《阳光灿烂的日子》后，姜文又开始了寻找故事之旅。他很多剧本都是从音乐开始的，写《阳光灿烂的日子》时，他一直在听《乡村骑士》。他自己说，一听那音乐，仿佛就能闻到七十年代的味儿，心里就翻腾上了。
这次，让他翻腾的，是两张CD，一张是日本军歌，一张是刘星的专辑《一意孤行》。两张CD带来的激荡，诱发了他的创作灵感，他想起了最近看过的众多小说中的一个，尤凤伟的《生存》。
姜文在《生存》里找到了他想要的故事核。「一个本来没有介入战争的村庄，突然来了一个日本兵和一个翻译，翻译在中间搅浑水，他们将怎样互相面对？」
但原著小说里的军民奋勇抵抗侵略，姜文并没有采用，他走了另一条路。同时，他拍《生存》还有一个目的：
我们以前拍的抗战电影，被日本人拿去教育年轻人：你们看，中国的老百姓哪一个不是间谍，他们哪个不是不穿军装的军人？既然他们全民皆兵，我们就可以对他们全民歼灭。
于是，我们的这些老电影成了他们掩盖当年屠杀中国平民的把柄。但事实上，那时候我们并没有全民皆兵，那只是我们的一个理想。而我们现在拍电影，就再不能给日本人这种口实了。
《生存》拍成电影后，名叫《鬼子来了》。其实《鬼子来了》的精神之源，姜文很早就开始琢磨了：「我觉得一场灾难的发生并不可怕，真正可怕的是灾难过后我们不能深入地研究和总结这场灾难的根源。正是这种想法，促使我一直想拍一个中日间的故事。」
筹备期间，姜文看了大量关于抗战的史料，还数次前往日本靖国神社，研究里边供奉的侵华鬼子。
这次拍电影，姜文再也不用担心投资的事了，「拍《阳光灿烂的日子》时，是我找投资，拍《鬼子来了》，就是投资找我了」。
1994年，王中军，王中磊两兄弟一起创办了华谊兄弟广告公司，1998年，华谊转型做电影，投钱拍的第一个片儿，就是《鬼子来了》。除了华谊，还有两家公司一起投。
姜文这次把队伍拉回了自己长大的地方，唐山。电影主场景选在了唐山迁西县潘家口水库，姜文花80多万在水库边的山坡上造了一个村庄。
饰演主要角色花屋小三郎的日本演员香川照之第一次见姜文时，问了一个问题：「什么时候开拍？」姜文答：「先进行军事训练。然后从八月份，一直干到年底。」香川照之沉默了。
姜文还是老规矩，先组织大家集体学习，一起阅读文献，一起看战争电影和纪录片。剧组在密云一个武警训练基地进行了为期一周的军训。日程安排非常紧。
军训结束后，剧组又组织大家进行了踩点、走场、听陈强讲战斗经验、试装、拍剧照、彩排等一系列活动。香川照之数次感慨：「这真是一个好厉害的国家啊，我们究竟什么时候才能进入实拍？」
姜文拍完《鬼子来了》接受采访时说：
很多人嫌我拍电影时间长，拍得慢。说句实在话，有时我真不愿意把电影拍完，我就愿意晕在这里头。剪接机最后搬走时我也不愿意看，我心里怅然若失。
《鬼子来了》拍得确实慢。有一天下午，就拍了两个镜头，用手赶走趴在马大三脖子上的蚂蚁。剧组人员抓来一堆蚂蚁，为了不让他们在脖子上乱爬，大家先把蚂蚁装在了瓶子里，闷晕菜了再放出来。
为了拍好电影最后马大三被砍头的那场戏，姜文专门从美国进口了几台可以滚动的特殊摄影机，最终完成了那个气贯唐山的头颅主视角镜头。《鬼子来了》用了48万尺胶片，预算比原计划的2000万超了30%。
姜文有自己的理论：「拍电影就像打仗一样，打仗的目的是赢，不会节约子弹和枪支。」
《鬼子来了》确实像打仗一样苦。潘家口水库周围什么娱乐都没有，天天拍夜戏，那年冬天，唐山特别冷。拍大屠杀是在户外，一冻一晚上。室里也不暖和，拍地窖戏，钻在地下，比室外还多了一分阴冷。晚上就是大家挤在炕上，轮流小睡，睡一会赶紧起来接着拍。
实拍结束，苦日子并没完。剪接比拍摄还慢，一共剪了九个月，剪到后来，所有人都烦了姜文。不过，慢工，确实出细活。2000年5月21号，《鬼子来了》荣获第53届戛纳国际电影节评委会大奖。评委会大奖就是仅次于金棕榈的第二名。
好事坏事，结伴而至。《鬼子来了》没有通过广电总局的审核，直接送到戛纳参赛，被定为违规操作，再加上另一层最根本的原因，历史立场不正，《鬼子来了》被禁止公映。坊间还在传，姜文本人也受到了五年内不能担任导演的行政处罚。
被禁的消息甚至传回了《鬼子来了》的拍摄地，潘家口水库。一个当地男孩洞悉一切，他对前去采访的记者说：「姜文没有经过审查，就把电影拿去了外国，还获了奖，所以他们禁了这部电影。」男孩没看过成片，但他说他知道电影被禁的原因，「农民们没有反抗。电影里没有红军，也没有游击队。」
这部没有公映的电影，在豆瓣上，依然有27万人通过各种渠道观看了它，大家联手打出了姜文的生涯最高，9.2分。
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