1993年，侯宝林先生病逝，80高龄的马三立先生被内外行一致尊为相声艺术的最高旗帜。此时马老的搭档王凤山先生也刚刚去世，他再没找过新搭档，改说单口小段，留下了《逗你玩》《家传秘方》《八十一层楼》《讲卫生》《练气功》《卖鱼》《内部电影》《老头醉酒》等经典。2003年2月11日晨6：45，马三立先生在天津逝世，享年90岁。
马三立晚年，先是住在天津市第一工人疗养院，后转入以他名字命名的“马三立老年公寓”，有时也到东丽区“马三立老人园”小住。他常一个人呆在房间里，点一支烟，枯坐半日，不愿别人打扰。偶有客来访，他必礼貌接待，但所谈所论不出相声范畴，如果来客对相声的见解能与他契合，他就很高兴。
（马三立与骆玉笙）
（摇滚马三立）
马三立老人晚年并不注意保养，主要体现在不爱吃水果，不吃保健品，还爱抽烟。水果洗好了放那他绝对不吃，儿子马志良得给切成一块块的，还得对他说：“不吃可就糟践了。”马老这才有可能吃一口。姜昆从北京带来好多保健品。马老说：“拿走。我也不收，我也不信，我也不吃。”
马老抽了一辈子烟，一天一包。早些年只抽天津的恒大，后来恒大没了，改抽石林。别人送给他多好的烟他也不抽。他不爱吃素，光吃牛肉羊肉，理由是自己年轻时太亏肉了。尤其爱吃炖牛肉，肉得肥一点，一顿能吃一小碗。但不喝白酒。
但马老为何长寿？主要有两方面原因，一是保持良好心态；二是坚持每天运动。
马老每天早晨起来，先静坐20分钟，做一套自创操，“干洗头”、搓脸、弓腿、甩臂、回首、拍打心肺、拍打脚面、叩齿磕牙……折腾一遍要二十多分钟。然后喝两杯白开水，不渴也喝。早晚两次各散步800步。没事时抻抻腰、搓搓发根，用脚跟踢屁股。
（马三立与骆玉笙、李润杰等）
马老一生以瘦著称，想胖也胖不了。他身高1.75米，体重42.5公斤。他曾说：“我这辈子还没超过50公斤的时候，最胖、胖得邪乎了，才46公斤。”如果非说减肥知道，那就是每天喝茶，不吃芝麻、花生等油性大的东西。
平时没事时，马老喜欢下棋，喜欢看足球比赛。他在台上自称“马大学问”，生活中他确实爱读书，手不释卷。“相声演员的肚是杂货铺”，他看书比较杂，从图书馆借来一批书，看完再换一批。从古诗文到演义、评话、野史、传奇、志异、“笑林”以至科普读物都读。他擅长文哏，内容离不开引经据典，他说起来流畅自如，断句、语气都准确妥帖，这和他在读书多是分不开的。
马老最爱看老舍的作品，话剧也喜欢，曾反复看《茶馆》的录像，打心里佩服北京人艺那些老演员。马老后来跟林连昆有交往。他说：“林连昆太懂了，一举一动都是这里边的事。”
（马三立与倪萍）
马老还爱好国画、书法。天津“名流茶馆”建于1991年，当年在老舍先生的夫人胡絜青，和著名书法家吴玉如先生的儿子、天津艺术研究所副所长吴同宾先生指点下建成开业，是80年代全国最早恢复的曲艺相声茶园。马三立先生专门题写了“名流茶馆”四个字的匾额，并在茶馆登台献艺。那块匾现在还挂在名流茶馆里。
82岁那年，马老为马志明写过一副扇面，是用马志明常演的段子编的：“看不惯纠纷跳舞，听曲艺扔狗卖猫，麻将谜画地理图，六口人吃核桃酥，试表倒车白事会，戒烟论拳大保镖。”几句诗谐趣天成，文采与智慧跃然纸上。
马三立说过，干艺人这行，运来君王伴驾，运去乞丐同堂。他对名利看得很淡，认为做人应顺其自然，遇事别着急也别上火，退一步海阔天空，不占便宜，不说瞎话，不害人，关键还有一点：“不做怕别人知道的事。”最后这几个字，蕴含了太多人生的领悟。
（马三立题写的名流茶馆）
马老晚年心静如水，只有看到自家孩子有点出息的时候比较高兴。很少因为一件事高兴得了不得，或者悲伤得了不得，没有大喜大悲。他不想过去的坎坷经历，也不琢磨别扭事。他认为“吃喝拉撒睡”五个子，倒过来比较科学，睡觉应该排在第一位，睡眠质量高，人就健康。
马老一辈子特别勤俭。比如电灯不用，必须马上关掉，即使住宾馆也要做到这一点。他晚年给自己写过一句话：“风前之烛瓦上的霜，珍惜声望，莫追时尚。”也是一种自勉。
马老的幽默感已深入骨髓。2000年，马三立患膀胱癌。他瘦，护士给他输液找不到血管。马老安慰护士说：“孩子，你扎吧，要是拿我练出手来，以后给猴扎针都行！”被推进手术室后，大夫拿着手术刀，想让马老放松，说：“您没事儿，我们就放心了！您出去以后我们还想听《逗你玩》呢！”马老说：“我甭逗你玩，你也别逗我玩，这回该动真格的了！”
2001年12月8日，“相声艺术大师马三立从艺80周年暨告别舞台晚会”在天津人民体育馆举办。晚会由赵忠祥、倪萍主持，苏文茂、马季、常宝华、姜昆、冯巩、牛群、李光曦、马玉涛、郭颂等都参加了演出。马季献上手书的八个大字“前无古人，后无来者”，马三立含笑称谢，说：“我和马季、马玉涛是一家子，都是马大哈的后代。”（文：何玉新）
