你知道液体活检中的CTCs、ctDNA和cfDNA是什么？又有何区别吗？
它们都能做生信分析吗？当然可以！
利用生信分析解决临床问题，最能体现生信的魅力！
说正题之前，小云先回答一下开头的问题：
如果你不想看这些啰里吧嗦的概念，可以直接跳过哈。
CTC是指循环肿瘤细胞；ctDNA（Circulating Tumor DNA）是指循环肿瘤DNA；而cfDNA（cell free DNA）是指细胞游离DNA，通过细胞凋亡、坏死和分泌释放到血液中。在癌症患者中，总cfDNA的某些成分是由肿瘤细胞释放的ctDNA。
与cfDNA类似，cfRNA就是细胞游离的RNA。CTCs、ctDNA、cfDNA和细胞外囊泡等都是液体活检中的生物标志物。
血浆cfDNA的突变、甲基化水平以及血浆、血小板和细胞外囊泡(EVs)中不同cfRNA种类(miRNA、circRNA、srpRNA、lncRNA、mRNA等)的表达水平可以作为潜在的诊断或预后标志物。
小云之前给大家分享过一篇循环肿瘤细胞CTC DNA甲基化的分析思路。
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但是有粉丝跟小云抱怨说数据库没有数据怎么办？
没数据还想做疾病早筛的话，可以从测序入手，用自测数据进行生信分析。小云今天用一篇8分 的文章给你们看下RNA-seq 生信分析的进行疾病早筛思路！
此外，这篇文章还有两大亮点：
1、分析了血浆中人和微生物的cfRNA！
为什么要分析微生物的cfRNA呢？因为一些细菌和病毒与癌症的进展有关，有研究表明细菌来源的核酸可以在人体血浆中可靠地检测到。
2、基于cfRNA分析具体的肿瘤类型！
假设液体活检能提供肿瘤原发位置的线索，指导进一步的临床决策，那岂不是能够实现：通过简单的血液检测就能初步知道患者的具体肿瘤类型了嘛！有研究发现，血浆cfDNA甲基化和血小板转录组具有一定的癌症类型特异性，而且微生物来源的血浆cfDNA的丰度可以准确区分不同的癌症类型。但血浆cfRNAs是否具有这种特性还不明确。
于是乎，这篇文章就诞生了！
发表时间：2022年7月
发表杂志：eLife
影响因子：IF=8.713
文章题目：利用来自人类和微生物的血浆cfRNA进行癌症类型分类
公号回复“Z123”领取原文
研究思路
对包含5种癌症(结直肠癌、胃癌、肝癌、肺癌、食管癌)早期患者和健康对照者的约300份血浆样品中的cfRNAs进行了RNA-seq，并利用生物信息学进行分析。分析人和微生物来源的cfRNAs，以及它们对癌症检测的诊断价值。此外，这些cfRNAs都具有一定的肿瘤类型特异性，能够区分不同原发部位的肿瘤。而且，与单独使用人cfRNAs相比，结合微生物cfRNAs可以提高人cfRNA在癌症检测和分类中的作用。
主要研究结果
1、cfRNAs测序捕获血浆中各种RNA的信号
收集外周血全血样本，使用试剂盒提取血浆细胞游离RNA (cfRNAs)，构建cfRNA文库，进行cfRNA-seq。分别识别人和微生物来源的cfRNA。
2、患者cfRNAs谱改变与癌症相关
对血浆cfRNAs进行KEGG富集通路分析，发现cfRNAs可以识别肿瘤和肿瘤微环境相关信号。还分析了微生物cfRNAs与肿瘤的相关性，比如alphatorquevvirus和orthohepadnavirs这两种病毒与肝癌相关。
3、人和微生物cfRNAs的癌症类型特异性
通过将每种癌症类型与其他癌症类型进行比较，进一步研究了人和微生物cfRNAs的癌症特异性。每种癌症类型分别列出了显著的人类基因和变化最显著的微生物属。说明血浆中人类和微生物cfRNAs的丰度都具有癌症类型特异性。
4、评估人类和微生物cfRNAs的癌症检测能力
使用机器学习方法评估发现，血浆中人和微生物的cfRNA丰度都具有将癌症患者与健康者区分的能力。
进一步评估了cfRNAs对不同原发肿瘤位置进行分类的可行性。当微生物cfRNAs与人cfRNAs相结合时，对肿瘤分类的平均准确率达到62.8%，比单独使用人cfRNAs提高了11.5%。说明微生物cfRNAs显著增强了多种癌症类型的分类。
总的来说，血浆中人类和微生物cfRNAs都提供了肿瘤部位特异性信息，并可预测肿瘤的主要位置。
总结
这项研究展示了血浆中人和微生物来源cfRNAs的临床相关性，以及它们在癌症检测和确定肿瘤部位方面的潜在用途。
所以，如果你也想做液体活检的生信分析，既可以利用数据库现成的数据，也可以从测序入手，用自测数据进行分析。此外，既可以分析疾病的预后，也可以分析疾病的早筛，还可以分析肿瘤类型的预测价值。让你的生信分析更贴近于临床，更有针对性和临床意义。
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