南通大学创办于2004年，由原南通医学院、南通工学院和南通师范学院合并组建而成，其中较为有实力的是南通医学院。不过南通医学院虽然建校很早，而且教研积淀深厚，不过主力早在1957年就搬迁到了苏州，留守部分才是南通医学院的主力。因此，南通大学这所“双非”高校虽然整体实力并不强，但是医学方面还是略有一定优势。
南通大学杏林学院是一所“独立学院”，也就是说他是一所民办高校，当然也有人称之为私立大学。之所以挂“南通大学”的名字，这主要是因为南通大学让他挂了自己的名字，因为这样做，可以获得一定利益，这是很多学校都喜欢的选择。而书面理由则是，南通大学同其合作人共同申办了这所学校，南通大学出无形资产，而合作人出有形资产，管理归合作人管理，仅此而已。
南通大学杏林学院，同南通大学本质上没有任何关系，这是两种不同体制的高校。南通大学是一所公办高校，而南通大学杏林学院是一所民办学校，公办学校是禁止同民办学校有隶属关系的，所以这就是两所学校，各管各家的事情。而南通大学杏林学院并非是南通大学的二级学院，他是拥有独立发展资格的学校，学院内任何人事和财务都归学院自己管理，南通大学不会也不能参与其中，所以说两所学校本质上没有任何关联。
南通大学杏林学院，既然是一所民办高校，教学经费就要想办法自己搞到，很显然是从学费里获得，学费自然很贵。但是任何涉及商业利益的事物，其实都有两面性，一方面要保证教学质量，另一方面要保证利润，但是很难做到平衡。想赚钱，当然教学质量就下降，就要侵害学生利益，否则如何压榨更多的剩余价值，没有更多的剩余价值，哪里来的利润。因此，南通大学的实力要胜过南通大学杏林学院一些。
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