影片的产生背景是在公元一六六九年，康熙亲政后捉拿乱党，立誓要削藩，这时吴三桂的手下白莲教蠢蠢欲动，企图造成混乱，从中得利。
福建泉州少林寺由于叛徒于飞的出卖而惨遭灭门，洪熙官听到消息从外面赶回来时，正好看到师弟方世玉被追杀，于是把官兵打退，这时洪熙官的师弟于飞跑来抢藏宝图，并使出阴招将洪熙官打伤，却依然不是洪熙官的对手被打死。洪熙官和方世玉进屋找到已受重伤的师傅蔡九仪，师傅把藏宝图交给了洪熙官，让两人将藏宝图送到广东天地会分舵，而自己十分自责，表示与少林寺共存亡自焚而死。
朝廷大内统领风军和白莲教对女都看上了藏宝图，并通缉各地捉拿洪熙官和方世玉，给赏银一千两。两人来到广东地界，找到联络点吴志信的府上落脚，谁知因吴志信叛变而被追杀。而被洪熙官打死的于飞却被白莲教使用密法救活，并前来报仇。
两人只得带着父母双亡的小渔逃走，洪熙官为躲避追杀并养伤，在广东乡下开了一间医馆，却听人说这里有一对儿母女，专偷大户。小惠就是母女大盗之一借前来抓药之机踩点，却被洪熙官的医术和样貌吸引，晚上俩人来偷东西时却因为母亲腿部旧伤复发，被洪熙官发现抓住，小慧只得求洪熙官救治母亲的腿，自己可以打杂偿还。就这样收留了母女俩后洪熙官想尽办法治疗却收效甚微。
为配合治疗小慧将凤眼拳传给了洪熙官，经过学习融合，洪熙官终于找到了治疗的方法，而武功也是更进一层。经过治疗，林万彩（小慧的母亲）的伤腿上有了很大的好转，而林万彩也看出洪熙官治病用的正是她独家绝技凤眼拳，知道女儿对他有意思，于是就直接点破，招了洪熙官做女婿。
洪熙官这时也找到了天地会分舵，香主叫韦凤林，却也是一个叛徒。洪熙官只得逃回来告诉其他人赶快逃走，在郊外的树林里被追上，并认出林万彩母女，原来伟凤林就是林万才丈夫的弟弟，为凤眼拳把亲哥哥打死把嫂子打伤，这时官兵也追到这里。经过激战几人逃走，而林万彩却身受重伤命在垂危。临死前把女儿和拳谱托付给了洪熙官。
官兵紧随而来，洪熙官让小慧和小玉先走，自己断后而这时于飞赶到把大内统领风军杀掉。于飞又追上洪熙官并激战在了一起，由于洪熙官习得凤眼拳武功大增，把于飞打败，临死前于飞悔悟并请求洪熙官的原谅。
韦凤林追小慧要拳谱却被小慧杀死替爹娘报了仇，却也因此负伤晕倒被白莲教带走，白莲教留下纸条让洪熙官来救，洪熙官来到白莲教密坛，认出小渔就是白莲教圣女，两人激战起来，小玉不敌败走，洪熙官成功地把藏宝图交给了天地会广东分舵后，带着小慧离开并且归隐山林。
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