在一个游戏中，团队将在分为三个区域的场景中接受三个随机任务。这些任务的完成方式不同，战术倾向也大相径庭。有倾向于潜行的“追踪孵化场”和“活体检查”，需要玩家在孵化场上安装追踪器，或者在不惊扰敌人的情况下击倒特定的敌人。而“破坏”和“三角定位”则需要玩家占据特定的位置，迎接一波又一波的敌人，他们更倾向于共同防御和战斗。此外，还有不同玩法的战斗任务，比如“解救人质”到疏散点，或者用炸药“打断寄生源”。游戏一共提供了13种任务类型，足够在开荒期间保持一定的新鲜感。
彩虹队成员虽然都有特长，但还是血肉之躯，在敌群中打不死七进七出。他们会因为受伤而无法继续参加行动，甚至有可能在任务中被敌人击倒而暂时消失。他们需要被特殊任务解救后才能归队。伤病恢复设定和MIA (Missing in Mission)系统让玩家在选择特工执行任务时不得不谨慎，因为没有人知道派出去的特工最后是否还能回来。这种风险估计层面的考虑，有些“团队管理”的感觉。
因此，我们应该在有限的小队中派遣合适的特工，在多层封闭区域内完成任务和目标。同时要根据敌人的实力和队伍的状态来判断形势，决定是继续战斗以获得“进步和经验”，还是果断撤退以“保存特工”，以便全身心地投入下一场战斗。这就是《彩虹六号：异种》整体玩法的大循环。
《彩虹六号：异种》目前有30个特工，基本属性、技能、枪械配置和《围城》基本一致。不过现在所有的代理都有独立的成长等级，升级后可以增加属性和技能值。比如一个基本属性为“秒速”的代理，满级后可能成长为“四速”。在执行高难度任务时，高等级特工的优势相当明显。
除了特工们的成长，游戏还提供了一个目前上限为30级的“进度”，代表了游戏的整体完成程度，基本上就是《彩虹六号：异种》的主线体系。“进步”可以解锁新关卡、新药剂、新随身道具，可以直接或间接提高玩家的战斗能力。升级它自然成为游戏中的首要目标。
为了方便玩家升级“进度”，游戏中每个地图都有大量的“研究目标”。有些目标甚至具有一定的教学意义，比如用眩晕手榴弹快速清除粘在身上的“毛孢子菌”，或者用子弹打掉“拷问者”投掷的弹丸。在完成研究目标的同时，能为玩家提供远超正常结算的体验，是前期快速升级的主要途径。
但“研究”也带来了一些尴尬的问题。因为敌人的出现不会照顾到玩家目前的研究，可能会因为各种原因大大拖慢进度。评测试玩的时候遇到了一群和特殊敌人“软件腐蚀”有关的目标，但是连续五六场都没有遇到这种类型的敌人。当我最终完成研究的时候，我的队友已经完成了这方面的所有后续研究——于是我们一直在线，但最后还是相差了近十万次的体验。
,
