与人体中的蛋白质的氨基酸模式接近的蛋白质是优质蛋白质。由于鸡蛋中所含的蛋白质与人体中的蛋白质的氨基酸模式最接近，所以把它作为参考蛋白，显然，参考蛋白的营养价值很高。蛋、奶、肉、鱼等动物中含有丰富的优质蛋白，这些食物是优质蛋白的良好来源。
由于植物蛋白的氨基酸模式和人体有明显差别，植物蛋白往往缺乏几种人体所需的必需氨基酸，所以导致其营养价值降低，为了提高植物蛋白的营养价值，则需要搭配其他食物，例如，作为主食的面粉和大米中赖氨酸含量较低，而大豆中的赖氨酸含量很高，所以主食搭配豆制品食用可明显提高营养价值，叫做蛋白质互补作用。有研究显示，小麦、小米、大豆、牛肉单独食用时的蛋白质的生物价值分别是67%、57%、64%、76%，如果将它们以一定比例按39%、13%、22%、26%混合搭配食用，蛋白质的利用率可以高达89%。
含必需氨基酸种类不全的蛋白质为不完全蛋白，我们认为不完全蛋白的营养价值是很低的，因为它既不能促进生长发育又不能维持生命，动物的结缔组织中的胶原蛋白、肉皮中的胶质蛋白，豌豆中的豆球蛋白，玉米中的胶蛋白等就是不完全蛋白。
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