燕京大学原址即今天的北京大学校园。校园最初的基址是清朝三山五园的附属园林，包括漱春园、弘雅园（墨尔根园）（漱春园和弘雅园为明朝勺园的一部分），1921年自军阀陈树藩手中买入。后又陆续从载沣等人手中购入朗润园、蔚秀园、承泽园等园林（1949年后，原由徐世昌家族租用的镜春园、鸣鹤园并入燕京大学园区）。1921年—1926年，曾为多座在华教会大学进行过设计的美国建筑师亨利·墨菲接受聘请，为燕京大学进行了总体规划和建筑设计，建筑群全部都采用了中国古典宫殿的式样。
民国十九年（1930年），燕京大学大讲堂落成，社会名流各国代表参加落成仪式。时任阎锡山北平驻军统帅商震在落成会上致辞，先称赞大讲堂的结构，后话锋一转，喊道：“教育我们中国人的讲堂——如此壮观的讲堂，不是由我们中国人手建造，却是由外国人手建成，对我们中国人来说，难道不是莫大的耻辱！”。顷刻间，挤满在后面座位的学生们响起了暴风雨般的鼓掌和怒号。
1918年，美国南北长老会正式向司徒雷登下达命令，让他去筹办“一所新的综合性的大学”，其前身是美国教会在北京一带办的三所教会学校：1. 汇文大学（Peking Huiwen University，美国美以美会）。前身是1870年创办的崇内怀理书院，1889年改名汇文大学。
1920年，汇文大学、华北协和女子大学和通州协和大学合并，在南京金陵神学院任教的司徒雷登被任命为新成立的燕京大学的校长。司徒雷登推举亨利·卢斯为副校长，负责在美国为建校筹款。
国民政府迁台后，燕京大学校董会联合其他十三所基督教大学在香港成立崇基学院，崇基学院随后被并入香港中文大学。燕京大学校园在中华人民共和国成立之后由中共政府接管，燕京大学就此终结，1952年全国高校院系调整，北大迁入燕大的校址。
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