在阿根廷“超级军旗”飞机服役23年之际，阿根廷海军航空司令部（COAN）开始进行研究，以评估对其升级或更换的方式。
2004年底，当时的阿根廷海军航空兵司令伊格莱西亚斯少将向国防部提交了一份提案，提出了对现有飞机进行现代化。2005年5月，该项目还在国会中进行了讨论，以评估超级军旗的现代化。最终取得的共识是，对“超级军旗”进行现代化改装，对捍卫阿根廷海洋和大陆架主权是有益的。
在接下来的几年里，该项目仍然是COAN的优先事项。以至于在每次活动、仪式或年度总结中，它总是被提及。但是，在当时，超级军旗飞机飞机状态还是比较良好的，所以，似乎COAN也并不急于该项目的推进。2009年，阿根廷海军上将戈多伊（Godoy）表示打算对“超级军旗”进行现代化改装，当时尼尔达·加雷（Nilda Garré）担任国防部长，她向法国提交了一份意向书，她传达了阿根廷对法军“超级军旗”的兴趣。
自1980年以来，法国海军的“超级军旗”经历了持续的现代化过程（雷达、导航和攻击系统、座舱所有部件的人机工程）。历次升级采用了不同的标准，最初的“超级军旗”为标准1，第一阶段升级称为标准2。
标准2（SEM 2）的关键是用Anémone雷达取代之前的Agave雷达。Anémone雷达对海上目标的探测距离增加了250%，并针对AM39反舰导弹和中程空对地（ASMP）战略空对地核导弹进行了优化。新雷达在所有模式下的性能都有提升，并增加了抗电子干扰的能力。
飞机的驾驶舱换装了新的HUD，新的UAT90机载计算机代替了UAT40，惯性导航器达到了更高的标准（UNI40M）。
1997年，智能空对地武器达到了标准3（SEM 3）。配备了新的汤姆森CSF ATLIS（激光照射吊舱），该系统允许在白天，使用激光照射引导AS30L导弹和500磅Paveway II激光制导炸弹。但是“超级军旗”不能同时携带ATLIS和LGB炸弹，只能使用“A照B打”的模式进行攻击。
不过，该标准 4 （SEM 4）已经取消了这一限制。法国海军航空中队于1999年1月首次部署了 “超级军旗”SEM 3，正好赶上空袭南联盟的行动。这是自1993年以来，“超级军旗”首次参加实战，也是其首次在实战中发射激光制导弹药。“超级军旗”执行了412次进攻任务，投下了266枚LGB Paveway II并发射了两枚AS30L导弹。
必须指出的是，“超级军旗”具有的战略重要性，因为它能够发射ASMP中程空对地导弹，这是法国空基核打击力量的重要组成部分。
标准4（SEM 4）于2000年之后继续实施，重点是改进自卫系统。总共有47架“超级军旗”升级到了标准4。
上一次重大升级是在2006年。法国海军将34架“超级军旗”升级为标准5（SEM 5），可以执行夜间精确攻击任务。座舱照明可以适合夜视仪，配备了15个泰雷兹Damocles瞄准吊舱。ATLIS吊舱虽然相当古老，但由于其出色的白天目标瞄准能力，仍然还在使用。SEM 5还包括加密的无线电通信能力和低成本的EADS Fightacs便携式触摸屏战术信息系统。
2011年在利比亚联合保护行动行动标志着“超级军旗”SEM 5的最后一次大规模战斗。戴高乐号航空母舰刚刚从印度洋部署回来。由于利比亚与地中海相连，到战区的飞行距离很短，因此“超级军旗”可以比在阿富汗携带更多的武器，每架飞机最多携带四枚GBU49 GPS/LGB炸弹。（续待）
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