《机动奥特曼》第二季开播了，只有短短的6话，感觉有点不够看。而在第1话中，机动初代和机动赛文联手战斗，压制暴走的怪兽摩奇贡，虽然击败了摩奇贡，但是机动初代的变身者早田进次郎却和群众一起消失了！只留下一脸懵的机动赛文，还有在旁边偷拍的东光太郎。
超人气偶像佐山玲奈从纽约回到日本之后，和早田进次郎在一起约会。两人也都在讨论纽约的人口消失事件，也都感觉很诡异。这个时候，第二季的新角色开始登场。东光太郎在机场找自己的好友泉，在漫画中是男性，但是这里改成了女性角色。虽然泉是一位大美女，但是脾气可是很暴躁，见面就打了东光太郎一巴掌。东光太郎是一位记者，他拍摄到人们为什么会消失？他也肯定是外星人干的，所以想要让泉帮助自己。
而这个时候，街道上突然出现一只暴走的巨大怪兽，这个原本是比较安静的宇宙人摩奇贡，但是却不知道是什么原因？而发生了暴走。早田进次郎告别佐山玲奈，然后变身为机动初代来到现场，东光太郎和泉也来到人群中，准备用相机拍摄下来。而一向温和的摩奇贡不知道是什么原因？变得非常的暴躁，直接从头部释放出巨大的火焰，并且攻击观战的群众。
机动初代没有办法，只能够挺身而出，两只手臂上出现巨大的蓝色圆环，挡下了暴走摩奇贡释放出来的火焰。摩奇贡又抬起公交车，将机动初代砸进高楼中。而这个时候，诸星变身的机动赛文也是从天而降。机动赛文的造型和气质还是很帅气的，直接拔出长剑，和机动初代一起联手，准备对抗暴走的摩奇贡。
佐山玲奈也在人群中观战，并且为奥特曼加油。旁边的在偷拍的东光太郎却发现了不对劲，他发现在佐山玲奈的旁边，有几位身穿女仆装的人，她们都带着诡异的假面，感觉非常的有嫌弃。其实这几位都是外星人，只不过为了拯救她们的种族，所以决定利用照相机将人类传送到特殊的空间，然后吸收能量。暴走的摩奇贡这边，他被机动赛文砍下一只手，还被机动初代利用电线杆砸晕。
原本以为战斗已经结束了，倒下的摩奇贡再次站起来，然后将机动赛文击飞。机动初代准备释放出八分光轮，但是下一秒，在天空中的摩奇贡燃烧起火焰，并且逐渐地消失。而一直在观战的群众也都全部消失，就连机动初代的变身者早田进次郎也消失了，只留下机动初代装甲的空壳。
现场只有机动赛文、东光太郎和好友泉没有事，东光太郎找到机动赛文，说自己知道真相。但是没有被机动赛文相信，而是把他当做普通的群众。没有被相信的东光太郎，让好友泉将相机交给科特队，然后自己来到那个神秘的咖啡厅调查真相。这个就是《机动奥特曼》第二季第1话的内容了，机动初代上来就暂时下线了。
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