公元1644年，清军入关，明朝灭亡，清朝继承并发展了明朝对西藏的统治。清朝皇帝于1653年、1713年分别册封五世达赖喇嘛和五世班禅喇嘛，自此正式确定了达赖喇嘛和班禅额尔德尼的封号，以及他们在西藏的政治和宗教地位。达赖喇嘛在拉萨统治西藏的大部分地区，班禅额尔德尼在日喀则统治西藏的另一部分地区。
清朝疆域图
达赖喇嘛是创于15世纪藏传佛教中黄教（即格鲁派，因僧侣戴黄帽，故又称黄教）的首领，黄教于洪武五年（1372年）由宗喀巴创立，在明朝中叶以后势力日益扩大。宗喀巴最有名的两大弟子是克珠节和根敦朱巴，也就是一世班禅和一世达赖。
藏传佛教格鲁派创始人宗喀巴
“达赖喇嘛”这一尊号，是从达赖三世索南嘉措时开始使用的。索南嘉措将黄教传播到了蒙古，劝导蒙古俺答汗废除夫死妻殉葬的陋俗，得到了蒙古民众的敬仰。俺答汗在青海与索南嘉措会见后，赠送索南嘉措“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”的尊号。（“圣识一切”即“遍知一切”的意思，“瓦齐尔”即梵文“金刚持”的意思，“达喇达赖”是蒙古语“大海”的意思。“喇嘛”是藏语上师或大师的意思。）从此，在蒙藏历史上开始有了“达赖喇嘛”的称号。
索南嘉措
班禅的称谓是克珠节的第四世传人罗桑曲结获得的。“班”是梵语，意思是“精通五明的学者”，“禅”是藏语，表示“大”。“额尔德尼”是蒙古语，意为“珍宝”。此时的“达赖”和“班禅”都只是宗教上的尊称。1645年，蒙古固始汗入藏，封四世班禅为“班禅博克多”，“博克多”是蒙古语（睿智英武之意），即为第一班禅。格鲁派确认他为四世班禅，追认宗喀巴的门徒克珠杰为一世班禅，索南却朗为二世班禅，罗桑丹珠为三世班禅。1713年清朝康熙帝封五世班禅为“班禅额尔德尼”，并加封以前各世班禅，从此这一活佛系统得此封号。其驻锡地为日喀则的扎什伦布寺。班禅的影响主要在后藏，以日喀则为中心。
五世班禅
清入关后，顺治皇帝派人入藏，问候达赖和班禅，而达赖和班禅同时也派人至北京朝贺。顺治八年（1651年），顺治帝派恰噶喇嘛等人入藏敦请五世达赖阿旺罗桑嘉措前往北京与其会晤。次年，达赖启程，率领藏官侍众三千人赴京城。顺治帝出南苑欢迎，共同入都城，五世达赖住进了特地为其修建的黄寺，顺治帝在太和殿为其亲自设宴洗尘，赏赐黄金五百多两，白银一万多两，还有其他物品。顺治十年（1653年），五世达赖申请返藏，顺治帝委派承泽亲王硕寨等送五世达赖至代噶，并在代噶册其为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，并赐予用满、汉、蒙、藏四种文字书写的册封金册、金印。此后，达赖喇嘛这一封号在西藏政治上正式确定下来。
顺治帝接见五世达赖
康熙中后期，西藏情况日渐混乱，西藏地方统治阶级之间勾心斗角，争权夺利。在1682年前，摄于五世达赖的影响，蒙古上层首领并不敢流露出不满情绪，但随着五世达赖圆寂，西藏地方蒙藏上层的矛盾很快凸显，乃至相互攻击。五世达赖在晚年时将权力交给了第巴（清初用以称总理西藏地方事务的官员）桑结嘉措。1705年桑结嘉措被杀，拉藏汗成为西藏地区首领，并且奏请中央政府废黜桑结嘉措所立的六世达赖喇嘛仓央嘉措，私自立益希加措为达赖喇嘛。这一行为引起了青海地区蒙古首领的不满，也遭到了西藏僧俗民众的反对，一时间，西藏地区的蒙藏上层首领围绕着达赖喇嘛的废立进行了长时间的争斗，引发了西藏社会的动荡不安。面对这样的状态，清王朝做出了册封班禅的选择，目的是稳定西藏的局势。康熙五十二年（1713年），康熙帝开始册封五世班禅罗桑益嘉为“班禅额尔德尼”。康熙帝命班禅协助达赖管理好西藏地方事务，此后班禅额尔德尼转世必须经过中央政府册封，成为定制。
雪域诗佛仓央嘉措
