在大谷探险队掠夺的文物中，包括10具被人们习惯性称为“木乃伊”的高昌古尸。这些古尸大多来源于距吐鲁番不远的两个古墓地，那里是高昌王国和唐西州时期的公共墓地。1910年到1914年间，“大谷探险队”以破坏性的方式挖开古墓，发现了这些“木乃伊”。因为在“木乃伊”身上发现了丝绸残片，由此判断他们生前是达官贵族。由于当时交通不发达，大谷探险队只能用最简单的木箱子装上“木乃伊”，用骆驼运出新疆。
1914年3月，结束考察的大谷探险队穿越沙漠
1908年，大谷光瑞在神户六甲山建筑伊斯兰风格的别墅二乐庄，整理并公开展示从中亚·西域窃取的文物资料。
神户二乐庄外景
二乐庄内景展示西域文物
1911年，大谷光瑞探险队把在中国西北所获取的文物和书卷运回日本，陆续开始邀请日本国内的学者一起查检、校阅。内藤湖南、狩野直喜、小川琢治、桑原骘藏、松本文三郎、富冈谦藏、滨田耕作、羽田亨，以及东京帝大的泷精一等学者进行整理。泷精一主持的《国华》杂志成为整理刊布这些藏品的主要平台，后来日本学者们对大谷光瑞收藏品整理的成果由香川墨识编订为《西域考古图谱》分上下两册刊布了696件藏品的照片。
西域考古图谱书影
这期间，大谷在关注橘瑞超、吉川小一郎的考察动向的同时，也在关注中国的政局发展，并力邀罗振玉来日本。1911年12月，罗振玉和王国维受大谷光瑞、藤田丰八及京都帝大的学者们邀请，东渡日本，住在京都帝大附近。1931年罗振玉在旅顺时写的自传《集寥编》中回忆说：一日，日本本愿寺教主大谷伯光瑞，遣在京某君来言，其法主劝予至海东，竝以其住吉驿二乐庄假予栖眷属。予与大谷伯不相识，感其厚意，方犹豫未有以答应。这是辛亥革命爆发不久发生的事情。
罗振玉自传《集寥编》书影
旅顺文博宣
,
