电影里面的生物学教授，她在课堂上给学生介绍了一个观点：“海拉细胞不但不会衰老，还可以无限分裂再生，而且迅速、感染性极强。
有一天莉娜的丈夫凯恩接到政府的一个绝密任务。消失12个月后凯恩是这次任务中唯一活着回来的人。回到家中凯恩在喝完一杯水后开始狂吐血发病，随后莉娜和凯恩被一群不认识的人带走。女主角再次醒来时从窗户口看到一片“区域X”被肥皂泡似的东西围了起来，看起来像是被外星人入侵
莉娜想知道丈夫凯恩在消失的十二个月里到底经历了什么，和四个人一起进入了“区域X”。她们一进入这块区域昏迷了几天并且失忆，在这个里面没有信号，时间也是混乱的。这里面的植物和动物都产生了变异，人在这里面待久了也会变异。里面的植物变异成了人的形状，在电影里被称为‘闪光’。电影里面的一个生物学家解释了‘闪光’是一个棱镜，它不仅折射了光和无线电，更在折射这里面的一切生物的DNA,人类、植物、动物的DNA互相折射。
莉娜在进入区域X后小伙伴都变异死亡。只有女主角最后到达了最先计划的目的地区域X的尽头一座白塔，进入塔里面发现了凯恩的尸体和留下的视频DV。发现之前那个凯恩是复制人。所以莉娜的丈夫并没有活着回去，而是一个复制人。因为复制不成功不能适应人类生活，喝完一口水后就开始猛吐血病发。
塔里有一个小洞，在进去之后莉娜不小心复制了一个和自己长相一样的人。复制人会模仿人类，而且学习速度很快。电影结尾莉娜给了复制人一个炸弹把白塔和复制人一起炸了。但是结合前面的剧情来看，女主角从区域X里出来之后手上多了一个无穷大的纹身，最后活下来的最有可能是复制人莉娜。暗示着外星人成功的找到了自己的生命载体人类。
《湮灭》中入侵的外星物种没有具体形态，没有任何存在形式、只是将地球上的一切生物不断复制变异。在这种更高级的文明前面，似乎警醒着人类的渺小。
,