1719年，清政府派军队进入西藏，驱逐盘踞拉萨三年之久的准噶尔部，着手改订西藏的行政体制。清朝皇帝封西康地区的一个青年活佛为七世达赖喇嘛，护送入藏；废除了第巴总管政务的制度，任命四名有功德有名望的藏官为“噶伦”，共同管理西藏政务。雍正五年（1727年），噶伦阿尔布巴、隆布鼐、扎尔鼐三人将首席噶伦康济鼐杀害，甚至有意联合新疆的准噶尔人一起反清，西藏地方政局再次出现动荡，。清廷派都察院左都御史查朗阿为正帅，率清军入藏，协助后藏贵族颇罗鼐平定了叛乱。
准噶尔部
1727年，清政府决定在西藏设立驻藏大臣，代表中央监督西藏地方行政，与达赖、班禅共同管理西藏政务。西藏与四川、云南、青海的界线，也于此时派员正式勘定。同时又在西藏留驻陕川兵勇两千人，归驻藏大臣指挥。乾隆十六年（1751年），乾隆下令七世达赖喇嘛全权掌管西藏地方的政教大事，从此西藏正式进入政教合一的发展时期。
驻藏大臣令牌
乾隆五十八年（1793年），经清朝中央审定后，正式颁布了《藏内善后章程》二十九条。章程的主要内容有：
清政府掌握确定西藏各大活佛包括达赖喇嘛、班禅额尔德尼去世后转世灵童的大权。每逢一代达赖喇嘛、班禅额尔德尼和西藏各大转世活佛的转世灵童觅到时，即将灵童姓名缮写在签上，纳入中央颁发的金瓶，由驻藏大臣会集有关大活佛，掣签确定（金瓶和签现在仍保存在拉萨）。转世灵童的剃发、取法名、选定授戒的师傅和授经的师傅，也都须经过驻藏大臣奏报朝廷核准。当举行达赖喇嘛、班禅额尔德尼的坐床和亲政典礼时，中央派大员亲临监视。
驻藏大臣代表中央政府督办藏内事务，地位与达赖喇嘛、班禅额尔德尼平等。噶伦以下（包括噶伦）都是属员。对西藏文武官员确定品级、名额和升补手续。最高一级藏族官员有噶伦四名、代本六名，由中央任命。噶伦、代本的年俸由中央发给。
在西藏成立正规藏军，名额3000人，规定了军官等级、人数，军饷补给来源，武器配备，驻防地点。另外，从内地调驻西藏各地官兵1400多名。藏汉军队统由中央派驻的官员管辖。决定在西藏照内地之例，设立铸钱局，铸造官钱行使，银币正面背面分别用汉藏文字铸“乾隆宝藏”字样。
达赖喇嘛、班禅额尔德尼每年的财务收支，由驻藏大臣稽查总核。
西藏差役由全社会平均负担。贵族和大寺庙中实有劳绩可受优待免除差役者，须经过驻藏大臣及达赖喇嘛核准发给执照。
对来西藏贸易的尼泊尔、克什米尔商人要进行登记，造具名册，呈报驻藏大臣备案，由负责官员签发路证。凡外人要求到拉萨者，须听候驻藏大臣衙门审批。藏人出境至尼泊尔等地，由驻藏大臣签发路证，规定往返日期。
西藏西南部与印度、尼泊尔等国的边界上若干地点，设立国界标志，驻藏大臣每年出巡各地，检查驻军防务及界碑情况。
一切西藏涉外事宜均由驻藏大臣全权处理。噶伦不得与外方通信，达赖喇嘛、班禅额尔德尼接到外方信件、布施，俱报告驻藏大臣查验，并代为酌定回信。
对犯罪者的处罚，都要经过驻藏大臣审批。
章程详细规定了清朝驻藏大臣的政治地位和职权，从1727年始设驻藏大臣到清王朝覆灭的1911年，清中央政府先后派遣驻藏大臣达百余人。
金瓶掣签
尤其值得一提的是，清朝中央政府制定和实施金瓶掣签制度，对当时的西藏、蒙古地区的社会和佛教界产生了巨大的影响，具有深远的意义。金瓶掣签制度通过制定颁布法律文书和采取一系列措施，将活佛转世由吹忠降神（专事作法降神者）来指定，改变为由金瓶掣签来决定。究其实质是清朝中央政府以此维护和保持对认定大喇嘛转世呼毕勒罕（活佛转世）的权力，进一步强调了在达赖喇嘛、班禅额尔德尼等大活佛转世问题上中央的权威。此外，达赖喇嘛、班禅额尔德尼等大活佛示寂后，从转世灵童寻认、掣签乃至坐床都是遵照国家法定制度按部就班进行的，由驻藏大臣亲自照料，按照程序逐一报经皇帝批准，这就履行了法律和行政手续。实践证明，金瓶掣签制度有利于团结宗教上层人物和广大僧俗群众，维护和稳定蒙藏地区的社会局势，安定边疆，这一制度也延续至今。
,
