明太祖朱元璋虽然立金陵为国都，但实际上他也有过在开封和长安建都的设想，主要是开封和长安作为国都的名气比较大，容易让人产生追及前代帝王功业的遐想。
洪武元年，朱元璋下诏说：“江左开基，立四海永清之本；中原图治，广一视同仁之心。”在这份诏书里，确定以开封为北京，以金陵为南京。
洪武三年，因为临濠府为龙兴之地，改称中立府，定为中都。筑新城于城西二十里，里面皇城、宫殿、宗庙、省台齐备。
后来，朱元璋对群臣说，开封乃四战之地，不是建都的好地方。而且因为战乱而民生凋敝，无法征发徭役大兴土木，于是这定都开封的念头就算罢掉了。
刘伯温劝谏朱元璋说：“临濠府虽然是皇帝的故乡，但不是建都的好地方。”于是朱元璋又把中立府改称为凤阳府，他也不想带领群臣搬回老家去了。
朱元璋派太子朱标去长安实地考察，可是长安的自然环境被长年战乱毁坏严重，已经负担不起一个都城的物资供应，而漕运艰难，从关东运输物资是个异常浩大的工程。
朱标考察长安回来后，因染上风寒而病逝，从此定都长安之议也就再无人提及了。
朱元璋也考虑过在北平建都，他询问廷臣，“如果在北平建都，可以控制胡虏，而都城所需物资可以从东南调运，其与南京相比有什么优劣？”
翰林修撰鲍频给了朱元璋一个比较消极的答复，“蒙古兴盛于大漠，在燕京立国，到如今已经百年了，北平的王气已经耗尽，南京乃兴王之地，就不要有其他的迁都设想了。”
鲍大人还是书生意气十足，没有战略眼光啊，以“在德不在险”的大道理让朱元璋作罢。
直到燕王朱棣从北平发起靖难之役，夺取了侄子建文帝的皇位，即将北平改称北京。
朱棣可能心里有阴影，一直不喜欢南京，他的“行在”设在北京，他本人也常驻于此，总想着要把京师迁到北京。
永乐十九年正月，大明中枢正式迁都北京，确立以顺天府北京为京师，应天府则作为留都称南京。
明代中期弘治朝的户部尚书兼武英殿大学士丘浚对于大明王朝南北两京的格局有一个独到而精准的论述：
丘浚首先称赞道，【太祖定鼎金陵，天下万世之大利也；太宗迁都金台，天下万世之大势也。盖天下财赋出于东南，而金陵为其会；戎马盛于西北，而金台为其枢。】
【并建两京，所以宅中图治、足食足兵、据形势之要而为四方之极者也。用东南之财赋，统西北之戎马，无敌于天下矣。】
自从后晋石敬瑭割让幽云十六州给契丹，中原王朝失却了抗击北方游牧民族侵扰的天然屏障，始终处在来自北方的铁骑的威胁之下。
只有当朱元璋北方成功，一举收复幽云十六州，接着朱棣迁都北京，以“天子守国门”气概稳固边防，这里面来自南京的粮草财赋起到了相当大的战略支撑的作用。
丘浚又进一步指出了这种格局所存在的风险，【然北太近胡，南太远越，非所谓居中而应四方也。使吾中国武备常如祖宗之盛可也，稍有不振，则形势与漕运皆有可忧。】
【盖强弱无定形，衰盛无定理，创业方兴之势与承平恬熙之世，固倍蓰也。世庙励精图治，而边塞犹供蹂躏，戎马直抵近郊，九门为之尽闭，陵寝为之震惊，而况异日乎？】
丘浚的担忧在明末不幸成为现实，当政治、经济、军事的形势俱都发生重大变化，其已经与早中期的强盛状况不可同日而语，内忧外患，江河日下，步步蹉跌，迫使崇祯皇帝最终投缳自尽，大明王朝也只能轰然谢幕，悲剧收场。
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