这是「哥斯拉」系列电影的第一部，由于人类过度开采自然资源，环境恶化，导致地球生态系统发生紊乱，在二十世纪最后的夏天，那一天，人类终于知道自己并非地球这颗行星唯一的统治者。
巨型生物「怪兽」，以及驱逐怪兽的终极存在「哥斯拉」出现了。经历与怪兽之间长达半个世纪的战争，人类屡战屡败，最终计划逃出地球。
2048年，经过中央政府管理的人工智能筛选，一部分人类乘坐跨恒星移民飞船「阿拉特拉姆」号踏上了前往11.9光年之外的「鲸鱼座τ星e」的旅程。
然而，人类花费20年所抵达的星球与地球之间的环境差距远超预期，不适宜人类生存。
移民飞船上有一名青年——晴生。4岁的时候，他亲眼目睹父母被哥斯拉杀害。20年来，他一直研究打败「哥斯拉」的方法，始终想着回到地球消灭哥斯拉，重获家园。
移民的可能性已经灰飞烟灭，飞船内的生存环境也越发恶劣，资源也逐渐短缺，中央政府发布遗弃年长者的条例，来节约资源，为年轻的幸存者，留一线希望。
目睹亲生父母被「哥斯拉」杀害的晴生，极度痛恨哥斯拉，都是因为它才被逼无奈有这样的条例，他坚决反对，却遭到逮捕关禁闭。
为了打倒「哥斯拉」，他匿名在贴吧发表关于如何打败哥斯拉的方法，引来一阵热议，也为了打倒「哥斯拉」带来一丝希望。
以晴生为中心的「重返地球派」成为主流，600名精锐部队整装待发，他们决定经过危险的长距离亚空间传送返回地球。
然而，地球经过2万年的演化已经形成了以哥斯拉为顶端的生态体系，完全成为了一个未知世界。
丛林鸟兽，处处充满危机。作为唯一清楚地知道「哥斯拉」弱点的晴生，成为作战指挥官，设计一个引诱至陷阱点，炮火猛攻脊背的作战计划。
首先由机动部队，分成两组，机枪攻击「哥斯拉」吸引它的注意力，引诱至陷阱点。
到达陷阱点后爆破限制它的移动，再由机甲部队拿电叉攻击它的背脊，使它不能够释放「电磁冲击波」，再进行歼灭。
最终「哥斯拉」深埋地底，一切都按计划进行着，却没想到哥斯拉蜕变得以重生，变得更加强大，不仅「电磁冲击波」威力更强，而且还会用尾巴横扫，导致部队损伤惨重。
一心想要打倒「哥斯拉」的晴生，却遭到失败的结局。再一次目睹着死亡的离别，躺在机甲内部，悲愤而自责地咆哮着……
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