的嫉妒。
而奥斯曼帝国苏丹巴耶塞特二世对于格拉纳达苏丹国的支持，也让西班牙双王认为必须尽快结束漫长的格拉纳达战争。他们的邻国葡萄牙已经开始浩大的大航海运动，而西班牙也需要扫平伊比利亚半岛上最后的穆斯林王国，才好集中力量与地中海东方的异教徒决战。
但是群山缭绕的格拉纳达王国，被连绵的城塞和堡垒环绕，易守难攻，西班牙人想要啃下这块硬骨头，后勤线需要跨越广袤的荒原，这就意味着需要非常庞大的财政支出才能做到。对于财富的渴求，让西班牙双王开启了宗教裁判所的血戮之门。
犹太人经常遭受来自阿拉伯人和基督徒双方的迫害。但生活在西班牙的犹太人由于穆斯林控制时多年潜移默化的影响，生活方式与阿拉伯人更接近，很多人更是学会了阿拉伯语。这就更加重了基督徒对他们的排斥。
有些犹太人甚至支持奥斯曼帝国，根据他们的弥赛亚信仰，基督教世界毁灭后，犹太人将得到救赎。虽然秉持这种观点的犹太人并不多，但他们的言论必将让反犹主义者获得把柄。
除了获取财富和排除异己，宗教裁判所的开设更是能在国内煽动宗教狂热来凝聚人心向格拉纳达苏丹国作战。迫害改宗穆斯林和犹太人迎合了大部分国民的意愿，让他们更加支持他们的君王，这个角度上，宗教裁判所具备民粹主义的特性。
对犹太人的迫害西班牙宗教裁判所迫害犹太人远胜于穆斯林，迫害改宗犹太人又超过未改宗的犹太人，这似乎有些让人不可思议。但如果我们考虑到利益的因素，这也就变得容易理解。
拥有财富越多的人，越容易遭到宗教裁判所的迫害。狂热的人民会乐于告发这些人，宗教裁判所也会愿意轻率地将缺乏靠山的富有者定罪，因为负责人往往也能分到一杯羹。
皈依基督教的改宗犹太人比起未改宗的犹太人更容易遭受迫害，因为他们一般拥有着更好的工作，掌控着放贷之类高收入的职业。改信基督教让他们受到犹太人的敌视，而生活习俗上的些许差异则令他们难以完全融入基督徒的世界。里外不是人的状态，使得他们更容易遭到告发与抓捕。
异端裁判期间，犹太人与基督徒的冲突越发激烈，令民意越来越转向异端裁判所这边。
对当时的西班牙官方来说，很难判断一个犹太人究竟是真的改信基督教，还是秘密保持犹太教信仰，宗教裁判所在这个问题上一般都是抱着“宁可信其有”，疑罪从有的态度。当宗教裁判所于瓜达卢佩大规模迫害改宗犹太人时，伊莎贝拉女王使用从改宗犹太人手中没收的100万马拉维迪为朝圣者建造了一座医院，来取悦她的基督徒臣民。
改宗犹太人纷纷逃离西班牙，有些在格拉纳达战争期间投奔格拉纳达王国，这给予反犹主义者更多把柄。在穆斯林被广泛迫害之前，伊比利亚半岛上首先响彻了犹太人的哀歌，只因为他们更加富有。
宽容的教廷西班牙的迫害确实十分严重，但很多人不知到的是，罗马教廷的态度要远比西班牙双王宽容。
在1482年的教皇诏书中，教皇西克斯图斯四世抗议斐迪南二世在阿拉贡的异端裁判活动过于严苛，为了攫取财富而大量制造冤假错案。不过，桀骜的斐迪南二世反唇相讥，质疑西克斯图斯四世受到身边奸诈的改宗犹太人的蒙蔽。于是乎，教廷的干涉也无疾而终。
处于文艺复兴期间的意大利总体上是非常宽容的，热那亚人用船队迎接逃亡而来的犹太人，他们只需要表面上皈依基督教，就能获得填饱肚子的面包。而教皇亚历山大六世允许犹太人定居在教皇国内，并保护他们。总体来说，文艺复兴期间的意大利和罗马教廷体现出了很高的包容度。
在刚刚征服格拉纳达王国时，考虑到格拉纳达穆斯林庞大的基数，伊莎贝拉一世和斐迪南二世在《科尔多瓦条约》中确保了穆斯林们的信仰自由。到了1502年，虽然双王开始强力要求穆斯林改宗，大量不愿意改宗的摩尔人被驱逐出境。不过，如果摩尔人接受改宗基督教，便能保持自己的财产和习俗。
终伊莎贝拉一世时代，被异端裁判所处死的人数在1000-2000之间，总的来说，这并非一个非常巨大的数字。
对于穆斯林和改宗穆斯林的大规模迫害发生在西班牙双王去世后的查理五世和腓力二世时代。由于尼德兰新教徒的反抗，天主教的狂热气氛在西班牙国内越发激烈，而君主也丢失了他们先辈的实用主义，越来越倾向于一刀切的解决方式。
改宗穆斯林在西班牙被称作摩里斯科人。16世纪前期，查理五世不顾摩里斯科人对帝国做出的许多贡献，颁布了《阿拉贡净化宣言》，要求残余的穆斯林立刻全部改宗天主教，而已经改宗的摩里斯科人也要承担重税。此时巴巴罗萨·海雷丁已经在苏莱曼大帝的支持下于地中海肆虐，大量仇恨西班牙政府的摩里斯科人加入了海雷丁的海盗行列。
1567年，腓力二世下令：不准使用阿拉伯语，禁止带黑面纱，取消公共浴场。这一政策成为压垮骆驼的最后一根稻草，摩里斯科人纷纷揭竿而起，组成十万以上的义军，横扫西班牙南部。奥斯曼帝国也送来了武备和数千援兵，成为起义军的后盾。
大量西班牙基督徒被起义者俘虏，被卖到伊斯兰世界成为悲惨的奴隶。对此，西班牙平叛军的报复也异常惨烈。直到名将唐·胡安指挥平叛军，持续三年的摩里斯科战争才被镇压。在宗教裁判所的运作下，50万摩里斯科人遭到放逐，西班牙南部许多地方成为无人区。当时西班牙本土人口不到900万，这样大的人口损失令唐·胡安也为之感叹落泪。
然而宗教裁判所残酷的异端审判却越演越烈，扩散到拉美等地的西班牙殖民地，异端审判的风暴所过之处都是血肉和冤魂。除了改宗犹太人和摩里斯科人，曾经支持裁判所的基督徒也开始在无孔不入的监察下惶惶不可终日。
小结西班牙宗教裁判所因实用主义而诞生。在伊莎贝拉女王的时代，它既有攫取财富的作用，也能消灭内部的宗教纷争使得国民可以一致对外，因此无论其有多么恶毒和悲剧，终究是对当时的西班牙有一定积极意义的。
但当煽动起来的异端审判之风失去控制之后，西班牙的实权者们也就失去了最后一点徐徐图之的思想，希望通过一刀切的方式解决一切问题。越演越烈的异端审判之风，不但使得社会充满了不安和恐惧，也伴随着西班牙帝国的衰落。当裁判所最终解散的时候，西班牙王国早已从欧陆霸主变成一个对欧洲格局说不上话的国家。
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