1963年，省农垦将河西的24个国营农牧场移交农建十一师管辖后，河东（陇东、陇南、中部）还有24个国营牧场仍归省农垦局管理，从而形成了农垦、军垦的东西分治，同时并存。省农垦局副局长为刘汉鼎同志。
1965年11月6日，省农垦局党组和农建十一师党委会根据中央、西北局和中共甘肃省委关于精兵简政的指示提出了两单位合并的报告，省委同意省农垦局和农建十一师合并，合并后，统称农业建设第十一师。省农垦局名称仍然保留，精简编制为8人，在农建十一师领导下处理过去场、社合并阶段的遗留问题，安置支建青年的遗留问题，并办理农建十一师同省级厅、局的业务联系和其他紧急事宜。
省农垦局所属河东的24个农牧场，由农建十一师合并改编为团场。即：地处子午岭内的东华池、大山门、罗山府、桂花塬、连家砭及代家洼、大巴咀等7个农牧场合并改编为第二十一团，现有耕地7.75万亩,大牲畜4288头,羊1.6803万只,总人口5706人，其中职工3013人。地处平凉的万宝川、张老寺、五举农场和地处天水的九墩、白石咀牧场合并改编为第二十二团，现有耕地8.55万亩,大牲畜3241头,羊3823只,总人口4251人,其中职工2470人。地处靖远县的北湾、五大坪农场和地处兰州市的平安台农场合并改编为第二十三团，现有耕地8460亩，大牲畜166头，羊3690只，总人口1734人，其中职工1233人。地处陇南、甘南、临夏的高楼山、花儿坡、天门山、马烨、北沟寺、八里寺、大峪沟、前坝、电尕寺等9个国营农牧场合并改编为第二十四团，现有耕地1.34万亩,大牲畜3628头,羊2549只,总人口2003人,其中职工983人。但是这个合并改编计划并未来得及执行。
1966年2月，省农垦局根据国务院决定，将东华池、连家砭、大山门、罗山府、桂花塬、大巴咀、代家洼、万宝川、张老寺、五举等10个国营农牧场移交给了中国人民解放军林业建设第二师，作为该师的粮油生产基地。与此同时，省人民委员会又决定将高楼山、花儿坡、马烨、北沟寺、八里寺、大峪沟、电尕寺、平安台等8个国营农牧场下放给所在县领导。由此农建十一师只接收了五大坪、北湾、白石咀、天门山、前坝、九墩等6个国营农牧场，并将五大坪、北湾、一条山农场合并改编为第十一团，团部设在中堡坪，任命邵增奇为团长，彭振江为政治委员；将九墩、白石咀、天门山、前坝4个农牧场合并改编为第十二团，团部设在甘谷县城。任命刘德才为团长，王俊生为政治委员。省农垦局在“文化大革命”中自然消失。
八、“文化大革命”和军事管制
1966年5月16日的中央“五·一六”通知，揭开了农建十一师“文化大革命”的序幕，随着全国形势的发展，农建十一师与全国各地一样，形成了互相对立的“两大派”组织。1966年的“一月风暴”，激化了农建十一师的夺权斗争，并依此把两大派组织划分为“二五”派（元月25日夺权）和“二六”派（元月26日夺权），全师大乱，武斗开始发展，各级领导班子瘫痪。
1967年3月18日，甘肃省军区根据兰州军区的决定，组织军管会进驻农建十一师师部，实行全师军事管制。军管会主任为省军区副参谋长项志毅，副主任为夏庆玺、杨金生、杨廷驹、刘宝述；各团场设军管组，连队设军代表，并开始“支左”。受全国武斗的影响，农建十一师的武斗不断发生。全师最大的一次武斗事件是1968年5月20日发生于农一团的“五·二○”事件，6个连队，四、五百人参与武斗，出动了警卫班，使用了刀、矛、步枪、手枪、机枪、手榴弹、炸药等武器，共打死9人，打伤7人，手榴弹炸伤2人。
1968年4月5日，经兰州军区、甘肃省革命委员会批准，成立农建十一师文化革命委员会，张兴汉为主任委员，丁惠民、孙毓秀、李芳普、于林堂为副主任委员。旋即开展了对“生产第一、技术第一”“先过财关，后过粮关”“专家路线”“利润挂帅，物质刺激”等等的“大批判”。这些批判不仅没有在生产建设上起到积极作用，相反的注入了消极因素。
农建十一师大干军垦的有效时间不过两年半，到1966年下半年军垦部队的秩序就大乱了。建设基本停顿，生产靠机械化，开荒21万亩，建设了糖厂、水泥厂、氮肥厂各1处和农副产品加工业。建成职工住宅14.2万平方米。根据建设的需要安置复转军人5545人，城市知识青年2.8422万人。国家共给基本建设投资2915万元，安置费2179万元，各种资金1934万元。因开荒重点在疏勒河流域的盐碱土地带，需要土壤改良过程，大部分不能投产，投产者产量也较低。建设人员多，投产土地少，粮、油仍然不能自给，缺额由新疆生产建设兵团支援。
