1500年后，一个有力的思想解放运动，由王守仁，也就是一般称为王阳明的政治家及将军所倡导。他是自朱熹以来最有创造力的理学家。朱熹集传统中国思想之大成，王阳明则点起全国新学术运动的火花。他强调直觉的良知及知行的合一，与朱熹注重冗长的读书研究及安于社会现状，形成尖锐的反差。
虽然对王阳明学说的影响做系统性的评述，非关本书主旨，但仍须简要地指出他为理学战斗呐喊的革命性格及其社会意义和影响。王阳明思想体系的核心，是潜藏在人人心中的良知，这个理论及其涵意，其门人说得更清晰：人人都有实现启蒙与成为圣人的潜能。阳明学说的历史意义，其学派第二代门人曾作出适切的指述：自古士农工商业虽不同，然人人皆可共学。与传统理学家一般，王阳明及其门人皆以回到理想的上古与孔子，来证明其学说的正确性与合理性；但事实上，王阳明主张良知人皆有之，在良知面前人人平等，这样的学说是真正具革命性的。
由于王阳明强调知行合一的重要，他的众多追随者与仰慕者持续创办私立书院，举办开放给上层与下层民众的公众讲会。特别是王艮，这位贫穷的江苏泰州煮盐灶户之子，以其绝顶的聪慧与倔强的性格，成为左派王学的领袖。当时有这么多人愿意因着相信人人心中有良知，而接受他们的同胞，已更接近真正的孔子“有教无类”理想，这在传统中国是空前绝后的。不论明代强力专制政治的恶果有多大，整体而言，我们仍应视明代为一个学术杰出与社会解放的时代。当然，保守的官员与朝廷无法忽视王阳明学说所明示或暗喻地对传统理学与社会秩序的挑战。
私立书院与公众讲会曾于嘉靖十六年、万历七年与天启五年三次被禁。嘉靖十七年的一道诏谕，虽未对王阳明指名道姓，却批判王学极其背戾正统，指斥其异说惑乱士人之心。幸而，王学追随者够多，影响够大，因此，即使经历第一次未认真执行的禁令，与导致江苏地区64所书院关闭的第二次更严厉的禁令，书院还是存活了下来。但王学中最勇于挑战传统学术的门人如何心隐与一般人称李卓吾的李贽都死于狱中。
到第三次禁令时，一些著名的书院卷入朝廷党派斗争，导致被整肃关闭的灾难。虽然直到明末，被良知学说解放出来的知识与社会力量把自己耗尽了，但私立书院已完成它们的任务，对国家教育制度留下永久不可磨灭的影响。经历半个多世纪的停滞，清代私立书院又兴旺起来，但其目的与课程却发生激烈的变化。明代书院首要关注的是哲学论述，准备考试只是附带的事。但在清代，准备考试成为专注的目标。
雍正元年，世宗皇帝即位后，他坚决冷酷地对士大夫阶级从事严格的意识形态整合工作，所谓的私立书院，事实上几乎已变成官学的补校。无论如何，从社会流动的角度来看，清代书院虽失去其自由讲学的精神，只是成为科举士子的场所，但它们的校产与讲学金制度仍然持续获得改善。
一位近代学者从各种清代传记资料中收集了大约300所书院的名字，这离完整的总数还差得很远。选用一本清代方志为样本，它显示几乎每一府县，不论何时总有一所或多所书院。在另一本基于广泛研究方志来论述广东书院的卓越论文中，这个印象得到进一步确认。在一个像广东那样的新兴省份，书院也如此高密度地分布，这表示除边远的省份外，书院在全国应有更广的地理分布。
大部分书院是官方与半官方性质，然而在咸丰元年太平军起事之后，官方主动倡设的情况减少，而民间私人的努力却增强。书院的成功与持久，全视校产的大小与经营而定。一般说，校产成长的趋势，依赖地方富人与官员定期的捐赠。湖南省会长沙的岳麓书院，是历史可以追溯到11世纪宋代的古老书院，拥有一笔不算多的校产，但到嘉靖十八年已有地1，824亩，其后还稳定地扩张。在鄱阳湖边的江西省，其风景优美的庐山有著名的白鹿洞书院，朱熹曾做过这里的山长。到康熙十二年时，书院在邻近四个县已有校产3，851亩地。
这些书院校产虽然还算可观，但是比起后来的那些书院就相形见绌了。例如陕西最大的味经书院，同治九年以后校产已达银17，000两以上，这使他们可建藏书万卷的图书馆，且发给学生每人每月一两半到二两的奖学金。
河南省会开封的明道书院，校史也可追溯至11世纪。该书院订了一个巧妙的筹募款的规矩，毕业生每次任官或升官均须捐款40到1000两不等。虽其校产的总数无从知道，但一定相当大，因为每月书院给列入主要名册的学生每人4两，增额名册的学生每人2两。河南省武陟县河朔书院为豫北三府二十五县而设，在19世纪中期，当地绅民所捐校产达银24700两。
完全为地方而设的书院，其资源也很多元。扬州安定书院是一所专为盐商子弟开设的学校，就有一笔达银7，400两的充裕校产。因此，雍正十一年以后，能够每月发给每位学生3两的膏火津贴。然而，偏远的云南昆阳龙湖书院拥有的校产却只有244亩水田。至于书院图书资源的规模差距亦大，从最多的苏州学古堂6万卷，到位处偏远的湖南宁乡县的云山书院，只有屈指可数的几部基本经书、正史和零散的文集。被称为“膏火”的奖学金，其规定之多样，亦不遑多让。
一般给生员和考第一级院试学生的月津贴，从3两到1两半不等。有些书院还给高班进阶学生如贡生和举人额外津贴。由于清代书院的目的高度功利，到清代后期，收高班进阶学生，成为普遍的惯例。大部分书院也补助参加乡试和会试的学生旅费，18世纪后期开始，广东有19所较大型的书院发展出一套精致的津贴制度，来帮助学生报考较高阶的科举考试。坐落在有八旗驻防城市的书院，还特设奖学金名额给八旗子弟，因为大多数八旗军人都经历长期经济恶化的过程，极需要钱财帮助他们的子弟上学。
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