云南江河纵横，水系十分复杂。全省大小河流共600多条，其中较大的有180条，多为入海河流的上游。它们集水面积遍于全省，分别属于六大水系：伊洛瓦底江水系，怒江水系，澜沧江水系，金沙江水系，元江水系，南盘江水系，分别注入三海和三湾：安达曼海、莫踏马湾、孟加拉湾、东海、北部湾、南海；归到两大洋：印度洋和太平洋。六大水系中，除南盘江，元江的源头在云南境内，其余均为过境河流，发源于青藏高原。六大水系中，南盘江-珠江，金沙江-长江为国内河流，独龙江-大盈江-瑞丽江-伊洛瓦底江和怒江、澜沧江、元江是国际河流，分别流经老、缅、泰、柬、越等国入海。如此复杂的水组合是其他省区所没有的。与国内多数江河由西向东的流向不同，云南江河的另一特点是其流向由北向南流。
伊洛瓦底江水系是中、缅国际水系，干流在缅甸东北部，由缅甸中部注入安达曼海，汇入印度洋。在云南省内流经怒江州、保山地区和德宏州，省内全长约600余公里，流域面积18.792平方千米，占全流域的4.6%。多年平均径流总量363亿平方米，是云南省6大水系中单位面积产水量最丰富、汇水面积最小的水系，在云南境内的主要河流有独龙江、龙江、大盈江、瑞丽江等。
怒江 水系
怒江水系为中缅国际水系，民间有因谷深流急、江声咆哮如怒吼而得名之说。发源于青藏高原的唐古拉山南麓，经西藏东南部流入云南境内，纵贯怒江州，保山地区、临沧地区的西 北部和德宏州的东南部，在云南潞西市出境入缅甸，称萨尔温江，在缅甸流入印度洋。在我国境内全长1540公里，云南省境内的干流长547公里，集水面积33484平方公里，占全省总面积的8.7%。怒江流域山高谷深，支流短小，主要河流有枯柯河、南汀河、南卡江、南滚河等13条。
澜沧江水系
澜沧江水系是亚洲唯一历经6国的国际河流，发源于中国青海省唐古拉山脉，经西藏昌都地区流入云南省，在省内流经迪庆州、怒江州、大理州、保山地区，临沧地区，思茅地区和西双斑纳州等地州，由勐腊县出境进入老挝后称湄公河，流经缅甸、泰国、柬埔寨，最后在越南注入南海。在我国境内全长1612公里，其中在云南省境内干流长1170公里，集水面积为88655平方公里，占全省总面积的23.2%。流域区内主要支流有漾濞江、威远江、曼老江、南腊河、南览河、流沙河等33条。
金沙江水系
金沙江水系是云南省汇水面积最大的水系，金沙江是长江上游的河段名，因江中含有沙金而得名，发源于青海省唐古拉山，经西藏东南部和四川西南部由云南德钦县东北部德拉附近进入云南，流经迪庆、丽江、大理、楚雄、曲靖、昭通等6个地州。在云南省境内主干流长1560公里，集水面积109026平方公里，占全省总面积的28.5%。干流长度1560公里，正常年产水量4502亿立方米。金沙江水系属长江水系，注入东海。流域内主要河流有金沙江、龙川江、螳螂川（普渡河）、小江、以礼河、牛栏江、横江等39条。
元江水系
元江水系是中、越国际水系，因河水多含红色泥沙，水呈红褐色，故在中国境内又称“红河”。元江分为东、西两源，东源出自云南省祥云县；西源为正源，出自云南巍山县横断山脉的哀牢山东麓茅草哨，两源汇合后称“礼社江”，流入云南省元江县境内，始称“元江”。元江流经地区有：云南省楚雄彝族自治州、玉溪市、红河哈尼族彝族自治州等，自河口瑶族自治县流入越南，最后流入北部湾。元江水系有礼社江、绿汁江、把边江、阿墨江、李仙江、南溪河、盘龙江等支流。
南盘江水系
南盘江，古代称温水或盘江，属珠江水系，是珠江流域干流西江干流河段，发源于云南沾益县，流经曲靖市、昆明市、玉溪地区、红河州，经文山州与红河州交界至曲靖地区罗平县的八大河出境，至贵州省望谟县蔗香村双江口纳入北盘江，称红水河，于广东虎门汇入南海。在云南省境内的集水面积为58303平方公里，占全省面积的15.2%，占珠江全流域面积的13%。主要支流有曲江、黄泥河、清水江、南洞河、泸江、金马河、马别河等7条。
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