原文作者：Jeffrey M. Perkel
有一系列参考文献管理软件能够帮助研究者整理论文和经费申请书的引文，并将这些文献与同行共享。
像参考文献管理软件这种实用性工具都能让用户产生很大的反响。拿医生Ben Goldacre的例子来说，他在自己的推特上提到过至少五次Paperpile（一种与谷歌文档高度集成的订阅型文献管理器），称赞它“太棒了”“妙极了，史上最佳”“好用到让人不·敢·相·信”。Goldacre是英国牛津大学循证医学中心数据实验室的主任，他解释说：“Paperpile不会让我经常因为出离愤怒而想给自己的脸上来那么一拳，我还是第一次用到这样的文献管理器。它杰出而完美。”
这是因为Paperpile与Goldacre团队的工作流程非常契合。参考文献管理软件，又称引文管理器，可以执行一系列互相关联的功能：检索文献、储存与整理论文及其补充材料的PDF文件、生成参考文献、培养合作关系。该类软件的数量有几十种之多，如EndNote、Mendeley Reference Manager、ReadCube Papers、RefWorks、Sciwheel和Zotero。（ReadCube Papers是由Digital Science提供支持的，Digital Science是《自然》出版商施普林格·自然的大股东霍尔茨布林克出版集团旗下的一员。）
Goldacre团队用谷歌文档合作撰写文章，因此对他而言，Paperpile与谷歌之间的无缝衔接让他把选择的天平倾向了这款软件。而对于研究微生物组如何影响妊娠的博士生Emily Wissel来说，较之其它选项，Zotero免费、开源的特性使她对其青眼有加。
为了在她美国埃默里大学的博士项目中取得进展，Wissel需要通过系里要求的资格考试，那时她在引文方面遇到了困难。她之前用的一直都是谷歌学术搜索，但它只能导出少数几种参考文献的引用格式，而她的考试则要用到一种谷歌学术不支持的格式。Wissel没有时间去学习使用新的软件了，因此，她求助于在线参考文献生成器，并且“尽可能地少引用，以减轻自己的痛苦”。数周以后，在一位大学图书馆员的建议下，她开始用Zotero在一份网络杂志里插入引文，当时她在推特上有感而发：“我为何时至今日才开始使用引文管理器？”
基本功能
Michael Francavilla是美国费城儿童医院放射科的一名儿科医生，他把文献管理器当作电子大脑——用它储存自己从经手的病例中学到的东西，还能保存可用来与病人和实习医生共享的图像化信息。“有或没有这样的软件简直是天差地别。”他说。
Francavilla在2018年发表的一篇综述（M. L. Francavilla Pediatr. Radiol. 48, 1393–1398; 2018）里，列举了在选择文献管理器时应考虑的一些基本指标（各文献管理器测评汇总详见附表）。这些变量包括：花费、云存储的限制、操作系统兼容性以及对PDF文件添加注释的支持。
一般来说，文献管理器是拥有对应网络界面的桌面应用程序，它允许研究者远程访问自己的个人“学术文献库”，即经过整理的参考文献及其PDF文件的列表。此外，用户还能通过浏览器插件轻松地从期刊页面或其它的网上来源导入参考文献。有些文献管理器（包括Paperpile、RefWorks和Sciwheel）是完全基于网络的，这意味着用户不需要安装或云同步。它们之中的大多数都提供移动端应用程序，让用户可以在自己的智能手机或平板电脑上阅读及添加文献。
Juliana Soares Lima是巴西塞阿拉联邦大学的一名参考咨询图书馆员，她还是Mendeley的软件顾问，即志愿为Mendeley文献管理器从事地方推广的工作。Lima在使用其移动应用的时候发现，它可以便捷地保存自己在推特上找到的文献，这对她的博士论文有所助益（其它文献管理器也有此功能）。“该软件有助于追踪学界新近发表且经过整理的文献。”她说。
大多数文献管理器都允许用户使用文件夹与标签来管理自己的文献库，它们还能通过作者名、关键词、正文和注解进行检索。内置的PDF查看器让用户可以浏览文件，并以突出显示关键段落及做笔记的方式对它们做注释。外部搜索功能则可以让用户从PubMed或谷歌学术之类的地方导入文章，或者拿Mendeley来说，它自己就拥有一个超过1亿篇论文的专门目录。ReadCube Papers提供一项名为“增强式PDF”的体验，它用补充材料和超链接来对PDF文件进行完善。
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一些文献管理工具会根据用户文献库中已有的内容，来向用户推荐他们可能感兴趣的论文。Sciwheel可以在检索中标记出被一项叫作Faculty Opinions的评级服务推荐过的文章，还能根据作者正在写的文本提出建议。RefWorks则是与一个名为Leganto的文献推荐工具集成在一起，Leganto能让用户将编制好的阅读清单直接导入到RefWorks的文献库中。Zotero提供的插件是通过开放获取数据库Unpaywall来查找PDF文件的，Zotero还与博客“撤稿观察”（Retraction Watch）合作，因而能标记已被撤稿的论文；ReadCube也有此功能。根据艾利贝斯集团（Ex Libris）产品经理Shalhevet Bar-Asher的说法，RefWorks正在添加对Unpaywall的集成。艾利贝斯集团是RefWorks的开发者，总部位于以色列耶路撒冷。
