朱元璋去世后的第二年，明朝建文元年，燕王朱棣起兵“靖难”，连续攻占通州、蓟州、遵化、密云和居庸关。当年七月，建文帝朱允炆跪在太庙里，告诉朱元璋，他要削去燕王的宗籍，废朱棣为庶人。然后朱允炆派遣65岁的老将耿炳文为征虏大将军，帅兵30万，北伐朱棣。然而，耿炳文此战大败。《明史》记载：
而帝骤闻炳文败，忧甚。太常卿黄子澄遂荐李景隆为大将军，乘传代炳文。
关于耿炳文的结局，《明史》中也有记载：
燕王称帝之明年，刑部尚书郑赐、都御史陈瑛劾炳文衣服器皿有龙凤饰，玉带用红鞓，僣妄不道。炳文惧，自杀。
根据《明史》的说法，耿炳文在靖难之役中战败后，转攻为守，耿炳文非常擅长防守，朱棣攻打3日，无法攻破城门，只得退兵。但建文帝却派遣“草包”李景隆来代替耿炳文，李景隆能力之差，不用多言，最终大败。靖难之役之后，耿炳文投降朱棣，但在永乐元年，耿炳文因为穿“龙凤服饰”而犯僭越罪，畏罪自杀，享年69岁。
也就是说，按照正史，朱元璋临死前把耿炳文视为托孤大将，但耿炳文却在靖难之役中战败，最后还投降了朱棣，结局是自杀。但在云南挖出一块墓碑，即“濠梁慎庵耿公墓田碑”，这块石碑是一个叫耿琦的墓志铭，而墓志铭的作者是沐晟。碑文写：
三十二年，侯年已六十有五，援真定，殁于阵。上更痛甚，亲制文遣命中官谕祭……耿郎为我远来，汝厚遇之，俾其得所，以慰我心。
这篇墓志铭曾引起史学界一片哗然，小编先介绍几个人物关系：朱元璋在打天下时，曾收养一位养子，名叫沐英。沐英和其家族长期镇守云南，是大明朝西南的柱石。沐英第一任妻子生下儿子沐春后去世，在朱元璋的撮合下，沐英娶大将耿炳文的妹妹耿氏为续弦，生下沐晟、沐昕等子。而耿琦，则是耿炳文的儿子。也就是说，沐晟和耿琦两人，是姑舅表兄弟。
墓志铭的意思是：洪武三十二年，长兴侯耿炳文65岁，在真定之战中阵亡。建文帝非常悲痛，亲自命人祭奠……耿琦千里投奔于我，我尽我所能的厚待他，算是给自己的安慰。朱棣称帝后，耿家没有活路，他的妻子去世，长子耿璿、次子耿瓛、三子耿瑄全部被杀，只有小儿子耿琦逃到云南，去投奔姑姑和表哥沐晟。耿琦死后，沐晟为他写下这份墓志铭。
这里说长兴侯耿炳文在真定之战中就战死了，只活了65岁，而《明史》中说耿炳文只是战败，4年后才死。问题的核心，不是耿炳文到底是活了65岁还是69岁，而是耿炳文到底是战死了，还是投降了。因为《明太宗实录》有美化朱棣的倾向，《明史》借鉴了《明太宗实录》。而沐晟和耿琦是耿炳文的亲属，所以，后者更可信，因此可以肯定：耿炳文死在了真定，并未投降。
无独有偶，明朝《开国功臣录》中也说耿炳文是在真定之战中战死。而且，这一战是朱棣和耿炳文第一次交手，耿炳文和他的的两位副将全部战死，关于耿炳文的失败，原因有很多，首先是耿炳文不擅长进攻（擅长防守），其次是耿炳文阵中出现内奸，战略部署被朱棣提前知道，所以惨败。但有两件事，十分难解。
第一，耿炳文战败后的第4天，李景隆就赶到了真定代替耿炳文。真定据南京1800多里路。如果建文帝得知耿炳文战败的消息，然后再慌忙选帅，李景隆再达到真定。来回3600里路，就算全部用800里加急，李景隆4天时间也是赶不到的。也就是说，只有一种可能：在耿炳文战败前，建文帝得到什么消息，觉得耿炳文不靠谱，急忙派李景隆去代替，而李景隆到战场时，已经是耿炳文战败后的第4天了。
第二，1994年，南京出土《长兴侯夫人陈氏墓志铭》，说耿炳文的妻子陈氏去世时间是洪武三十五年（建文四年）六月二十三日，而朱棣攻入南京的时间是六月十三日。啥意思？朱棣刚占领南京10天，耿夫人就去世了。原因很简单，朱棣进南京后，列出了一批清算人员的名单，其中耿炳文家族在其中，耿夫人是惊恐自杀。所以，根据上述描述，可以得出三点结论：第一，耿炳文在战败前，就被建文帝所不信任，急忙派李景隆去替代。第二，李景隆到达真定后，耿炳文已经战死。第三，耿炳文没有投降，而且遭到了朱棣的清算。
近代学者顾诚曾提出他的说法：耿炳文作为朱元璋的开国将领，他和朱棣都参与过徐达的北伐，二人在一个战壕里并肩作战过。所以，当耿炳文带兵来到真定，朱棣开始装可怜，称自己被逼无奈，才走这一步的。耿炳文出面做老好人，劝朱棣退兵，然后他上奏给建文帝，希望建文帝不再为难朱棣。所以才有了下面的两个结果：第一，耿炳文被朱棣所骗，在劝说的过程中被朱棣暗算，耿炳文和他的两位副将悉数战死。第二，建文帝收到耿炳文的奏折，立即觉得耿炳文心软不靠谱，便派李景隆去代替，可是为时已晚。原来朱棣用鸿门宴杀了耿炳文，难怪朱棣会打败建文帝呢！
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