海报镇楼
接下来，刘建明出场，这是陈永仁殉职后，刘接受调查的时期，剪短了头发，暂时调到闲职部门庶务部干活。刘建明在电梯里习惯性地向上一瞥，与第一部给韩琛打电话、第二部打电话出卖Mary姐时的一瞥相呼应（那两次刘建明还是由陈老湿扮演的）。
接下来，杨锦荣（黎明）出场，在KTV里，一出场就是这么一副不爽的表情
他为什么不爽呢，因为在他去北京期间，他一直仰慕的陈永仁死了。所以他需要地方发泄，而他恰好得到线报，在KTV有两个台湾军火商来香港做生意。然后他以一包毒品栽赃相要挟，胁迫KTV老板把这两个军火商打了一顿，打爽了之后才带到警局。从这里可以看出杨锦荣对制度漏洞的玩弄相当高明，整人也很毒辣，为以下的剧情埋下伏笔。（杨锦荣所属部门保安科，类似大陆的国·安部门）
镜头回到警局，庶务部的刘建明接到陈俊警长电话，要刘亲自把干洗的制服送过去。就在送衣服的几分钟之内，杨锦荣去到陈俊的办公室，不知用什么手法揭露了陈俊是韩琛余党的事实，逼迫陈俊举枪对峙，然后陈情绪崩溃自杀。
刘在办公室外目睹这一幕，对杨锦荣的冷静（冷血）感到震惊。
杨锦荣逼迫陈俊自杀，自然也要受到调查，因此杨锦荣被休假一个月，在这期间刘建明已经从庶务部调到内务部（类似于纪检机关），而刘到内务部接手的第一件案子，就是调查杨锦荣逼迫陈俊自杀这件事，内务部领导怀疑杨锦荣也是韩琛派的卧底，因为自从陈永仁死后，警局陆续有警·察被杀，上层怀疑是有卧底想洗白，他们还得到了韩琛与陈俊私下交谈的磁带（韩琛自从当上尖沙咀老大后，对任何人都不信任，所以大部分私密交谈都要录音），虽还没有证据能证明杨锦荣是卧底，但值得怀疑，所以要内务部去调查。
刘建明看到这盘磁带，自然十分震惊，他想到当初在电梯里，林国平（林家栋）打死陈永仁后，对刘建明表明身份，还爆料说那天早上有人寄了一袋磁带（陈永仁寄的，第一部里有陈永仁在韩琛死后拿磁带的情节）给警队大领导梁sir，而收邮件的梁sir手下恰好也是韩琛卧底，所以这袋子磁带被截流下来，并按照磁带内容分别寄给了其他卧底，连刘建明在内总共五个人。刘建明得到这一消息之后杀林国平灭口，然后开始寻找其他卧底。
又有情报说陈俊在某保龄球会馆有保险柜，只是钥匙不知道在哪儿。刘建明忽然想起那天给陈俊送衣服，因为陈俊自杀而没送成，而那衣服里恰好就有一串钥匙。
刘赶紧跑去庶务部拿陈的制服，此时杨锦荣“恰好”出现了，找刘建明要停车位，刘建明说自己已经离开庶务部了，只是来拿衣服的，而杨锦荣敏锐地指出：你是督察，怎么拿警长制服？刘建明脑子转得快，后发制人，说还不是因为你逼死陈俊，现在拿他的衣服调查嘛。杨锦荣认为因为调查自己都停了一个月职了，问道：不是已经查完了，怎么还查？刘建明打哈哈赶紧结束，说是啊已经查完了。然后两个人一起离开。
从保龄球馆保险柜里拿到的资料显示，杨锦荣也与内地黑道商人沈澄有联系，所以内务部对杨锦荣的怀疑深了一层。
刘建明觉得自己的机会来了，虽然他不知道杨锦荣到底是不是韩琛的人，但既然杨可能有把柄，自己及早抓住这个把柄，说不定能翻身变主动，以防像陈俊那样被逼到死地。
刘建明拿保险柜钥匙，继而看到沈澄与杨锦荣交谈的照片，都是杨锦荣一手策划的，目的是引刘建明上套，让刘关注杨锦荣和沈澄，进而在刘的活动中找到破绽。杨为何要怀疑刘？因为刘建明作为陈永仁死前接触的最后一个警察，自然成为杨锦荣的怀疑对象。
正当刘建明沉浸在对杨和沈的调查之中，李心儿医生的电话来了。刘陪李心儿去墓地看陈永仁，此时沈澄也再次到香港，准备与杨一起着手调查警局残余的内鬼。
时间回到2002年6月，沈澄冒充大陆来的黑商与韩琛谈合作，韩琛对眼前这个人半信半疑。沈澄来之前肯定调查过韩琛，所以就编造自己太太过世，求韩琛帮忙买块好墓地，将来合葬用。韩琛立马想到了自己的老婆Mary。不过这种心理上的套近乎不可能立马取得韩琛信任，所以韩琛在短暂的忧郁过后就转化成了皮笑肉不笑的一副假脸。沈澄说生意就由小弟们去谈，而沈澄的小弟沈亮态度十分嚣张，韩琛心里很不高兴。
而后沈亮和陈永仁都被带回警局，导演安排了六个影帝同台的场景。实际上不是很有必要，但这也是本片男主角能汇集到一个镜头里的唯一机会了，所以刘建明被叫过去跑了个龙套。黄sir看着陈永仁被打得吐血却无能为力，沈澄继续淡定地装黑社会，韩琛则决定继续试探沈澄。有个细节，大家可以看到刘建明戴了帽子，因为第三部大部分时间在2003年，刘建明剃了圆寸，而此时设定的时间是2002年，那时刘建明还是小碎发，为了避免剧情冲突，只好让刘建明戴帽子。
而陈永仁准备离开的时候，杨锦荣对他说了句：我认得你，你小心点。一语双关。看似威胁，其实还有关心。只不过此时杨知道陈是卧底，而陈不知道杨的想法。
