通渠工人在清理污水道时发现人类骸骨，于是报警，重案组和法证科立刻分组进入污水管道中进行勘察，终于找齐其他部分。
法证科立刻对现场证物进行筛查和检验，彦博发现证物中没有死者的鞋子，怀疑死者是在室内被害然后移尸到污水道里。但是现有的证物无法证实死者身份。
古泽琛法医对骸骨进行尸检，推断死者是亚洲人，女性，年龄介乎于21—30岁左右。根据尸体腐烂程度，推断死亡时间是四到五年。泽琛在死者外耳道里发现一枚碎玻璃，碎玻璃有水银托底，应该是镜子的碎玻璃。同时还发现死者右手曾经摔断过。
古泽琛根据面容重整技术将死者面容复元；但重案组查找了失踪人员档案暂时没有消息。
正在大家一筹莫展之时，一名自称死者母亲名叫容婶的人前来报案，觉得报纸上的复原图很像她失踪的女儿。声称自己女儿容慧已失踪两年，可彦博等人找到骸骨推断死者已死去四五年之久。从时间上就不符合。
之后彦博和泽琛从做牛排上得到灵感，决定用污水道的水做实验，测试尸体腐化程度，希望可以测出准确的死亡时间。但无论他们加入各种化学物质去加速腐化，其实验结果仍和容婶所说的两年有很大出入。之后彦博又发现原来污水道上方以前曾是漂染厂，染料及化学物质足以令尸体腐化速度加快，所以尸体极有可能是容婶的女儿容慧；但由于骸骨被污水长期冲擦，所以无法抽取骸骨上的DNA化验，泽琛唯有尝试牙齿中抽取DNA化验。
小柔通过容婶得知容慧如果还活着应该二十五岁了，左手手肘有一处胎记，身上带有随身的玉老虎坠子。
此时法证科正在对证物进行检验分析，通过一条丝袜和粘在上面的吉他弦推断出凶手可能是一个懂吉他的人，并且杀人后没有立刻处理尸体。
小柔根据容婶的资料找到了容慧当年投靠的亲戚张泰。小柔发现张泰夫妇言语慌张，慌称没有收留容慧，但小柔却在张泰老婆的脖子上发现了容婶送给容慧的玉坠子。至此两人只好承认容慧确实在他们家住过，这个玉坠子是用来交租的。
淑媛与汀汀更在张泰家中找到容慧的头发及留在墙上的血迹。至此张泰老婆招认当年因为怀疑容慧勾引张泰，而与容慧发生争执，愤怒中打伤过容慧。但她不承认杀了人。
经过调查，小柔得知骸骨身上衣物残料来自一间夜总会制服，所以前往调查，但夜总会霍经理似乎有意阻碍调查，巧的是夜总会更在第二天就发生大火，所有人事记录也被烧毁了。
小柔在一超市经理相助之下，找到了认识容慧的同乡林贞贞及男友Red，但二人不愿与小柔合作。但此时小柔发现Red曾在渠务处工作，怀疑他了解污水道流向。
与此同时彦博与泽琛在从火场找到的打火机上找到DNA样本，竟然与容婶相符，二人不禁想到其实容慧没死，而且还是放火烧夜总会的凶手。所以立即将消息通知小柔。当警方取得搜查令后，小柔立即前住Red住所搜查，除揭穿林贞贞就是容慧本人外，法证更从其家中找到了同款吉他线及染有血迹的玻璃碎片。
Red与容慧起初不肯承认杀人，但其后Red竟为了保护容慧，主动承认因小花企图勾引他；二人纠缠间，小花撞伤头部并跌入浴缸中溺毙。后来事情登报，他又恐吓容慧烧掉了夜总会的人事档案。
可经过化验，Red家中找到玻璃碎片上的血迹竟属容慧所有，所以彦博肯定案发时容慧也在现场。证据面前，容慧也无从辩驳，唯有将自己误杀小花经过和盘托出。
原来当年小花为还债务竟偷了容慧的东西，容慧发现想要夺回来，争抢间小花撞到了镜子上，失足摔进了浴缸溺死了，后来等Red回来后知道了此事只得帮她处理掉了小花的尸体，但由于Red好久不在渠务处工作不知道渠务处后来用铁丝网隔开了污水道的大件垃圾，所以才让小花的骸骨隔离了下来。
此案成功告破，容婶也找到了女儿，本应该高兴，但却因为容慧杀人最终还要面临母女分离。正如高彦博所说的:“每个人都要为自己做过的事负责任，一个人做错了事，犯了罪就一定会留下蛛丝马迹，早晚会被人发现”。
此案结！
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