大多数蒙古人信奉藏传佛教的黄帽教派。13世纪初，佛教从西藏传入蒙古。16世纪下半叶，它成为蒙古各部的国教。蒙古人利用藏传佛教作为统一蒙古人并营造民族主义意识的方式。它融入了许多萨满教的符号和仪式。
藏传佛教将大乘佛教和密宗佛教的元素与传统的西藏治愈和驱魔仪式相结合，共享佛教共同的成果，即个人从痛苦中解脱和轮回。该宗教认为，从轮回中解脱出来的解脱，可以通过为救度他人而延迟自己进入无私极乐（涅槃）状态的慈悲诸佛（觉悟者）的代祷来实现。这类佛祖数量众多，在实践中更多地被视为神灵而不是觉悟的人，它们占据了反映民间宗教的丰富和多神教宇宙的中心，包括从属神灵、对魔、皈依和归正魔、和圣人。佛教扩展到的地区。
密宗的深奥的冥想技巧和一系列神圣的图标、短语和手势，这些都可以轻松地用于（而不是超验）神奇的解释。该宗教假定了启蒙和理解现实的渐进阶段，这些幻觉阻碍了那些未受过冥想或佛教教义训练的人的理解和感知，并以越来越抽象的术语解释了神圣的符号。因此，一个在普通牧民看来是直接驱除病魔的仪式，会被高级僧侣解释为冥想苦行者心中矛盾倾向的表现。
在西藏，佛教由此成为一种混合体，将丰富多彩的民间仪式和大众驱邪治病仪式与寺院精英的深奥教义研究相结合。与相互竞争的教派相比，黄教强调寺院纪律以及使用逻辑和正式辩论作为启蒙的辅助手段。佛教的基本轮回教义与密宗思想相结合，即一个人可以在有生之年成佛，从而产生一类被认为已经成佛并且是前任领袖转世的领袖。这些领袖，被称为转世或活佛，拥有世俗权力，并监督一群普通僧侣或喇嘛。僧侣得到了俗人的支持，谁因此获得了功德，并从僧侣那里接受了基本信仰和寺院服务的指导，包括治疗、占卜和葬礼。
蒙古族自古信奉萨满教。传统的蒙古人崇拜天堂（“湛蓝的天空”）和他们的祖先，他们遵循古老的北亚萨满教习俗，在这种习俗中，人类中介进入恍惚状态，与无数负责人类运气或不幸。13世纪初，佛教从西藏传入蒙古，当时藏传佛教的红帽教开始在蒙古统治者中寻找追随者。16世纪，许多封建领主和牧民转向达赖喇嘛的黄帽教派。16世纪下半叶，它成为蒙古诸侯的国教。蒙古人利用藏传佛教作为统一蒙古人并营造民族主义意识的方式。
1578 年，在征战中，致力于统一蒙古人并效仿成吉思汗事业的蒙古军事领袖阿啦坦汗迷上了藏传佛教并皈依了该宗教。他成为一名虔诚的信徒，并邀请正在崛起的藏传佛教黄教首领登顶。他们结成联盟，赋予阿啦坦汗合法性和宗教认可他的帝国主义，并为佛教教派提供保护和赞助。
阿啦坦汗（又名阿布泰汗）首次授予西藏精神领袖（第三世达赖喇嘛）达赖喇嘛的称号。达赖是蒙古语“海洋”的意思。达赖喇嘛的意思是“智慧的海洋”。
之后阿啦坦汗很快就去世了，但在下个世纪，黄教在蒙古各地蔓延，部分原因是蒙古贵族为赢得宗教制裁和群众支持而努力，最终未能成功的将所有蒙古人统一在一个国家。
1586年，蒙古第一个主要的佛教中心和最古老的寺院额尔登祖寺（喀喇昆仑附近）在阿啦坦汗的统治下建成。藏传佛教成为国教。或许在忽必烈本人被一位名叫八巴的藏传佛教僧人引诱之前一个多世纪，这是有道理的，因为在所有欢迎进入蒙古宫廷的宗教中，藏传佛教最像传统的蒙古萨满教。
寺院建在蒙古各地，通常位于贸易和迁徙路线的交汇处或夏季牧场，大量牧民聚集在那里进行萨满祭祀和祭祀。佛教僧侣与土著萨满进行了长期的斗争，并在一定程度上成功地接管了他们作为治疗师和占卜师的职能和费用，并将萨满推向了蒙古文化的宗教和文化边缘。
16 世纪后期的蒙古领导人，以及后来的满族霸主，都鼓励了藏传佛教的传播。其被动的宗教教义逐渐淡化了蒙古人的好战意志，并鼓励 30% 至 50% 的男性人口通过进入寺院来逃避兵役。
藏传佛教在普通蒙古人中流行起来。达赖喇嘛成为蒙古的精神领袖，就像他为西藏所做的一样。他下令在家中供奉贡戈尔的形象，并颁布法律禁止在蒙古惩罚妇女、奴隶和动物作为祭品。转世喇嘛在蒙古出生和重生。哲布尊丹巴成为继达赖喇嘛和班禅喇嘛之后藏传佛教第三高僧的化身。
并且建造了2,000 多座修道院，多达40% 的男性人口由独身僧侣组成。大型寺院有数百名僧侣和艺术、天文学和戏剧学校。他们定期举办宗教戏剧和节庆活动，朝圣者络绎不绝。佛教喇嘛变得非常强大。他们像藏传佛教的喇嘛一样，像封建国家一样管理蒙古的部分地区。有些喇嘛就像王子。他们拥有由游牧农奴工作的巨大庄园，在现代的蒙古国，穿着酒红色斗篷的和尚仍然敲着钹挨家挨户地祈福，并履行其他佛教职责。
到了清朝时期：“喇嘛教受到清朝朝廷的保护和鼓励。高级喇嘛被授予不同的头衔、职位和特权，他们逐渐形成了与统治阶级并存的封建统治阶层。这些统治者不仅欺压百姓，还攫取了众多的畜群和大片的土地。在蒙古人生活的方方面面都能感受到他们的影响。封建统治者鼓励年轻人成为喇嘛，他们既不结婚也不参加体力劳动。结果，明清时期喇嘛人数增加到蒙古族人口的三分之一之多，严重阻碍了生产的发展和人口的增长。”
蒙古和西藏之间的联系一直很牢固。四世达赖喇嘛是蒙古人，许多喀尔赫蒙古人的活佛哲布尊丹巴出生在西藏。蒙古人传统上为达赖喇嘛提供军事支持。
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