薇乐巴德莱尔是这个家庭里年龄最大的长女十四岁，是个伟大的发明家，她总爱发明各种东西。她所做出的发明总得有个试验者，那就是他的弟弟克劳德，克劳德爱看书，在他们父母的豪宅里有巨大的图书室，克劳德最喜欢沉迷其中独自看书他总是过目不忘记忆力惊人。最小的桑妮和哥哥姐姐们有着不同的爱好，她有四颗尖牙，特别喜欢咬东西，不管是什么都逃不过她的牙齿摧残。
本应该是幸福的一家，却在一场大火中消亡，父母双亡房子烧毁。就这样巴特莱尔家的孩子们成为了孤儿。因为那笔遗产只有等到“最大的孩子成年”才能动用，所以现在三个孤儿就被送到了远亲欧拉夫伯爵那里寄养。当他们来到欧拉夫的房子外面，几个孩子惊呆了，看着阴森古怪的房间大家都很抗拒，但又不得不进去。他们看到了欧拉夫伯爵，他长的又高又瘦，狡黠的眼神，尖尖的下巴，两边茂密中间却荒芜的灰白头发，房子的里面看起来肮脏又残破还到处刻着眼睛。
奥拉夫带着他们参观了残破的房子，破旧不堪的厨房，漏雨的顶楼还有警告他们永远不能进入的塔楼。三个孩子的苦日子就这样开始了，每天早晨的苦重家务活都要他们做，而奥拉夫则躲进神秘的塔楼。
作为一个演员，欧拉夫经常带领剧团巡回演出，白天几乎不在家，要不然就呆在高塔上，那个孩子们的禁地。在这个高塔里，一个邪恶但几乎是天衣无缝的阴谋在酝酿，欧拉夫企图用各种卑鄙的招数来杀害可怜的三姐弟，以夺取三姐弟的大笔遗产。
将汽车停放在火车轨道企图撞死姐弟们，在这时，坡先生驾车碰到解救了他们，他们以为被送往新的住所会得到解放，但没想到新家的主人似乎也有点怪异。
他的家里充满了各种动物和剧毒蟒蛇，最惊人的在一个巨大的铁笼里关着身形巨大的黑色巨蟒，吓了桑妮一跳。但在接下来的相处中他们和觉得莫迪很好，便准备随着莫迪一起去秘鲁。
就在当晚奥拉夫伪装成莫迪的好友上门，即使孩子们百般阻止，莫迪叔叔还是被奥拉夫杀死了。任何人都不能阻止他实施罪恶的计划。就在警方追捕的时候，孩子们被送到了乔瑟芬姑妈家。
奥拉夫又乔装出现，但乔瑟芬姑妈却被迷惑，不相信眼前的贾船长就是奥拉夫，并且还邀请他去家里吃饭。当孩子们赶到家里时，一切都已经迟了乔瑟芬已经被贾船长推下海。
这时飓风来袭房屋顷刻间崩塌，他们被困在即将碎裂的木板上，下面就是无尽的大海。他们利用船锚打碎支撑的柱子，跳到安全的地点逃过一劫。
为了躲避奥拉夫，他们也要继续寻找乔瑟芬姑妈，利用克劳德的航海知识，他们来到了姑妈所说过的洞里寻找，找到乔瑟芬的时候她是不愿意再当监护人的不愿意出洞冒险，但克劳德告诉他这个洞穴是会出售的，无奈下才出来。
船上乔瑟芬告诉他们，调查火灾的人都没有好下场三个孩子隐隐发现了什么却还是不太明白，真相正在一步步揭开。就在此时水蛭的攻击使得他们惊慌失措，本以为来的是救星却不想是奥拉夫，乔瑟芬还是死掉了。
坡先生赶到，误认为奥拉夫救了孩子们，重新给了奥拉夫监护权，却告诉他除非有血缘关系或者姻亲不然孩子们出事他也继承不了财产。变态的奥拉夫想借和姐姐结婚来获得财产，为了可以过关，奥拉夫设计了演出剧里要和姐姐结婚，假戏真做。
即使姐姐百般不愿意，奥拉夫用桑妮的生命做威胁。在紧急的情况下，克劳德爬上高楼解救桑妮，却无意间发现了父母死亡的秘密，这边奥拉夫拿到婚书便不再伪装，当着现场所有人的面暴露了自己。
就在他得意洋洋的时候，克劳德利用同样的方法借助光线烧毁了婚书，奥拉夫再也没有可以控制住他们的把柄，被现场逮捕，终身监禁并且感受自己带给姐弟们的痛苦。
孩子们揭开了真相，回到被大火毁灭的家里，他们收到了父母寄给他们的信，一份迟到的却并不晚的爱，他们又将重新踏上未知的旅程……
这部电影与其他温馨治愈的片子不同，带给人们心灵与视觉上的冲击，让我们看到一个不一样的世界，整个片子的基调充满黑暗的风格，哥特的建筑很亮眼，整个画面虽然略显诡异却不乏精美，这是一个属于黑暗的故事，也是一个很有想象力也很有创造力的黑暗童话。
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