文献管理器主要是组织管理工具，但对许多用户而言，它们真正不可或缺的功能与组织管理无关。
例如，文献管理器与文字处理软件的集成，能让用户在写作的过程中查找引文并将其插入到文档里；此外，只需轻点鼠标，用户就能以数千种期刊格式中的任意一种建立参考文献列表并排版。如果没有这样的工具，即便只是小幅度的修改都可能让文稿变得一团糟，更不用说为不同的期刊修改论文格式了。“那真有可能像噩梦一样。”乌干达Busitema大学的生物化学家Yahaya Gavamukulya如是说。
Gillian Neff是美国费城科睿唯安（Clarivate）负责EndNote桌面版的产品经理，据她说，该软件自从1993年开始就提供微软Word的插件了。很多其它产品也纷纷效法：Paperpile、Sciwheel、Zotero、ReadCube Papers和RefWorks全部支持谷歌文档，其中后两者和Mendeley文献管理器还支持网页版的Word。Sciwheel则正在开发这项功能。
Barbara Rochen Renner是美国北卡罗来纳大学教堂山分校的图书馆员，她认为文献管理器为团队工作提供的支持正变得越来越重要。“我一定会强烈建议研究者好好考虑某件产品在他们所做的、预期要做的、或是希望做的那类协作上，能提供多大的帮助。”
通常，文献管理器允许研究者将自己的整个文献库或者其中一部分与同行共享，这在他们以团队或共享知识库的形式共同撰写论文的时候可以派上用场。卢森堡大学的Sean Takats自2006年开始就负责Zotero的开发工作，据他介绍，截至今年五月，Zotero的用户已经创建了大约200万个公共和私人群组。像PDF文件这样的附件共享一般来说是为私人团队保留的功能，这类群组的大小可以从Mendeley的25人到Sciwheel的150人，而Paperpile、RefWorks和Zotero的群组大小则没有上限。
Sciwheel的执行董事Tiago Barros称，除了文献库共享，他们的软件还包括了项目共享、论文共享以及稿件的版本控制这些功能。另外，根据ReadCube Papers和EndNote的公司代表们的说法，他们的产品正着手开发在参考文献库中加入主题讨论的功能。因为新冠疫情，“当下正值每个人都需要齐心协力做研究的时刻，而且我们还得在无法比邻而坐的情况下做到这一点。”Neff说道。
量体裁衣
文献管理器每项功能的重要性因人而异。2018年，Renner与他人合著的一篇论文（L. Murphree et al. Med. Ref. Serv. Q. 37, 219–233; 2018）显示了不同用户是如何对同一款软件产生不同的功能需求的。举例来说，医生比较重视的功能可能有通过移动端的访问、以及在下班回家后也可以使用的参考文献库，而湿实验室的研究人员则更青睐团队写作、文献推荐和程序的离线使用这些功能。
对Gavamukulya来说，文献管理器的选择主要取决于花费。在撰写硕士论文的时候，他试用过EndNote，但因为Mendeley能够满足他的需求，而且还是免费的，他最终选择了后者。“重要的是，它集成有不同的文字处理器，而且用它从网上导入参考文献也很容易。”Gavamukulya说，他现在也是Mendeley的软件顾问。
Francavilla用的是Sciwheel——他所在的系里选用的文献管理软件。这是同时基于价格与实用性所做的决定：因为Sciwheel是网页式工具，团队成员无需安装就可以随时随地使用它。不过他向其他人推荐的是Mendeley：它和Zotero一样是免费的，但还提供2GB的网络存储空间（Zotero将附件大小限制在300MB，用户可以通过每年最少20美元的付费来获取额外的储存空间）。
至于那些只想创建参考文献列表的研究者，他们还有其它选择：BibTeX用于以LaTeX排版系统生成的文档，而基于GitHub的编写工具Manubot则用于以格式化语言Markdown写出来的文件。
此外，还有在线参考文献生成器。例如，免费的网页工具ZoteroBib可以让用户从将近一万种期刊格式里选取一种，来建立文献列表并对其进行排版，然后他们就可以把结果复制到剪贴板上或是直接发布在网上。
在选择参考文献管理工具时，请考虑你和你的合作伙伴的工作流程。需要考虑的其它因素还有易用性、客户支持以及在不同软件之间转移资料的难易度。而Renner给出的建议是咨询图书馆员。“如果你是新手，而且不是凡事都喜欢单干的那类人，那么你大概想要了解你可以得到哪些支持、什么是免费的，还有大部分实验室用的又是什么工具。”
