日本历史上共有三个幕府政权：镰仓幕府、室町幕府、江户幕府，后世一般也将这三个幕府相提并论。然而江户幕府与镰仓幕府、室町幕府甚至都不是同一种类型的政权。这一点在天皇与幕府的关系上就有体现，天皇与江户幕府的关系和镰仓幕府、室町幕府存在很大不同。
很多人都认为日本天皇是被幕府架空成政治吉祥物的，但这个印象与历史之间存在些许误差。实际上日本天皇早在幕府出现之前的几百年就已经先后被“摄关”和“院政”架空为政治吉祥物了，而幕府架空的是包括天皇在内的整个朝廷，将日本的统治权控制在武士阶层的手中。
虽然都是架空整个朝廷，但镰仓幕府、室町幕府与江户幕府还是不一样的。镰仓幕府与天皇朝廷是一种“公武并行制”，天皇朝廷依然控制了一定数量的领地和实权，只是无法与镰仓幕府抗衡。镰仓时代的天皇算是一个被幕府压制的地方政权，因此天皇能搞所谓的“御谋反”。
室町幕府时期，因为北朝是靠室町幕府建立并世袭垄断天皇之位的，所以天皇在室町时期的政治影响力大幅削弱，但与幕府的关系更为亲近。室町时代的天皇算是与幕府结盟的政治势力，虽然政治影响力大幅削弱，但在经济上还能勉强保持自给自足，直到战国时代的到来。
到了战国时代，天皇朝廷控制的少数领地都被武士抢走了，政治影响力趋近于零。断了财源的天皇朝廷更是沦落到要依靠卖官鬻爵乃至嫔妃宫女卖身来赚钱糊口的地步，大批的公卿更是成了职业“丐帮”。这种窘困局面直到织田信长上落后才有所改变，因为织田信长给了钱。
然而织田信长可不是慈善家，他虽然给了天皇朝廷大量的财物，但却拒绝归还天皇朝廷被抢走的领地。这样一来，天皇朝廷的财源基本被武士政权控制，经济上的独立性随之降低。后来的丰臣秀吉将织田信长的对待天皇的方法发扬光大，基本消灭了天皇朝廷的经济独立性。
德川家康的江户幕府则将织田信长和丰臣秀吉的成果制度化，将天皇朝廷的财政收入彻底变成了幕府财政支出的一部分，即江户幕府每年给整个天皇朝廷十万石（后来增加到二十万石）的工资。而除了江户幕府给的工资和奖金之外，天皇朝廷几乎没有其他来源的收入了。
正因如此，江户时代的天皇实际上变成了幕府的“打工仔”，连日常言行都要受到幕府制定的《禁中并公家诸法度》的严格限制。江户时期的天皇也想过通过开拓其它财源来摆脱幕府的控制，但立刻会遭到来自于幕府的强力打击，比如宽永四年（1627年）的“紫衣敕许事件”。
综合来讲，相比于镰仓幕府、室町幕府，江户幕府对天皇的控制力是空前加强的。天皇与幕府关系从镰仓时代的与幕府平等、室町时代的勉强自足，最终到了江户时代彻底沦为“打工仔”。要不是中下层武士后来选择抛弃了江户幕府，天皇恐怕难逃被废的结局。
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