很多不法商家常拿水晶、萤石、玻璃等材质来仿冒碧玺，所以鉴定碧玺的真假第一步是把天然碧玺和仿冒品区分出来。
水晶和碧玺：主要观察它们的颜色，一般来说水晶中紫色比较常见，碧玺则是没有这种紫色，只有紫红色，反观水晶却没有像碧玺一样的红色和绿色，因而可以利用这两者之间颜色的不同来大致鉴定真假。
人工处理的碧玺主要是通过注胶充填来进行处理，而这种充填的作假手法主要用在一些质地比较粗松的碧玺雕刻件和珠串上面。这类碧玺因其内部冰裂纹多，通透性差且质地较粗松，所以通过注胶处理手段可以提高它的通透度，遮掩一些裂纹和杂质。处理过的碧玺表面在放大观察时也有翡翠B货相似的蜘蛛网蚀痕，且处理过的碧玺其光泽不够硬朗，内部清澈感不好，有胶态的混感。另外，从成色看，观察碧玺整体的清透度及含绵体的程度，好的碧玺成色特别亮、非常透彻，而人工染色的碧玺，颜色较吊滞，缺乏天然碧玺的自然“宝光”，另外碧玺的横断面呈弧面三角形，且体内含有可见管状包裹物。
碧玺表层温度升高后，会产生电离子。这些电离子可以吸附周围的灰尘、头发。可从手链上拆下一颗碧玺珠子，用棉布来回摩擦数分钟，然后去接触被剪刀剪碎的小纸片，如果能吸住，则说明有电热性。
天然的碧玺内部大多都含有比较多的包体，碧玺的包体有两种，一种是像破了的气球碎片形状的气液包体，一种是针状、细管状的包体。碧玺还具有明显的多色性，从不同的面上去看碧玺，会有不同的颜色变化，但是不会出现紫色。
如果是碧玺切面宝石，因为碧玺的通透度和内部结构都相当好，一般来说优质天然的碧玺裸石用肉眼基本上看不到任何杂质和裂纹，且其透明度也非常高。优质的碧玺根本不会去注胶处理，优质的矿料几乎都会做成碧玺切面宝石，所以一般不要担心高档的碧玺宝石有注胶处理现象，倒是价格较低的那些裸石才有可能会去注胶处理。而且一般作为宝石的碧玺都是有鉴定证书的.
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