隆武二年，朱聿键在福建清军俘虏杀害，于是朱由榔就成了继承皇位的最佳人选，两广总督丁魁楚、广西巡抚瞿式耜、巡按王化澄与吕大器等人的推举下成功登位，之后在广东肇庆登基，但是还没等位子坐热，赣州就失守了，于是被提拔为首辅的丁魁楚附和司礼监太监卷铺盖逃走的说法，但是大学士瞿式耜表示不要慌。
当然，朱由榔还是跑到了梧州，这一举动让他直接痛失广东市场。
于是到了年底的十一月，大学士苏观生和广东布政使顾元镜等人表示我们可以让隆武皇帝的弟弟唐王朱聿鐭来监国，于是南明内部就出现了天有二日的情况。而清军直接拿下了广州，还没正经当过皇帝的朱聿鐭和大学士苏观生自杀殉国。
另一边朱由榔又因为梧州告急，又继续跑到了桂林，在大臣的建议下又去了全州。不过永历帝发现那个给自己建议的刘承胤其实是自己想投清，而自己就是他送给清军的大礼包，于是又连夜逃走跑到了柳州。
当然，这些地盘最大的就是土司，于是他的东西全被土司给拿走了。可以说是最惨的皇帝了。
之后又是多次辗转，从两广逃到云贵，还是无法摆脱清军的势力，大臣们就开始分成两派了
是时，黔蜀在朝数十人......以为此番若圣驾移跸，必须得一生路，方今蜀中全盛，勋镇如云，巩昌王全师遵义，若幸蜀国舆，完全之策也。
马吉翔也说今方险阻，独有永昌，而之后李国泰和刘茝二人也去怂恿朱由榔，于是朱由榔终于决定去永昌。
永历十三年，朱由榔等人到达永昌，但是因为小朝廷的越来越落魄，大臣们也四处逃散，朱由榔身边能用的人越来越少，于是朱由榔就下了一个罪己诏来收买人心。虽然皇帝想着团结官员来稳固局面，但是内部的官员比如马吉翔等人却想着排除异己，打压对手。
此时的清军先头部队已经到达了永平卫漾碧一带，巩昌王白文选被打败，于是朱由榔决定继续逃亡之路。正月十五他们继续向西出发，十日后到盏达土司的地盘，第二天到了缅甸东吁王朝的势力范围。
而万年好队友马吉翔为了断绝朱由榔撤退的打算，也为了不让那些官员因为自己提议入缅甸而有二心，和杨在先等人决定等到朱由榔的队伍过了铁壁关他们就纵容士兵劫掠官员
及暮夜不辨，各营齐起，大乱，自乘舆以至卫士，鲜有一人一家完全者......上贵人戴氏及宫嫔无数，并松滋亲郡王等妃，下至文武官母女妻妾，皆罹崇雅掳掠之惨。从官剥洗殆尽，火光中士大夫赤身徒跣，被发跛曳数十里，哭声震地。
如此荒唐的一幕实在是让人无法直视，也不难怪永历政权会衰败得如此之快。
朱由榔驻扎在蛮莫之后，当地的土司就去迎接。而土司如此热情还是因为想要保持和当时中方的友好往来，而来朱由榔出手也算大方，直接给蛮莫土司赐了金牌缎帛。二月初二，缅王派船去迎接朱由榔，但是他们却表示你们的官员想要去只能自己出钱来购置船只。在之后又从明朝官员那里了解了具体的情况。
而之前接待他们的蛮莫土司也知道他们被清军追赶，于是表示清军来了我们也没办法，拦不了。然后又让自己的手下去山里把明朝官员全都搜刮了一遍，于是大明官员直接被整麻了，被自己人抢，被别人抢。
当然，李定国自己也意识到了永历等人在缅甸不会有好果子吃，就想把他们请回来。于是他和白文选汇合进入勐免，而白文选在雍会打败了缅甸军队。
祸不单行，和朱由榔一起的陆上队伍被缅甸所诓骗，江国泰等人不堪侮辱自杀身亡，而久久没有得到消息的李定国也只能退兵走人。
之后先后四次进缅甸去迎接永历都无功而返，可以看出缅甸方面还是想从朱由榔身上获取更大的好处，而此时缅甸也发生了政变，缅甸王的弟弟杀了哥哥上位。之后李定国等人多次攻打缅甸让他们把人交出来，而缅甸方却认为这件事多半是永历在后面指示的，于是表示要饮咒水盟誓！
当然这只是他们的缓兵之计，完全是为了能掌控永历来牵制李定国。就这样，永历自己羊入虎口，李定国爱莫能助。
清朝方面吴三桂在洪承畴去世之后就总管云南的军政事务，之后又给顺治表示要去消灭南明势力，在议政王大臣会议之后同意这个想法。
吴三桂和爱阿星二人统兵从昆明兵分两路出发于木邦会师。他们再次兵分两路，一路去抓捕朱由榔，另外一个去追击撤退的白文选。追击到猛养白文选只能投降。而永历方面，吴三桂直接写信给缅甸表示你们还是把朱由榔交出来吧。
而朱由榔知道吴三桂来了以后也给吴三桂写信，说将军你也是我大明的大臣啊，在清朝又做了英雄。想当初崇祯对将军也很好......如此一大堆话，又说大明对你也有恩情，你就救救我吧！
但是这封信完全不起作用，在吴三桂大军压境的情况下缅甸只能把朱由榔和太后、皇后与太子等人交给清军，吴三桂班师回朝。当时清朝已经是康熙元年，而吴三桂在回到云南后，朱由榔就被安南将军卓罗用弓弦勒死在了昆明，六月李定国也去世，李定国之子李嗣兴率部投降。
,
